刘裕讨伐司马休之，东晋再无军事与刘裕抗衡，刘裕生出代晋之心
义熙九年（公元413年）刘裕顺利消灭了荆州刺史刘毅、前将军诸葛长民后，七月，朱龄石又顺利消灭了西蜀谯纵。
义熙八年（公元412年）九月，刘裕对荆州刺史刘毅实施讨伐之初，就任命司马休之为新的荆州刺史。当时刘裕起用司马休之，不过是想稳定司马氏皇族。
司马休之当上刺史后，为政清明，深得荆州百姓的爱戴，这让刘裕如坐针毡，他开始考虑如何将司马休之一族彻底铲除掉。显然，此时的刘裕已经产生了取代东晋的念头了。
司马休之的儿子司马文思已过继给谯王司马尚之为嗣，住在京师建康。义熙十年（公元414年）三月，东晋朝廷的有关部门弹劾司马文思擅自杀死国家官吏，朝廷下诏，诛杀了司马文思的党羽，却赦免了司马文思本人。
得知儿子犯法，司马休之赶紧上书朝廷表示谢罪，司马休之以退为进，主动提出辞职。
刘裕的真实目的，当然不仅仅是让司马休之辞职，而是要他的性命，故而刘裕拒绝了司马休之辞职的请求，并将司马文思押送到荆州，让司马休之严肃处理。刘裕转守为攻，给司马休之出了一道两难的选择题∶如果司马休之遵从刘裕的指示，将自己的儿子处死，姑且不说父子亲情难以下手，就是真的下手，一个为了保全自己性命，竟然可以诛杀亲生儿子的人，又有多少凝聚力呢?如果司马休之不处死自己的儿子，又给了刘裕一个袒护儿子的口实。司马休之思前想后，上书朝廷，请求废黜儿子司马文思。
司马休之又特意给刘裕奉上一封书信，在信中，司马休之再次做出深刻检查，表示忏悔之意，但刘裕决不会因为司马休之的谢罪而有所动摇。
谁都能嗅出刘裕此举的目的，司马休之当然也不例外。为了自保，司马休之主动结好雍州刺史鲁宗之。近年来，刘裕对功臣们接二连三的杀戮，也把不是刘裕嫡系的鲁宗之给吓怕了，因此，司马休之与鲁宗之两人一拍即合，很快就成为了盟友。
义熙十年（公元414年），就在一种大战来临前的沉寂和紧张不安中度过。第二年（公元415年）一月，刘裕突然下令逮捕司马休之的次子司马文宝和司马休之的侄儿司马文祖二人，没有经过公开审判，即在狱中将二人赐死。接着，东晋朝廷授予他黄钺，并命其加督荆州诸军事，宣布大赦。刘裕没有寻找任何借口，就发兵西上讨伐司马休之了.
得知刘裕率军讨伐的消息，二月，司马休之上书朝廷，在他的上书中，首先充分肯定了刘裕起义的功绩，然后又接连列举刘裕掌权的各种罪证。
除了上书指斥刘裕以外，司马休之还派人向后秦主姚兴求救。当时的后秦正面临着大夏的压力，朝廷内部太子姚泓与广平公姚弼又内讧正酣，可谓是内忧外患，即便如此，姚兴还是在接到司马休之的求救后，即命令征虏将军姚成王、冠军将军司马国璠等率领八千骑兵南下救援。
刘裕心细如发，他在以军事手段讨伐司马休之的同时，还玩起了瓦解司马休之内部的把戏。
在刘裕的拉拢下，司马休之的荆州司马、河南太守张裕，南平太守檀范之先后叛逃。张裕是刘裕幕僚张劭的哥哥，投奔刘裕后，刘裕即任命其为录事参军，太守如故檀范之，是檀道济的堂兄，与刘裕既是同乡，又因堂叔檀凭之的关系，与刘裕关系甚密。然而，荆州不是没有忠于司马休之的人士，其代表人物就是荆州录事参军韩延之。
韩延之，字显宗，是南阳赭阳（河南方城东）人。刘裕在发兵讨伐司马休之之前，给韩延之送去密信，劝其归顺。韩延之接到刘裕的密信，冷笑数声，他提笔复信道∶“平西将军司马休之尽忠国家，虚怀若谷，有什么过错，你要起兵讨伐自从义熙以来，方镇大员谁敢不先向你请示，而直接上报皇帝?你不过是'欲加之罪，何患无辞'!海内之人，谁看不出你的奸诈之心?假设上天要让晋国丧乱，四海浑浊，我将与忠义的臧洪一起去地下做鬼。不再和你多费口舌!”
