秦朝虽然焚书坑儒却并未废儒，秦二世还曾召儒生问政
先秦时期，儒学成了先秦诸子中最有影响力的学说之一，韩非在《韩非子》中就提到：“世之显学，儒墨也”，并斥责其为“儒以文乱法”。
儒家有两个著名的人物，一个是孟子，他主要从“内圣”方面继承了孔子的思想，推行“仁政”，坚持“德政”理念；另一个是荀子，从“外王”方面发展了儒学，重视帝王之学。而荀子有一个很出色的学生李斯，他向荀子所学的主要就是帝王之学，因而，李斯由儒家的门徒变成了法家的代表人物。
李斯是战国末楚国上蔡人，他到了秦国之后，起先是在吕不韦门下，后来，在秦王政灭六国时，他成了秦国的廷尉，后来又当了秦国丞相。
李斯做了一件很有意义的事，那就是在秦王政要将来自外国的客卿逐出秦国时，他给秦王写了一封信，称为《谏逐客书》，力劝秦王不要逐客，使秦王依照秦孝公以来重用外国人才的传统，使秦国能顺利地完成统一六国的大业。可是，李斯还做了一件颇受非议的事，那就是极力向秦王建议抑制儒家学说，促使秦王下令“焚书坑儒”。
秦始皇、李斯为何要“焚书坑儒”呢？“焚书坑儒”的真相到底是怎样的呢？
其实，“焚书坑儒”的出现，并非只是文化思想论争的结果，其背后是与当时激烈的政治较量和权力的角逐有密切关系的。
秦之前，周曾取代了商，发展了礼乐文化，是周王室取代商朝的政治需要，之后，孔子继承了周文化，但孔子学说并不适宜于周王室衰亡之后的政治军事局势，孔子的学说经孟子、荀子的发挥，儒学有了重要的发展，但是，在春秋末战国初，礼坏乐崩的局面已形成，儒学更不适合于列国竞争之局势，儒学不受列国诸侯的重视，成了不适时宜的思想学说。在列国纷争的年代，战争频繁，弱肉强食，列国君王们所兴趣所喜欢的是兵家、法家、纵横家等适用于富国强兵的学说。这些学说有利于在竞争局势中促使君王们变得强势。
吕不韦
列国中的秦国，从秦孝公开始，便重视法家，实施变法，历经数代，直到秦王政时期，虽有吕不韦编撰《吕氏春秋》，试图在秦国灭六国、统一天下之后能在思想学说上兼收百家，以道家为根本，兼用法家、儒家、兵家、纵横家等，在文化思想上实行统一。但是，嫪毐政变之后，吕不韦受牵连，并罢去相位，秦王政亲政之后，重用李斯等，放弃了吕不韦的治国思想，重视法家和帝王之学，于是，在秦始皇时期，儒学和儒生便遭到厄运。在李斯的建议下，秦始皇推行了“焚书坑儒”政策，造成了历史上思想文化的一次劫难。
始皇三十四年（前213年），秦始皇于咸阳宫举行宫廷大宴，宴会上发生了一场师古还是师今的争论。在宴会上，仆射周青臣奉承秦始皇，吹捧自上古至后来的君王，皆不及秦始皇的威德，将秦始皇吹捧得无以复加。此时，博士淳于越却针对周青臣的奉承之词提出了恢复，分封制的主张。他表示：“臣闻之，殷周之王千余岁，封子弟功臣自为支辅。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之患，臣无辅弼，何以相救哉？事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣等又面谀以重陛下过，非忠臣也。”秦始皇听完淳于越的发言之后，不作表态，他将淳于越的建言交给群臣讨论。而李斯一贯坚决反对分封制，所以，他明确表示反对淳于越的观点。李斯表示：“古者天下散乱，莫能相一，是以诸侯并作，语皆道古以害今，饰虚言以乱实，人善其所私学，以非上所建立。今陛下并有天下，别白黑而定一尊；而私学乃相与非法教之制，闻令下，即各以其私学议之，入则心非，出则巷议，非主以为名，异趣以为高，率群下以造谤。如此不禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便。”李斯是法家，他反对分封制，也反对儒学，推崇法家，为了帮助秦始皇树立君权的绝对权威，他便向秦始皇提出焚毁古书的三条建议：
其一，除《秦纪》、医药、卜筮、农家经典、诸子和其他历史古籍，一律限期交官府销毁。令下三十日后不交的，处以黥刑并罚苦役四年。其二，谈论《诗》《书》者处死，以古非今者灭族，官吏见之不举者，与其同罪。其三，有愿习法令者， 以吏为师。
秦始皇随即批准了李斯的建议。于是，在宫廷大宴散后的第二天，便在全国实行了“焚书”之策。
焚书
在不到一个月的时间内，秦代以前的古典文献，大都化为灰烬，留下来的只有皇家书馆内的一些藏书。
之后，在焚书的第二年，便发生了“坑儒”事件。
