凤阳明皇陵的第二次营建——洪武元年（1368）三月～洪武二年（1369）五月
从凤阳明皇陵的第一次营建过程中我们可以看出，当时称为吴王的朱元璋之底气不是太足。吴王，叫起来很好听是个王，但说白了，还是“小明王”底下的臣子，离皇帝还有一定的距离；更让他如鲠在喉的是东边那个自称为“诚王”的张士诚一直在跟他较着劲；加上自己的父母活着时都是社会底层的草根，转眼之间要上升为贵不可言的皇帝与皇后，这多少让人感觉，是不是有点不靠谱？古训云：名不正言不顺，树大招风，所以在开国前的第一次凤阳皇陵营建时，朱元璋只能下令，相对简单地修缮一番。
可这样的情况到了半年后就发生了大变，先是朱元璋调集徐达、常遇春等率领诸路兵马于吴元年（1367）九月攻灭了东吴张士诚政权，实现了南方地区大体上的统一。随后的洪武元年（1368）正月，由凤阳乡下的放牛娃、游方僧人“蜕变”而来的朱圣人在应天城开国称帝，定国号为大明，建元洪武。就在乙亥日开国那天，洪武帝亲率满朝文武前往应天城的南郊祭告天地。回来时他专门上太庙去，敬奉神主，“追尊（朱家）四代祖考妣为皇帝、皇后，奉上玉宝、玉册”，其册文曰：“孝玄孙嗣皇帝元璋稽首，顿首上言：尊敬先世，人之至情。祖父有天下，传之于子孙；子孙有天下者，追尊于祖考，此古今人之通义也！元璋遇天下兵起，躬擐甲胄，调度师旅，戡定四方，以安人民。土地日广，皆祖宗深仁厚德所致也！诸臣庶（多次）推，尊元璋为皇帝。先世考妣未有称号，谨上皇高祖考尊号曰‘玄皇帝，庙号‘德祖，皇高祖妣曰‘玄皇后；皇曾祖考尊号曰‘恒皇帝，庙号‘懿祖，皇曾祖妣曰‘恒皇后；皇祖考尊号曰‘裕皇帝，庙号‘熙祖，皇祖妣王氏曰‘裕皇后；皇考尊号曰‘淳皇帝，庙号‘仁祖，皇妣陈氏曰‘淳皇后。伏惟神明在上，鉴此孝思！”
由当今皇帝钦定，还有谁敢不认可，昔日穷困潦倒且土得掉渣的朱家老爷爷、老奶奶们在名分上一下子从地下升到了天上，不是皇帝就是皇后，由此而言，他们的坟茔也理所当然要来个升级换代。只有这样，才能显示出“玄孙嗣皇帝（朱）元璋”之大孝啊！也只有这样，才能与当今天下第一人的身份相匹配啊！洪武元年三月癸酉日，刚刚登上大位还没几天的朱元璋“遣官致祭临濠仁祖陵及淮川之神，命以太牢祀三皇”；并令人“姑积土厚封，势若冈阜。树以名木，列以石人、石兽，以备山陵之制而已”。凤阳明皇陵第二次营造工程由此拉开了序幕。
而就在凤阳皇陵修建的同时，朱元璋内心却波澜起伏，思绪滚滚，当年朱家罹难时的悲惨情景时不时地浮现在自己的眼前，他一边哭一边述说，着名文臣危素受命笔录、润色，最终撰成《皇陵碑文》。碑文写好后，洪武帝“命左丞相宣国公李善长诣陵立碑”。
皇陵在修建、陵碑文也已撰好，但这样高档次的陵墓不能没个好名号？有人看出了问题。洪武二年（1369）二月丁丑日，专门负责朝廷礼仪、祭祀、宴餐等方面活动的大臣礼部尚书崔亮向洪武帝上请：“历代帝陵都有名号，现在皇帝陛下的尊父仁祖皇帝（实际上并没有这样一个皇帝，是朱元璋称帝后对他父亲追尊的尊号）的陵寝也应该加个尊号才是啊！”朱元璋略加思索了一番，说道：“那就叫做‘英陵吧！”崔亮听后随即又上请洪武皇帝，让专门掌管大明祭祀的礼乐机构太常寺举行一个像样的告祭礼。
