元清两朝算是华夏文明历史长河中的一段：还是属外族入侵？

这个要看话语系统。在今天政府主导的历史建构里，这两个国家被归类到中国历史朝代中，这一点没错。但是在蒙元征服中国之后，中国人就一直像楼主那样思考这种异族征服王朝的历史地位了。所以，楼主你不是孤单的，这个问题已经被思考和讨论几百年了。不仅是在民间，在政府层面和学术层面也有着广泛的和持续不断的探讨。首先是蒙古人，他们是如何看待自己的身份和在中国历史中的地位呢。分两方面，在蒙古人自己的话语体系里，忽必烈建立的蒙元是铁木真的正统继承，是内亚蒙古大帝国的合法继承者和各大汗国的共主。而为了使他们对汉地的统治看起来合理合法，在汉人的传统话语体系里，他们又要强调自己的正统性；如何强调呢，最好的方法就是承认之前和自己类似的政权的正统性，于是蒙古人创造性的编修了《辽史》《金史》《宋史》，承认他们共同存在的正统性。这意思就是说，辽、金、夏都是中国的正统王朝，而不是只有你宋朝才是中国。辽、金是北朝，你宋只是同时期并存的南朝。到了中国人重新复国的明代，首先是重新树立了宋朝的中国唯一正统性地位，明朝本身就诞生于红军起义。“日月重开大宋天”，“驱除鞑虏，恢复中华”这些口号也反映了中国人对复国运动的看法。那么对于蒙元时代应该如何看待？方孝孺在《后正统论》中说：“夷狄者……无人伦上下之等也。无衣冠礼文之美也。故先王以禽兽畜之，不与中国之人齿。苟举而加诸中国之民上，是率天下为禽兽也”。学术层面上的思考讨论也促进了政治上的变化，比如在嘉靖二十四年时政府将历代帝王庙中忽必烈和穆呼哩等5个蒙元君臣的牌位撤掉，这标志着政府层面上对蒙元政权正统性的否定。再比如明代大学者王洙有一部著作《宋史质》，书中不仅将辽、金、夏列到四夷列传中，也将元称为胡元并降为四夷列传的地位。因此在正统王朝的列表中，是明继宋运。那么相应的，对于1279年到1368年这89年的亡国时间应如何处理呢？其做法是在宋朝被蒙元征服后，就以明太祖之高祖追称德祖元皇帝继承宋统，用天王正月的闰纪手法来纪年。仿照《春秋》书公在乾侯、《纲目》书帝在房州之例，于宋恭帝被俘虏以后，岁岁书“上在燕”或“上在某地”来标记宋统未绝。这就像朝鲜被日本吞并后，朝鲜人民不用大正、昭和年号一样。朝鲜人将1910年记为“庚戌国耻”。在朝鲜被日本灭国后，他们比中国人（宋人）幸运的地方是可以在别的国家存续正朔。从1919年开始，大韩民国流亡政府都一直在中国。流亡政府第一个驻地上海也成为“韩国民族独立运动的圣殿”，中韩建交以来所有韩国总统必然莅临朝圣。在目前的韩国历史建构里，大韩民国的正统是从1919年开始的，在此之前是大韩帝国。这个叙事模式也算是在某种程度上成功解决了35年的事实亡国期。和朝鲜（韩国）比起来，中国（宋||明）人处理亡国期要更困难，因为被蒙元亡国的时间90年比35年要长的多，已经超过了一代人的时间度，另外就是13世纪也没有20世纪有利的国际环境能存续流亡政府。如果仅仅是这样，中国人处理这90年还勉强可以解决。但是更悲惨的是在后面，明朝又一次亡国于外族，而且这后一次亡国时间更久（270年），程度更惨烈（屠杀、剃发易服）。满清以外国入居中国，把首都都迁到北京，这种鸠占鹊巢的程度和日本统治朝鲜、台湾的力度是完全不同的。同蒙元一样，满清也有两套话语系统。以满洲本位来看，asin（daicing）国继承了铁木真蒙古汗国的正统性，这一点主要体现在他们的满文记录中。以汉人传统角度，“清朝”是明朝之后的正统王朝。因此，他们对不承认辽、金、元正统地位的学术观点恨入骨髓，称《宋史质》“荒唐悖谬，缕指难穷”，“自有史籍以来，未有病狂丧心如此人者。其书可焚。而满清比蒙元更绝的是，他们完全把南明王朝的正统性给抹杀掉。蒙古人修宋史还将宋末三帝以“瀛国公二王附”的名义列在本纪最后，虽然不承认他们的皇帝称号，但是给予事实上的低度承认。到了满清征服中国后，张廷玉编《明史》时揣摩满洲人的态度，仿照《宋史》将南明三帝以“三王传”的形式也附到本纪最后，但是他大大低估了满清凶狠决绝的力度，满洲统治者将三王传从本纪删除，弘光，隆武，永历帝被放到了诸王列传中福王，唐王，桂王世系中。到了辛亥革命推翻满清后，学术界重新恢复了《南明史》的概念并开展研究，这是中国人从自身民族感情出发的必然产物，也是压抑了两百多年的亡国悲情的温柔释放。钱海岳先生以毕生精力写出《南明史》，填补了南明史正史方面的空白。其他学者的诸多著作也是克服文字狱销毁篡改历史造成的研究困难，循序渐进，积淀到80年代，顾诚先生以现代话语体系书写的《南明史》，影响巨大，对中国人恢复对南明的基本认知贡献巨大。最后，只是想说，蒙古人修的《辽史》《金史》可以列入二十四史；希望有一天《南明史》也可以列入官方正史系统。毕竟这是我们中国人的皇帝，中国人的王朝，中国人的历史。他们真真实实的存在过。