东林所谓“吾党”之说类似“吾辈”，“东林党”之称为阉党所名
万历四十三年（1615年）李三才被加上了盗用皇木营建私邸的罪名，使他声名狼藉。李三才在狼狈不堪时，还不忘为东林书院辩白，他上疏皇帝，希望消党祸以安天下。他指出：“东林者乃光禄卿顾宪成讲学东南之所也，宪成忠贞绝世，行义格天，继往开来，希贤希圣。而从之游者，如高攀龙、姜士昌、钱一本、刘元珍、安希范于玉立、黄正宾、乐元声、薛敷教等，皆研习性命、检束身心，亭亭表表，高世之彦也。异哉此东林也，何负于国家哉？今不稽其操绿，不问其才品，偶曰东林也，便行摒斥，顺人者以此恣行其奸，谗人者以此横逞其口。”
顾宪成在万历八年（1580年）以二甲二名进士出任户部主事时，对内阁首辅张居正的改革持不同政见，与同僚魏允中、刘庭兰组成“三元会”，不满于“时事日非”，写信给内阁次辅申时行怂他出来“匡救”。
初出茅庐的顾宪成与张居正同朝共事不过两年，后来与顾宪成一起创办东林书院的高攀龙于万历十七年才成进士，步入政坛时张居正早已不在人世。何况张居正改革中曾下令：毁天下书院以杜绝聚徒讲授奔竞嘱托之弊，在那种政治气候下根本不存在东林书院形成的条件，论东林党的形成了。
万历三十二年（1604年）成立的东林书院是一个讲学的场所，与这一时期雨后春笋般出现的书院（如山书院、明道书院、江右书院、关中书院、紫阳书院等）并无本质不同，由于它的创建者顾、高诸君子都是被革职的官员，他们以下野官员的身份以及道德修养方面的人格魅力，使东林书院声望日隆，成为朝野注目的焦点。
由于顾、高等人在朝时表现出与掌权的主流派不同的政见而积下宿怨，政敌们便把东林书院污蔑为朋党，称为“东林党”。
因此“东林党”的形成决不可能早于东林书院的形成日期，乃是显而易见的常识。何故一些学者都尽量想把东林党的形成或发端向前追溯，以证明这个“党”由来已久，个中原因恐怕是以现代政党的概念去诠释晚明党争的结果。
朋党之“党”是一个贬义词，无论在朝官员或在野人士都不会自称志同道合者为朋党，东林书院的君子们当然不会自称为“东林党”。此朋党之所以不同于政党也。“东林党”的名称出于东林书院之后，正如后来被“阉党”分子王绍徽《东林点将录》列为“急先锋”的黄尊素之子黄宗羲在《明儒学案》中所说：“东林讲学者不过数人耳，其为讲院亦不过一郡之内耳……东林岂真有名目哉！亦小人加之名目而已矣。”
可见“东林党”之名始于顾宪成等讲学东林书院之后，它是敌对者对东林书院的诬称，东林诸君子并不自称为东林党人。道理是很显然的，孔子在《论语》中曾说君子“群而不党”，以继承并发扬孔孟之道为已任的东林诸君子对此是深信不疑的，在他们看来，“结党”、“有党”是正直人士所不齿的，决不可能自诬。
何况现实中的东林书院并不是什么“党”，一位学者说得好：“事实上，东林诸君子并没有一个有形的组织，他们只是‘以文会友，以友辅仁’，志同道合，群而不党。”这才是对东林书院最准确的描述。
确实，东林诸君子是“群而不党”的。也许有人会说，东林人士自己也说“吾党”，作何解释？诚然，细读东林书院的创办人顾宪成、高攀龙等人的文集，是有“吾党”之类的字样。
顾宪成
顾宪成提及“吾党”。他在为东林书院制订院规时，主张学贵躬行，反对迂惘高远的学问，说：“此其不必惑者也，不当惑而感，昧也；不必惑而惑，懦也。而破之，是在吾党。”他在为《万历丙子南畿同年录》所作序言中说：“凡此学于人之自立与否耳，能自立且有与天壤俱无穷者，存区区目前修短，曾何足论。如其不然，则亦草木同腐面已，纵及期颐，徒然浪掷光阴，将焉用之！然逝者未足悲，存者未足恃，其喜其惧别应有在，吾党所宜汲汲而猛省也。”
