而隋炀帝即位后于大业三年(公元 607 年),改革了隋文帝创建的十二府制度:“改左右卫为左右翊卫,左右备身为左右骑卫。左右武卫依旧名。改领军为左右屯卫,加置左右御。改左右武候为左右候卫。是为十二卫。又改领左右府为左右备身府,左右监门依旧名。凡十六府。”
与此同时,隋炀帝对十二卫的建制进行了改革:“十二卫,各置大将军一人,将军二人,总府事,并统诸鹰扬府。……其直閤将军、直寝、奉车都尉、驸马都尉、直斋、别将、统军、军主、幢主之属,并废。以武候府司辰师员,隶为太史局官。……每卫置护军四人,掌副贰将军。将军无则一人摄。寻改护军为武贲郎将,正四品,而置武牙郎将六人,副焉,从四品。诸卫皆置长史,从五品。又有录事参军,司仓、兵、骑、铠等员。翊卫又加有亲侍。左右候卫增置察非掾二人,专纠弹之事。”唐朝建立初期,南衙禁军基本上承袭了隋炀帝时期的制度;唐高宗于龙朔二年对南衙禁军制度进行改革,皆去府字改为十六卫。至此,南衙诸卫正式定名。
隋文帝改革北周二十四军制度而形成了十二府,同时隋文帝又创立了太子十率,是为唐代南衙禁军的前身。而隋炀帝即位后,于大业三年(公元 607)改十二府制度为十六府制,并对十二卫的建制进行了改革。 隋文帝创立的十二府为左、右卫府,左、右武卫府,左、右武侯府,左、右领左右府,左、右监门府,左、右领军府,合为十二军。十二府中,左、右卫府,左、右武卫府,左、右武侯府和左、右领军府是府兵卫士到京城上番的统领机构,统领到京城上番的府兵和内府卫士。
左、右卫府编有:大将军各一人,正三品;将军各二人,从三品;“掌宫掖禁御,督摄仗卫”。并有长史,各一人,正七品上;司马,各一人,正七品下;录事,各一人,正八品下;功、仓、兵、骑等曹参军,各一人,从八品上;法曹、铠曹行参军,各一人,从八品下。行参军,各六人,正九品上。左右卫府还设有直阁将军各六人,从四品下。直寝各十二人,从五品上。直斋,十五人,从五品下;直后,十五人,从六品下。直阁将军、直寝、直斋、直后,“并掌宿卫侍从”。奉车都尉,各六人,从五品上,掌驭副车。武骑常侍,各十人,从七品下,开皇三年罢除。殿内将军,各十五人,正八品上,开皇三年罢除。员外将军各三十人,从八品下。殿内司马督各二十人,正九品下,开皇三年罢除。员外司马督各四十人,从九品下,开皇三年罢除。隋文帝开皇三年四月,罢“左右卫、殿内将军,司马督,武骑常侍等员”。
左右卫府又各统亲卫,置开府。亲卫开府一人,正四品上,统领亲卫卫士;亲卫,正七品上,员数不详。左勋卫开府一人,正四品上,统领勋卫卫士;勋卫,从七品上,员数不详。左翊一开府、二开府、三开府、四开府各一人,从四品上,统领翊卫卫士,正八品上,员数不详。各府有长史,司马,录事,及仓、兵等曹参军各一人,视正九品。法曹行参军,各一人,视从九品。行参军,三人。
又辖有仪同府,仪同一人,正五品上。府有长史,司马,各一人,视正八品;录事,仓、兵等曹参军,各一人,视正九品。上述各府皆领有骠骑府或车骑府府兵,骠骑府或车骑府各统军坊,每坊“置坊主、一人。佐,二人。每乡团,置团主、一人。佐。二人。”以下,左右武卫、左右武侯府、左右领军六府及太子东宫住卫率府所统属各开府、仪同属官同此。