告祭礼一般是在国家有什么大事的情况下才会举行，太常博士孙吾与对崔亮的说法并不认可，他说：“山陵之制，莫备于汉。大凡人主即位后的第二年就要进行陵墓工程建设，且要将天下税收的三分之一用于这个方面。譬如说汉文帝时造的‘霸（灞）陵，就是以北山石为椁，那时文帝还在位，难道就有以‘霸（灞）陵之号来举行祭告之礼吗？唐太宗的陵墓名号为‘昭陵，那也是定在长孙皇后与其合葬之后的了。武则天最后合葬于‘乾陵，而‘乾陵之名可能最早定在唐高宗下葬之日。由此而言，汉唐之际皇帝与皇后陵寝绝无两个名号，其祭告之礼也绝不会有的。崔尚书所说的可能涉及庙号与陵号两个不同的概念：庙号是专门给刚刚驾崩了的大行皇帝取的，因此说不能不举行祭告之礼，也不能不写入祭告之册，告之于神明；但陵号就不同了，陵寝的名号一般是后来帝王加上去的，目的在于祭祀时好识别先帝陵寝，所以历代王朝一般都不举行什么陵号祭告之礼的。现在对于英陵的尊号，礼部尚书崔亮说要举办什么祭告之礼，小臣以为不合礼制，恳请皇帝陛下罢黜其说。”崔亮听到这里，不干了。他立即向洪武帝禀告说：“陛下，给山陵上尊号，这是对仙逝祖先莫大的尊重。考察历代典礼制度，东汉光武帝曾为先陵上‘昌之尊号，宋太祖曾为高祖陵上‘钦之尊号，为曾祖陵上‘康之尊号，为祖陵上‘定之尊号，为考陵上‘安之尊号。由此而言，大凡创业之君隆尊其父辈祖先的，就必定会尊崇其陵。既然尊崇其陵，就必然会行祭告之礼。再从人之常情而言，给先帝陵加尊号却又不行告知之礼，这合乎人间情理吗？小臣以为，只有告知了，才算合情又合理，才像个孝子贤孙所应该做的。”听到这里，朝堂上的众臣纷纷附和起来，都说应该举行祭告之礼。朱元璋当即拍板，祭告礼等英陵碑落成后就叫礼部派太常寺官员去举办。
从明代官史的这等记载来看，明皇陵最初还不叫这个名，而是叫做明英陵。但到了洪武二年五月甲午日，朱元璋却突然将原来的“英陵”改为“皇陵”。这是为何？
据凤阳当地人的解释：改名为皇陵，即“皇家陵园”的意思。朱元璋这样改名是为了强调其父朱五四已不再是乡间草民而是皇帝了，从而达到抬高其陵寝之作用与地位的目的。但更深层次的解释可能不仅仅是这样。在中国传统文化典籍里头就有：“祭王父曰皇祖考，王母曰皇祖妣，父曰皇考，母曰皇妣，夫曰皇辟。”这话的意思是讲，在周朝礼制中，周天子死叫做崩，诸侯死叫做薨，大夫死叫做卒，士死叫做不禄，庶人死才叫做死……祭祀祖父称皇祖考，祭祀祖母称皇祖妣，祭祀父亲称皇考，祭祀母亲称皇妣，祭祀丈夫称皇辟。凤阳朱家陵墓里葬着的朱五四夫妇对于大明天子朱元璋来说，当然要称其为皇考和皇妣了，而无论是皇考还是皇妣，都是生人对于前代亡亲的尊称，因此将陵寝名号由“英陵”改为皇陵似乎显得更为恰切，也更能彰显孝子朱元璋的浓浓孝敬之意！另据后来修成的明祖陵来看，在陵名的命名上，朱元璋同样采纳了“祭王父曰皇祖考”之说法而定其名为祖陵。
由上述朱元璋二修明皇陵的经过来看，他花足了心思、投入了相当的物力、财力和精力。由此而成的明皇陵到底有哪些大的工程建设呢？
据相关人士的考证来看，主要有：再次增大坟茔，广植名贵树木，竖立石像生和皇陵碑及修筑陵寝正殿与陵园城墙。