刘裕的父亲叫刘翘，字显宗，韩延之就将自己的字改为显宗，将自己儿子改名为韩翘，以显示决不会臣服于刘裕的决心。
韩延之的话义正词严，刘裕看了这封回信以后，对身边的人说∶“做臣子的都该像他这样。”
刘裕的大军很快就推进到了荆州地界，他分军为二，自己统领大军直指江陵，另外命令豫章公世子征虏将军司马、冠军将军檀道济，沛郡太守朱超石率领步兵北上进攻襄阳。
江夏太守刘虔之率军驻守在三连（湖北安陆西），构筑桥梁，屯聚粮草，等待刘裕的大军，可是，檀道济、朱超石的部队迟迟没有到达。此时，鲁宗之已率领自己的雍州部队南下，支援荆州。他命令自己的儿子、竟陵太守鲁轨偷袭刘虔之，刘虔之的参军孙长庸流着眼泪劝说撤军，刘虔之厉声说道∶“我以顺讨逆，理无不克。如果失败，那是命。”结果，战败被杀。
刘裕命令他的女婿、振威将军徐逵之率领参军蒯恩、王允之、沈渊子为前锋，进攻江夏口。
刘裕的这支先头部队与荆州、雍州部队在破冢（湖北江陵东南）遭。此时，荆州军队由司马休之之子司马文思率领，雍州军队则由鲁宗之之子鲁轨率领，初战告捷的荆州、雍州部队利用高居岸上的地理优势，与刘裕军展开了殊死搏斗，徐逵之、沈渊子、王允之先后战败被杀。
鲁轨乘胜进攻陈兵于堤坝下面的蒯恩所部，一时间，箭如雨下，喊杀声震天动地，形势对刘裕军十分不利。身经百战的蒯恩整顿军队，牢牢地守住阵脚，鲁轨多次率军发起冲击，都未能得手，这才知难而退。
当时，刘裕率领大军就驻扎在长江南岸的码头，与江陵隔江相望。53岁的他惊悉女婿被杀的消息后，勃然大怒，三月二十九日，他亲自率领全军向长江对岸的江津发起总攻。江津岸边有高达数丈的陡峭山崖，司马文思、鲁轨率领四万荆州、雍州联军依托陡峭的江岸，固守北岸，刘裕部队无法顺利登岸。
刘裕看到建武将军胡藩率部在四周逡巡，他大声命令胡藩率军攀援而上。胡藩看看高峻的山崖，命人用刀尖在山崖上砍出一个个小洞，选拔勇猛之士攀援而上，就这样，胡藩所部渐渐登上了山崖。登上山崖后，胡藩率军奋勇搏杀，后续部队渐渐跟上，荆州部队终于抵挡不住，向后退却。刘裕指挥大军趁机发起猛攻，一举攻克了江陵。
司马休之、鲁宗之二人仓皇北逃，鲁轨则留守石城（湖北钟祥）。刘裕命令赵伦之、沈林子、蒯恩等，率军进攻鲁轨，命令武陵内史王镇恶率领水军北上追击司马休之等人。
王镇恶在消灭刘毅后，即被任命为安远将军、武陵内史，与张裕、檀范之一样都是刘裕安插在荆州的钉子。不过，与张裕和檀范之不同的是，在刘裕西上讨伐司马休之之前，王镇恶并没有弃郡而逃，而是向自己的上司司马休之报告说，武陵的山蛮向博抵根占据阮头，请求派遣部队协助围剿，司马休之派遣部将朱襄率军前往武陵。王镇恶此举，也许正是刘裕瓦解荆州部队的总体作战计划的一部分。当王镇恶听说刘裕大军已经西上后，他对部将说∶“百姓们均听说朝廷大军已经西上，朱襄不仅不会帮忙，相反还会趁机攻击我们，假如朱襄与山蛮里应外合，我军就危险了。”
