《史记》中，司马迁抹黑秦始皇的两件事，如今全被推翻
修史不是寻找绝对真相，既然沾上了一个“修”字，就必然有所取舍，尤其儒家修史，钟爱以道德作为评判标准，不符合他们观点的爱国者都可能是坏人，符合他们观点卖国者却可能是好人。而司马迁又说得很清楚，他是成“一家之言”，以他的三观取舍内容。
因此，司马迁查阅资料，访问当事之人，记录民间传闻等，然后根据自己的三观选择内容、评价历史，于是就难免会制造一些“冤假错案”。问题在于，有些“冤假错案”司马迁无法辨别，有些他却可以辨别，在秦始皇的“冤假错案”中，有两件事是他可以辨别却没有辨别，只能说他有意抹黑了秦始皇！
秦始皇生父之谜
关于秦始皇的父亲，司马迁认为是吕不韦，而不是秦庄襄王，这就从根子上否定了秦始皇。
《秦始皇本纪》记载：“秦始皇帝者，秦庄襄王子也。庄襄王为秦质子於赵，见吕不韦姬，悦而取之，生始皇。以秦昭王四十八年正月生於邯郸。及生，名为政，姓赵氏。”没有直接说秦始皇是吕不韦之子，只是秦异人“悦而取之（赵姬），生始皇”。
《吕不韦列传》记载：“吕不韦取邯郸诸姬绝好善舞者与居，知有身。子楚从不韦饮，见而说之，因起为寿，请之。吕不韦怒，念业已破家为子楚，欲以钓奇，乃遂献其姬。姬自匿有身，至大期时，生子政。子楚遂立姬为夫人。”赵姬与吕不韦同居怀孕后，秦异人向吕不韦索要赵姬，最终吕不韦将赵姬送给秦异人，后来生下秦始皇。
问题在于：吕不韦知道赵姬怀孕时，说明赵姬已经怀孕至少1个月了，古人早已知道“十月分娩”，因此秦异人与赵姬在一起后，不到9个月生下秦始皇，秦异人不怀疑吗？秦国上下了解情况后不会怀疑吗？而且，如果吕不韦是秦始皇之父，那么两人相貌上往往有所相似，再结合不到9个月的分娩，其他人没有一点疑心？
除此之外，司马迁用的是“至大期时，生子政”，而所谓“大期”，有“妇女足月分娩的日期”、“死期”、“共同的意愿”、“十二月”四个意思，司马迁笔下的“大期”到底是什么意思？如果是“足月分娩的日期”，那就该是10个月，司马迁的意思应该是赵姬整个孕期10个月，但这会出现上述疑问；如果是“十二个月”，那就违背了科学，因为现代医学早已表明，正常的孕期通常38—42周，即10个月左右，再多基本就是问题婴儿。
因此，无论怎么看，司马迁说秦始皇是吕不韦之子都没有依据，但他偏偏这么一本正经地记载了！
需要注意的是，孔子说“名不正言不顺”，秦始皇如果是吕不韦之子，那就意味着他不是“正统的秦国帝王”，这就从根子上否定了秦始皇。
秦始皇羞辱舜妻
帝舜是上古名人，传说他的妻子是娥皇女英，帝尧的两个女儿，被湘江边上的湘山祠堂祭祀着。根据史记记载，公元前219年秦始皇第二次巡游，计划从湖南范围咸阳，路过湘江时遭遇一场大风，几次都没能过江，得知湘山祠祭祀的是娥皇女英，于是下了一条“变态”的命令，让人将湘山上的树木全部砍光，将湘山涂成赭色（囚犯衣服颜色），以示将娥皇女英贬为犯人。
《史记·秦始皇本纪》：（秦始皇）至湘山祠。逢大风，几不得渡。上问博士曰：“湘君神？”博士对曰：“闻之，尧女，舜之妻，而葬此。”于是始皇大怒，使刑徒三千人皆伐湘山树，赭其山。
作为一个雄才大略的帝王，做出如此无聊且变态的举动，实在让人难以理解。本世纪初，湖南大学岳麓书院购买了一批秦简，被史学界称之为“岳麓书院秦简”，显示司马迁的记载纯属子虚乌有。
《岳麓书院藏秦简（伍）》：秦始皇登临湘山，说“自吾以天下已并，亲抚海内南至苍梧，凌涉洞庭之水，登湘山、屏山，其树木野美，望骆翠山以南，树木见亦美，其皆禁勿伐。”大臣建议将之像咸阳皇家园林一样管理，并将骆翠山以南封起来。通篇所说的内容，完全与司马迁的记载相反。
其实，早在周代时，中国人就有环保意识，到了秦朝时已经制定了相关的环保法，世界上第一部环保法是秦朝的《田律》，保护的对象包括树木、植被、水道、鸟兽、鱼鳖等，当时政府是不让轻易砍树的。因此，从秦朝律法角度来说，秦始皇不太可能知法犯法，司马迁的这段记载明显不符合常理。
总之，无论司马迁这段记载的来源何在，或是民间传闻，或是前人记载，都存在一个明显的问题，就是秦始皇“羞辱舜妻”的事迹过于离奇，不太可信，只要谨慎考证基本都可以发现真相，但司马迁却武断的将之载入史册！
其实，司马迁对秦始皇评价一直不高，《秦始皇本纪》中有云：“秦王怀贪鄙之心，行自奋之智，不信功臣，不亲士民，废王道，立私权，禁文书而酷刑法，先诈力而后仁义，以暴虐为天下始。”说到底，司马迁眼里的秦始皇是一个暴君！
基于这样的认识，于是司马迁在“网罗天下放失旧闻”时，获悉上述两件事后，就没有做基本辨别，就堂而皇之地将之载入史册。换一个角度来说，如果司马迁眼里的秦始皇是一个圣君，上述这两件事大概率不会出现，之所以这么说不妨看一看他对周文王、周武王的描述，通篇都是溢美之词。所谓“尽信书不如无书”，阅读《史记》时也需要加以辨别，不能迷信于司马迁的权威。
参考资料：《史记》等