李自成的悲惨下场，逃亡时被当作流寇，农民一铲子削掉他半颗脑袋
通山说认为，李自成是在顺治二年五月在途经湖北通山九宫山时，遭到当地地主武装袭击而遇害的，享年39岁。这种说法的根据主要是：
一、清朝将领阿济格在顺治二年闰六月奏报“有降卒及被擒贼兵俱言（李）自成窜走时，携随身步卒仅二十人，为村民所困，不能脱，遂缢死。”
二、南明何腾蛟的奏疏。他的第一次奏报，说“斩自成于九宫山”，因长沙府通叛周二南死，失去了首级。而在第二次所上《逆闯伏诛疏》中说：“李万岁被乡兵杀死马下，二十八骑无一存者。一时贼党闻之，满营聚哭。”这是依据归附于何腾蛟原为李自成部下张双喜、刘伴当的口述奏报的。
三、清初费密《荒书》中记述李自成独行到牛迹岭，遇大雨，“山民程九伯者，下与 自成手搏，遂辗转泥滓中......九伯呼救甚急，其甥金姓者以铲自成，不知其为闯贼也。”
四。通山县《程氏宗谱内有“顺治怨念甲申剿闯贼李延于牛迹岭下，献贼首，珠盔，龙袍于本省督宪军门佟。”这则材料，不仅言所杀者的姓名，还说将被杀者的首级献给了清朝湖广督宪军门佟。
五、康熙四年《通山县志》内载有：“九伯聚众杀贼首于小源。”即使说程九伯是杀害李自成的凶手在地方志也有记载。
上述五点，从总体上看，有清官方以及南明将领的奏报，又有方志及家谱材料佐证，材料是充分的，但这点论据之中，仔细核查，却有可疑的地方。
其一，顺治二年闰六月初四日清方将领阿济格的上疏，说是从李自成的降卒那里得知李自成是为“村民所困不能脱，遂自缢。”但又说“因遣识自成者往认其尸，尸朽莫辩，或存或亡，就彼再行察访。”这也就是说，阿济格虽然得到了有关李自成死之传闻，但并未得到李自成的首级，也未认真进行核实，实际上所作为一个风闻奏报的。同月清朝派往朝鲜的使臣郑命在与朝鲜王的谈话时说：“李自成变服而逃矣。”说明清朝北京最高当局并没有得到李自成的确实消息。
其二，多尔衮在收到阿济格奏报之后的童年7月20日，还认为李自成没有死，他在斥责阿济格时说：“今又闻自成逃遁，现在江西......如不称流寇已灭，李自成已死，则难班师，故行欺诓尔。”
其三、何腾蛟的两次上疏是这一说法的重要证据。欺材料，来自归附于他部的李自成部下的口述。仅在这一点上说，似比传闻更为准确。但何腾蛟奏报的疑点是，他是在李自成部刘体纯等人归附他一年之后才奏报其事的。而且他始终未能得到李自成的首级，正如他在奏疏中所说：因“周二南死，失首级”。由于他未能得到李自成的首级，无法进行验证，所以，在他第一次奏报之后，为隆武帝所怀疑，责令他核实。他在第二次奏报重申其说，虽然认定“闯死确有实据”，可也未能提出新的证据。所以，当时都御史郭维经就指出：李自成死于九宫山。
其四，康熙间清朝曾任《明史》总裁张玉书是相当了解情况的。他在所编撰的《纪灭闯献二贼事》中说到李自成被村民致死时说：“自成生、死终未有实云。”还特别加上一条注解：“后传闻自成遁走江西，有谕让英亲王。”
其五、《世忠堂程氏宗谱》中有关杀死李延的记载，是通山说的重要依据。但这里所言被杀死者是“闯贼李延”，而没有说是李自成；时间是在顺治怨念，而顺治元年李自成尚在统兵浴血奋战；地点是在牛迹岭，而牛迹岭在九宫山与太阳之间，实属太阳山，距九宫山尚有数十里之遥。至于说还收缴有什么珠盔、龙袍，并把这些作为死者是李自成的重要证据，这是断然不可信的。处在退却中的人力资产怎么能身穿龙袍，是怕不够显眼死得不够快么。
如果说，李自成在九宫山为程九伯所杀（或为村民所杀），那么在大顺军中就不可能只有少数人才知道，当时当地人，即使当时暂时不知道被杀的人是李自成，事后也不会不知道其人就是李自成，何况宗谱中还载程九伯还向清朝本省督宪军门佟献有被杀者的首级呢！
在康熙年间修家谱时，既然把它作为一件荣耀的事载入家谱，为什么不直言所杀的就是李自成呢？因此，这一记载，不仅不能弥补奏疏记载之不足，反而说明了奏疏材料之不实。
综上所述，虽然李自成死于通山说，自1956年来国内史学界所采用，但也不是无可置疑。
而还有另外一种说法，即夹山说，认为李自成兵败之后隐居于湖南石门县的夹山寺为僧，于康熙十三年老死榆次，享年六十九岁。而这一说法最为重要的论据是奉天玉和尚即是李自成。其说来源有民间传闻，也有文献记载，又而在石门一带发掘、发现有奉天玉和尚墓碑、墓葬、奉天玉诏、西安马王铃等文物，为李自成隐居夹山寺提供了佐证。与通山说相比，其可信性似乎更大，不过也并不是无懈可击。
是故，李自成的死，死于什么时间什么地点，是被人杀死，还是自缢，或者出家老死，并没有完全准确的说法。