据《史记·秦始皇本纪》的记载，之所以引发了“焚书坑儒”，虽是秦始皇采用了李斯的策略，但却起因于秦始皇当时听信方士们的长寿之术有关。秦始皇大权在握，威震天下，他想能长寿不老。秦始皇听信方士关于长生不老的说法，屡次打发方士到处寻找长生秘诀。想是秦朝万年，秦王万年。
其实，世间哪有什么长生不老之秘诀呢?方士们只是投秦始皇之所好，奉了圣旨，拿了银子，炼丹制药，尽力耍弄各种各样的花招想让秦始皇相信有长生之术。可是，到最后，根本就没有能找到长生不老的实际招数，于是，方士们再也法子了，他们不再敢觐见秦始皇，只有逃亡了。方士侯生、卢生等潜逃之后，秦始皇雷霆大怒，当时，方士也属于儒生，于是，秦始皇命御史抓来儒生，立案审查，秦法严酷，懦弱的儒生们顶不住了，便互相告密，案件牵连的人越来越多，涉案人数多达四百六十余人，秦始皇震怒之下，下令在咸阳把他们都活埋了，并昭告天下，以示儆诫。
可见，所谓的“坑儒”，主要是起因于秦始皇被方士们欺骗而将涉案的儒生进行坑杀，秦始皇要坑杀的是欺骗他的那些方士们，是谎称能炼丹制药，能使人长生不死的方士，是一群行骗邀功、蛊惑人心的方士。当时，迷信盛行，以“方术”欺瞒行径而成名的人不少，如羡门高、正伯侨、徐福以及他们的徒子徒孙卢生、侯生、韩众等等，都是欺骗众人的方士。侯生、卢生等迎合了秦始皇想长生不老的需要，谎称能使秦始皇弄来长生不死之药。结果连累了很多儒生被坑杀。所以，“坑儒”原是坑杀方士，但却因案情牵涉广，“坑儒”扩大化了，使不少儒生冤死了。
秦始皇
其实，当时的方士们确实是很可恶的，秦始皇让他们找长生不死之药，去炼取长寿不死之丹，但是，他们实在无法真正弄来长生不死之药，于是，方士们便造舆论，说秦始皇刚愎自用，专任狱吏，喜欢以刑杀制威天下；说秦始皇贪于权势，事无巨细皆亲身所为，批阅文件通宵达旦，像秦始皇如此之人是不可能长寿成仙的，是不可能长生不老的。方士们先是造完舆论为自己的无能解脱，最后依然无法向上面交差，领头的方士只好逃之夭夭，而秦始皇找不到他们，当然非常震怒，随后便将留在咸阳的方士以及其他儒生一起捉起来，令人严刑拷打，审查案情，而被抓的人又牵涉出更多人，越扯越多，秦始皇便下令将他们活埋在咸阳城外的山区。据考证，当时坑杀儒生的“坑儒谷”就在今西安市临潼区西南十公里之洪庆村。
“坑儒”其实主要坑的是方士，东汉许慎说:“儒，柔也，术士之称。”在秦代，方士也是儒生的一部分，坑方士其实就是“坑儒”。事件发生之后，儒生的地位受到了很大影响。遭到了朝廷官员的轻视。
原本，“儒”在孔子之前就已经存在，他们属于是从事某种与文化和习俗有关的具有特殊技能的术士，据胡适考证，“儒”是殷民族的教士。郑玄解释说：“儒之言优也，柔也，能安人，能服人。又，儒者，濡也，以先王之道，能儒其身。”之后，扬雄认为：“通天地人曰儒。”孔子以前，“儒”是作为一个懂礼重乐的知识阶层而出现的。
孔子以后，“儒”是作为一个有文化意识、有道德节操的士人而称呼的。孔子、孟子、荀子等都是“儒”的重要代表人物。这些儒者其实是从之前的巫术方士中分离出来的，他们同样属于“儒”。在秦始皇看来，方士和儒生并没有多大区别，都是夸夸其谈，弄方术，搞欺骗的。乱造舆论被认为是儒生们在挑战始皇帝的权威。所以，当时大权独揽、威震天下的“始皇帝”，采取“坑儒”的措施是他巩固皇权专制的需要，当李斯提出“焚书坑儒”时，秦始皇采纳了他的建议，也是很正常的。依本意，秦始皇“坑儒”，主要是为了坑方士，并不是要把大多数的儒生都坑杀，只是，在审查和判案时牵涉太多，坑杀活动广大化了。
其实，在秦代，虽实行了“焚书坑儒”的政策，但并没有完全废儒，有些儒生还当了不小的官，宋代郑樵说：“陆贾，秦之巨儒也；郦食其，秦之儒生也；叔孙通，秦时以文学召，待诏博士数岁。陈胜起，二世召博士诸儒生三十余而问其故，皆引《春秋》之义对，是则秦时未尝不用儒生与经学也。”可见，陆贾、郦食其、叔孙通在秦时已是著名的儒生，他们并没有被坑杀。秦始皇之后，秦二世还召儒生问策，所以，“坑儒”并不是针对大多数儒生，而只是被当时方士案件牵涉到的儒生。只是，“焚书坑儒”事件带来了两方面的非常不好的结果，一是使秦始皇对儒生产生不信任，对儒者很反感，儒生的地位也因之受到削弱，这对于秦朝没有能抑制严刑酷法是有非常不利的影响的，如果在秦统一六国之后，能更多启用儒者任朝中官员，或许能减少严刑峻法，推行“仁政”，秦朝或许没有那么快灭亡。二是焚烧掉太多秦以前的文化典籍了，这是一次文化灾难，违背了原本吕不韦统一兼收百家学说的初衷，这也是秦朝衰落的另一个原因。毁灭文化思想，其实也是毁灭了国家稳固的文化根基。