国本之争过程：朱常洛因朝臣拥护保住了太子
明朝大臣受到流言影响，纷纷建议尽早册立皇长子朱常洛为太子，以破除流言。万历十四年(1586年)郑氏生子同年，首辅申时行上疏，列举明英宗两岁、明孝宗六岁被立皇太子为例，要求册立皇长子朱常洛为太子，明神宗以长子幼弱为由，等两三年后再举行。这加深群臣的不安，户科给事中姜应麟、吏部员外郎沈璟等人纷纷殊请册立东宫。其中姜应麟措词激烈，让明神宗激怒，将奏折扔在地上，对身边宦官说“册封贵妃，初非为东宫起见，科臣奈何讪朕!”遂降旨：“贵妃敬奉勤劳，特加殊封。立储自有长幼，姜应麟疑君卖直，可降极边杂职。”于是贬姜应麟为大同广昌典史。
吏部员外郎沈璟、刑部主事孙如法相继上言，都被处罚。但自明神宗处罚姜应麟的谕旨也指出立太子一定会依长幼顺序册立。此后大臣仍然要求册立皇长子朱常洛为太子，并于万历十八年(1590年)集体要求册立，并且杜门请辞，向明神宗施加压力。明神宗只好推至明年、或皇子十五岁时，之后又推说延至万历二十年春举行。到次年八月工部张有德提议需要动工准备，然而被明神宗以不准奏扰为由罚禄三月。首辅申时行与大臣等人上疏反对，明神宗大怒，然而申时行又暗中表明辩白。此时曝光后申时行名誉扫地，被弹劾后只得辞职返家。众大臣或被辞职，或被廷杖。
三王并封之礼
万历二十一年(1593年)年正月，明神宗加快了改立进程，下手诏给大学士王锡爵，要将皇长子朱常洛、皇三子朱常洵和皇五子朱常浩一并封王，以后再择其中善者为太子。王锡爵既怕得罪明神宗，又怕被朝臣攻讦，于是上疏请由皇后抚育长子，如此长子就是嫡子。然而神宗只以前谕示朝臣，继续准备行三王并封之礼，顿时朝中大哗。
因为王锡爵这么一说，等于明指朱常洛还需要补办手续，质疑了朱常洛做太子的合法性，因此大臣们纷纷指责王锡爵阿谀顺上，王锡爵无奈自劾请辞，而神宗也迫于众议收回了前命。