朱元璋死后,朱允炆顺利登基,他听信了幕僚的建议,要削藩,革他叔叔们的命,这也给朱棣造反找到了借口,他以“清君侧”的名义发动了“靖难之役”,经过四年的征战,朱棣获得全胜。
建文四年(1402年)6月13日,朱棣统领大军开进天京金川门,当朱棣进入皇宫时,宫中以是一片火海,建文帝也没了踪影,朱棣入宫后,清宫三日,搜查朱允炆的下落,宫内侍人都说建文帝已自焚,并从火堆中扒出一具烧焦的尸体证明之,朱棣见到尸体已面目全非,惨不忍睹,他不胜悲戚,抚尸痛哭,说他只是来帮助火堆除奸的,你又何必自寻死路呢,然后以天子之礼安葬就他。
在野史中关于建文帝朱允炆的死有多种说法,有人说建文帝曾想自杀,但在其亲信的劝说下,削发为僧,从地道逃出了皇宫,然后朱允炆跑到了云贵的深山老林里面的寺庙里隐藏了起来,也有说他云游四方去了,朱棣派给事中胡濴到处寻找,活要见人死要见尸,他苦苦找寻了十六年,终究是一无所获,还有一个说法是建文帝逃到了东南亚一带躲藏了起来,郑和下西洋除了发展贸易以外,还有个秘密任务就是寻找建文帝,东南亚那么大,就凭一个船队有那么容易找到吗?那自然是大海捞针,毫无收获。
其实最大的可能性还是被朱棣杀死了,从谁是最大的受益者就可以得知,火烧皇宫根本就是一场阴谋,朱棣想当皇帝,但是他打的是“清君侧”的名义,建文帝不死,他则名不正言不顺,建文帝一死,他就做了皇帝;朱棣杀了建文帝,如何对外放烟雾弹,称他下落不明,就可隐藏他弑君的罪名,说他钻地道跑了应该不可信,一个养尊处优、久居深宫的人,在民间有那么容易生存下来吗?他真有躲过抓捕、有野外生存的能力,那他也不至于弄丢了皇位。
对朱棣来说下落不明是最好的,他既没弑君还能登基,所以朱棣杀了建文帝,就可以说他下落不明了。说他出家的是明朝中后期以来文官得势后,站在同情弱者的角度编造出来的,建文帝朱允炆下落不明就是个历史悬案,除了当事人,没人知道真正的结果,人们都比较喜欢对未知的事情作诸多的猜测,或许建文帝是死在了那场大火之中,朱棣的模糊态度也许只是为了让民众认为建文帝没有死,这样他也可以欺骗下自己,掩饰自己对侄儿的内疚,毕竟他也算是谋朝篡位了。