洪武帝取代元朝后，大批蒙古人出于自我意识的驱使，主动归降明朝
一个蒙古士兵的身后，往往是一个不少于二人的蒙古家庭。倘若爆发战争，这些数量庞大的士兵与其亲眷很难及时撤退，只能主动留居于此或投降、被擒，这些留下的蒙古士兵，是明朝蒙古归附人，滞留于内地的蒙古人团体中的很大一部分。
萨冈彻辰在《蒙古源流》中记述道：一帮接一伙，陆续拼杀着逃脱出来的，是四十万蒙古人中的六万人，其余三十四万被截留在了汉地。
《黄金史纲》等著作中也曾有类似的记载，虽然表述不尽相同，但是都表达了同样一个主旨——当时滞留于内地的蒙元士兵数量，是相当可观的。诚然，这批滞留于内地的士兵，还包括一定数量的色目、汉、女直、回回等民族人口在内，但这其中存在大量的蒙古人则是确定无疑的。
除军士外，还有因仕宦、经商、城破隐居等诸多原因，留居未迁的蒙古人。这一部分蒙古人大多地域分散，事迹较少，因此史料中鲜有记载，很难钩沉计数。
元代忽必烈时，有以蒙古人充各路达鲁花赤的制度，委任蒙古人为各路、州、县长官；若无，则于有根脚的色目人中选择。而元分天下为十一省二十三道，每州皆为路，每路下又辖诸多州、县，均以蒙古、色目人士充当。
成宗大德年间，又有各道廉访司必择蒙古人为使的规定，综合来看，当时于内地为官的蒙古人数量十分可观，且家眷往往随同居住，如此一来，人数又当增加。元明交战，久居中原的这批官员与其妻子亲眷，有随元廷北退塞外者，也有相当一部分留居未迁。其中有部分受到征召入仕明朝，比较著名的有道同、答禄与权诸人。
道同，其先辈为蒙古人，世居于河南，事母以孝闻，洪武三年荐授太常司赞礼郎，出为番禹知县。在任期间，政声斐然，深受百姓爱戴，在受到诬陷而遇害后，县民悼惜之，或刻木为主祀于家，卜之辄验，遂传同为神云。
除了自愿留居内地入仕明朝的蒙古人外，还有一批宁愿幽处深壑、放鹤归田，为故元贞介自守的遗民。明初浙西著名遗民王逢曾作《梧溪集》七卷，其中有不少元朝灭亡后寓居中原之蒙古、色目人的记载。如完哲，蒙古人，载其为江阴上万户，赠都元帅丑厮公之弟，泰州不守，以材谞擢万户，累迁福建参政，乱后归养吴中，可见完哲在元亡后隐居于吴中。
当元军仓皇撤退之时，不仅仅有因上述原因被截留于中原的蒙古人，还有更多无名无姓的蒙古平民也留了下来。除了由于镇戍、为官等原因，留居未迁的蒙古归附人外，还有一部分蒙古人的降附，是受到明朝对元廷各阶层，优越的招谕安抚措施所吸引来归、通过遣使、纳贡等方式以寻求明廷的接纳，这两种来归途径也是出于来归者自我意识的主动驱使，因而均可视为自愿归降。
据《明太祖实录》中的记载粗略估算，洪武时期的蒙古人附明事件多达二百余起，其中通过招谕等因素，自愿款附的案例就有一百余起，约占一半还多。
根据蔡家艺先生统计，自愿归附的降附人在洪武朝约有三十万人，这不仅充分说明了自愿归降，是蒙古人归降明朝的一种主要途径，也深刻的揭示出以这种方式，归附明朝的蒙古人的规模之大。仅洪武三年，一年间就有九起自愿归降的例子，并且都是率领所属部民一同降附。
纳哈出是蒙古名臣木华黎的后裔，拥重兵盘踞于辽东。洪武二十年，朱元璋重振旗鼓后挥师继续北伐，纳哈出不战而降，明朝趁势收降其部众四万余人，并得其各爱马所部二十余万人，羊、马、驼、辎重亘百余里。
除纳哈出所属部众之外，归降的还有元廷各官属将校三千三百余人，国公、太尉、行省丞相、参政等高层官员，这样的规模，足以称得上洪武年间，蒙古人自愿来归中规模最大的一次。引起这次归附浪潮的原因，不仅仅在于明军强大的军事威压，也依托于朱元璋此前几次三番，招谕纳哈出所打下的基础。
自洪武二年起，明朝对纳哈出的招谕不下五次，洪武三年五月，朱元璋遣使谕纳哈出，称朕闻尔总其众不忍重扰，特命使者告以朕意。
洪武四年六月，明太祖又遣黄俦诏谕纳哈出，给他顺其水草犹可自逞一方的优待；洪武十一年，则分别于八月、十二月都有诏谕下达给纳哈出，希望他能审时度势、主动投降。
即使是在北伐途中，明太祖朱元璋仍然抱着招谕纳哈出、不费兵戈的愿望，于洪武二十年正月，派遣蒙古人乃剌吾再次招谕纳哈出，即使前几次的招谕，没有使纳哈出立即来降，但正是有了此前一次次的铺垫，纳哈出最后的主动投诚才水到渠成。况且在招谕的过程中还有不少蒙古人，是受到招谕纳哈出的优越政策的启发带动，而自愿前来归附的。
除此以外，还有一些地位较高的蒙古人，通过遣使、纳贡等乞降方式，自愿归附明朝。故元辽王阿扎失里就是通过遣使乞降的。洪武二十一年十月，故元辽王阿扎失里，先是遣人赍脱思古帖木儿旧降诏书赴京来献，后命宁王塔实帖木儿来表达归降意图，足显其主动归附的诚意；同样遣使乞降的蒙古人，还有故元副枢撒里答歹、故元四川行省左丞瓦剌蒙等。
此外还有故元宗王子巴都麻失里等一百七十七人、元鞑靼王子伯颜忽都等，十九人以及藩王子赤斤帖木儿、平章月鲁帖木儿等众多蒙古高官显贵，通过贡献牛、羊、驼、马、铠甲、器仗等物品，以向明廷表达自己的归附之心。