此处两个“吾党”其本意仍是志道合者，与“吾辈”的意思相近。
东林党乃阉党对东林人士的污称
到了天启初年，魏忠贤专权，一些原先与东林书院有关的人士回到了政坛，与以魏忠贤为首的阉党展开殊死较量。魏忠贤之流把凡是反对“阉党”专政的人一概斥为“东林党”，把原本子虚乌有的“东林党”视作一个组织实体，并开出黑名单，一个不剩地予以清除。
为此，“阉党”分子卢承钦编了一本《东林党人榜》，完全按照《元祐党人碑》的体例，开列所谓“东林党人”的黑名单，共计309人，于天启五年（1625年）十二月以奏疏形式呈进，由魏忠贤把它刊布于天下。其政治意图十分明显，一方面要显示作为政治结社的“东林党”实体的存在另一方面要政府部门按照这个名单清除异己势力。
一贯与东林书院为敌的王绍徽因巴结魏忠贤，天启五年（1625年）十二月官至吏部尚书，他仿照《水浒传》，“编东林一百八人为点将录，献之，令按名黜汰，以是益为忠贤所喜”。这就是臭名昭著的《东林点将录》。此外，又有作为补充的《东林同志录》（崔呈秀编）以及《东林籍贯录》、《东林朋党录》、《盗柄东林夥》等。
叶向高
值得注意的是，王绍徽在《东林点将录》中把李三才、叶向高列为“东林党”的一、二号人物：“开山元帅托塔天王南京户部尚书李三才”、“天魁星及时雨大学士叶向高”。把李三才、叶向高作为“东林党”的领袖，并非王绍徽的发明。万历四十二年（1614年），户科给事中官应震（即所谓“楚党”头目）扬言：东林书院“外资李三才，内借叶向高”，“十数年来，一二不肖倚恃讲学之名，号召徒党，外资气魄于李三才，内借威福于叶向高，其附之则生羽毛，其不附之则成疮疣”。
把李三才列为“东林党”的魁首，表面看来似乎顺理成章，因为早就有人说李三才“一人其党”了。但是李三才本人并不认为自己是“东林”的一员。在他被革职为民时，曾上疏指出：“今奸党仇正之报，不过两端：曰东林，曰淮抚。”李三才因任凤阳巡抚、漕运总督，被人称为淮抚。在李三才看来，自己虽被诬与顾宪成结成“东林党”，但他自己始终不以东林人士自居，东林是东林，淮抚是淮抚，两者不可混为一谈。
至于叶向高被列为“东林党”的魁首，即使按照当时的标准来衡量，也极为牵强附会。叶向高万历三十五年（1607年）进入内阁，到万历四十一年（1613年）出任内阁首辅之前，一直位于朱赓、李廷机之下。
朱赓、李廷机推行没有沈一贯的沈一贯路线，叶向高在内阁中基本上附和朱、李，丝毫没有“东林”特色。他经常写信给里居的沈一贯请示政务。如果一定要以“东林与浙党”的标准来划线，那么，我们固然不必说叶向高是“浙党”的中坚，但他并不反对“浙党”则是毫无疑问的。此其一。
其二，如果说李三才是“东林党”的第一号人物，叶向高是“东林党”的第二号人物，那么，按党同伐异原则，他们两人理应密切配合，当段然等提议从外僚中增补阁员，李三才呼声甚高时，叶向高何以不大力支持，援引李三才人阁，营造一个“东林内阁”？当李三才到邵辅忠、徐兆魁等诬陷时，身为“东林党”的第二号人物的叶向高何以不大力保住第一号人物李三才？
其三，顾宪成致书叶向高、孙丕扬为李三才辩护，被反对东林书院的官员污蔑为“遥执朝政”。如果叶向高是“东林党”的魁首，顾宪成何必以此种方式“遥执朝政”，完全可以透过叶向高来贯彻“东林党”的方针。尽管叶向高对顾宪成的人品推崇备至，把他比喻为王安石、司马光，但两人的关系也仅止于此种互相敬仰的层面上，叶向高从来不是顾宪成与东林书院在内阁的代言人。