一、朱棣刚刚靖难成功,南京的官员们大多新附,朱棣对他们信任不够,而且南京是朝中大部分官员的根基之地,关系盘根错节,根深蒂固,不利于朱棣对朝廷官员们的掌控。而北京是朱棣靖难起兵之地,当地官员,百姓对朱棣忠诚度高,而且迁都过去,朝中官员便从地头蛇,变成了无根之水,无本之木了,利于朱棣对朝局掌控。
二、明朝初期,主要的威胁来自于北元。朱棣几次北伐漠北,耗费了大量钱财,所以出于从国家安全战略角度考虑,将首都放在北京,有利于对北元势力的防范。可以方便对北元进行军事打击的人员调配,军事指挥等。
三、南京地区是江南最重要的地区,世家大族积聚,对朝政有一定的影响,而北京相对来说,世家大族少,对朝政影响力小。
四、南京自古就是金粉之地,俗话说得好,温柔乡是英雄冢,朱棣不想自己的子孙都迷醉在金陵的繁华中。所以纵观有明一朝,奇葩皇帝再多,也没有什么荒淫无度,纸醉金迷的皇帝。
五、明朝初期是利用勋贵、宦官平衡朝政,江南自古就是文化圣地,士林风气盛,出于平衡的考虑,将都城定在南京,必然会极大的受明朝士人的影响制约,而北京文人势力小,利于朱棣的平衡手段施展。