康熙亲政后。将处置“三藩”看成是治国安邦的头等大事。所谓“三藩”,即顺治年间清廷派驻云南、广东和福建三地的平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿继茂(后由其子精忠袭爵)。当时他们率清军南下,对于击败农民军及南明政权,作出过不小的贡献。但他们的权势也随之恶性膨胀,至康熙初年,三藩已成为事实上的割据势力,严重危害着国家的统一。
诸藩势力的发展,与清初政治形势是密切相关的。当时清朝统治者为统一中原,需要厚待投降的汉族将领。孔有德、耿仲明(继茂之父)、尚可喜,原为辽东人,于天命六年(1621年)三月清太祖努尔哈赤攻占辽东后,陆续去皮岛投靠总兵毛文龙。天聪二年(1628年)六月,明蓟辽总督袁崇焕杀死毛文龙,东江大乱,明军自相残杀。孔、耿、尚等在走投无路情况下,先后于天聪七、八年(1633.1634年)投降后金。清太宗皇太极出城十里相迎,隆重接待,封孔有德为都元帅、耿仲明为总兵官,命他们驻守辽阳,号“天助兵”;任尚可喜为总兵官,命他驻守海州。崇德元年(1636年)六月,皇太极改国号为清,封孔有德为恭顺王、耿仲明为怀顺王、尚可喜为智顺王,极示宠信之意。这时出现直属皇帝的三位汉族人藩王,不仅于中央集权无害,反而会牵制满洲诸王的势力,维护皇帝的地位和权势。崇德七年(1642年)八月,皇太极析汉军四旗为八旗,命有德、仲明、可喜分隶正红、正黄、镶蓝旗。
吴三桂,江苏高邮人,明原任锦州总兵吴襄之子、锦州总兵祖大寿之甥,历任游击、副将等职。吴襄因罪下狱,吴三桂升任总兵官,带兵驻守宁远城。明崇祯十五年(1642年)二月,松锦会战中明十三万军队损失大半,蓟辽总督洪承畴降清,吴三桂收集残兵败卒逃回宁远,手下兵丁增至三四万人,为明廷所依重。清占关外各城,唯独宁远尚在明军手中。崇祯十七年(1644年)三月初六,李自成农民军已入山西,昌平兵变,京师戒严。崇祯帝封吴三桂为平西伯,命他放弃宁远,火速率兵入援京师,并起用吴襄提督京营。吴三桂接朝廷命令后,行动迟缓,每日只行数十里。宁远至山海关仅两日路程,十六日才到,二十日至丰润,在那里吴三桂获悉农民军已攻入北京,于是他率手下军队退返山海关。清朝曾多次遗书招降吴三桂,正欲率兵进关的摄政王多尔衮向吴三桂许诺:“伯若率众来归,必封以故土,晋爵藩王”。李自成亦曾派人招抚吴三桂,但因农民军的“割富济贫”“追赃助饷”政策触犯了地主阶级的利益,所以吴三桂最终还是向清朝投降。同年四月,山海关一战,李自成在清军及吴三桂的联合夹击下惨遭失败。多尔衮即日“承制进三桂爵平西王”。至此,清廷所封汉族人藩王,已有4名。
顺治六年(1649年)五月,清廷封孔有德为定南王,令其率兵二万征广西;改封耿仲明为靖南王,尚可喜为平南王,令各率兵一万征广东。不久,耿仲明因隐匿逃人惧罪自杀,由其子耿继茂继承靖南王之爵。年底,孔有德占据桂林。顺治七年(1650年)冬,尚可喜攻克广州,南明桂王逃往梧州。时大西军余部李定国与桂王合作,进攻四川,吴三桂奉清廷之命进行征讨。吴军势力较强,李定国不敌转而争夺广西。顺治九年(1652年)七月吴军攻克桂林,孔有德阵亡,其子亦亡,爵除,四藩成为三藩。顺治帝为协调西南五省力量,于十四年(1657年)部署三路进兵贵州。
顺治十五年(1658年)正月,清军攻占贵州,顺治命多罗信郡王多尼为安远靖寇大将军,代替宁南靖寇大将军宗室罗托,与其他两路乘胜进攻云南。顺治十六年(1659年)正月,三路大军攻入云南省城,南明永历帝等败走永昌府,后逃入缅甸,两广、云贵基本平定。同年三月,顺治帝根据洪承畴建议,“命平西王驻镇云南,平南王驻镇广东,靖南王驻镇四川(次年七月,改驻福建)”。“三藩”分守一方对巩固清王朝的统治起到了积极的作用。吴三桂于顺治十八年(1661年)十二月率兵入缅,擒获永历帝及其随从,并另遣总兵追击、招降巩昌王白文选。不久晋王李定国亦死,云南彻底平定。耿、尚分守闽、粤,亦曾有效地抵御郑成功的进扰。
随之而来的是“三藩”拥兵自重,势力极大。云南每年耗饷最多时达900余万,平时亦不下数百万。所以说:“天下财赋,半耗于三藩。”而且三藩各据一方,手握重兵,形同割据,对中央集权构成了极大的危害。吴三桂以功晋封亲王,总管云南、贵州二省一切事务。顺治帝谕:“凡该省文武官贤否甄别举劾,民间利弊因革兴除,及兵马钱粮一切事务,俱暂着该藩总管,奏请施行。内外各该衙门不得掣肘。”应吴三桂之请,顺治帝在给云贵督抚的上谕中,意让他们一切听凭吴三桂节制。不仅如此,吴三桂还委派部下亲信到其他地方任职,称为“西选”,“西选之官几满天下”。吴三桂还用大量钱财来结交士人,让他们为其效力。在云南的十余年时间里,吴三桂天天操练军队,制造武器。在重要的地方都派亲信驻守,而各省的提镇等官员,大多是吴三桂的心腹,为他所收买。吴三桂的儿子是清廷驸马,朝中的任何动向吴三桂都能及时地得到汇报。他向朝廷谎报说蒙古人进攻丽江、中甸等地,清廷派大军前去支援后,吴三桂又报称蒙古人已败退,挟边防以自重。耿精忠、尚继茂也跋扈异常,为害一方。
顺治十六年(1659年)正月,兵科给事中杨雍建上疏反映耿、尚二藩为害广东,要求把一藩渊走,另驻他处,以缓解广东的压力。他虽然从“两藩并镇”角度提出问题,但也反映了藩镇与中央的矛盾。吏部议复此疏时认为藩王损害商民利益,应加以切责。顺治帝于是便把耿精忠调往福建。但三藩与中央的矛盾并未解决。顺治十八年(1661年)以后,三藩的危害进一步体现,清廷与三藩的矛盾在激化,因此康熙继位之后,中央即开始逐步削减三藩的权势,作撤藩的准备。
清廷的第一个措施是收缴大将军印。按清制规定,大将军拥有极大权力,都是临时性差遣,在任务完成之后将解去将军职务,将印信交还朝廷。可是三桂驻镇云南数载,拒不交回大将军印信。康熙二年(1663年)清廷遣内大臣,对住于京师的吴三桂子额驸吴应熊说:“过去永历帝潜逃缅甸,因边境不安,才授予你父大将军印信,这是增加其权力的需要。但现在天下早已平定,你父为何还不将大将军印交还?”吴应熊将朝廷的意思转告了吴三桂。吴三桂迫不得已,上缴了大将军印,但他心里十分不高兴。