他连夜率军乘船而下，一夜行数百里，回到了都尉治所。
抵达以后，王镇恶即命令部队将大石头放到竹笼里，沉在江水中，阻挡朱襄水军，然后，将自己的部队埋伏在江水两岸，对朱襄所部发起突然袭击，射杀了一千多人，并当场斩杀了朱襄。按照刘裕原来的计划，王镇恶在击破朱襄后，应当迅速与朝廷大军会师，但是王镇恶并没有及时北上，而是留在武陵地区，趁机抢掠山蛮的财物，一直到刘裕取得了江津之战的胜利后，才率部到来。刘裕对此十分不满，没有马上接见他，王镇恶笑道：“等我见到大人后，就没事了。”不久，刘裕登上江陵的城墙,传唤王镇恶。王镇恶口才很好，见过刘裕后，把自己没有及时赶到的原委说得合情合理，刘裕这才释然了，命令王镇恶将功补过，率领蒯恩等将统领水师追击司马休之等人。
当初，司马休之上书朝廷说，已将雍州刺史鲁宗之和青州剌史刘敬宣都拉到了自己的阵营里，这不过是他的一厢情愿，也是为了瓦解刘裕阵营。然而，司马休之此举也的确让青州内部发生了一场危机。司马道赐是亲属关系非常疏远的一位宗室，担任刘敬宣的参军，听说刘裕西征以后，即暗中与同僚辟闾道秀、左右小将王猛子等密谋发动政变诛杀刘敬宣，以司马道赐为齐王，以辟闾道秀为青州剌史，割据齐地，响应司马休之。
在事发前不久，刘敬宣曾与众人夜宴，空中落下一只三尺五寸长的草鞋，掉到刘敬宣的饭碗里，拿起一看，是一只被人穿过的旧草鞋，当时的人们都预感到将发生不祥之事。不久，刘敬宣召唤辟闾道秀密议一事，让众人都回避了，王猛子偷偷来到刘敬宣的背后，突然取下刘敬宣身上的佩刀，将其杀死。
刘敬宣死后，青州文武又群起将司马道赐、王猛子等人诛杀。除了青州地区发生不稳,京师建康同样也发生了一丝骚动。数百叛乱群众趁夜偷袭冶亭守将刘钟的军营，刘钟将其击退。虽然击退了这股叛众，但京师持续动乱，人心浮动，刘钟也因此被刘裕贬为建威将军。
建康和青州地区发生的这一插曲，并不能改变司马休之失败的命运。尽管司马体之深得江汉人心，但老巢江陵丢失以后，彻底失败已成定局了。五月十二日，司马休之、鲁宗之、司马文思、鲁轨、新蔡王司马道赐、梁州剌史马敬、南阳太守鲁范等人一起向北逃奔后秦。司马休之素来深得民心，荆州军民争先恐后地护送他们北去。刘裕部将王镇恶、蒯恩等率军追击，一直追到鲁阳关，没有追上，这才撤回。
姚兴打算任命司马休之为荆州刺史，将帝国东南事务交付给他。司马休之坚决推辞，请求与鲁宗之等人率军骚扰东晋荆州、淮河一带,姚兴就任命其为镇南将军、扬州剌史。
司马休之将要出发，侍御史唐盛对姚兴说:“根据谤书的记载，司马氏将会收复黄河流域。如果让司马休之离开京师，恐怕不再是我池中之物了，建议可以对其尊崇，不可将其放走。”
姚兴回答∶“假设真的如此，留在京师，反而会成为我们的后患。”他还是将这一行人送走了。