康熙下旨诛他九族，但仔细一看名字，康熙只好免其官职
孔尚任是山东曲阜人，明初诗人，著名戏曲作家，非常有才华，他为了完成自己“做官”的理想，典卖了家中的田地，捐资获得了“例监”（国子生），有一年康熙帝准备亲自到曲阜祭孔，此时，孔尚任便被当地高层选为“御前讲经人员”，正因为这个难得的机会，孔尚任受到康熙的赏识，被破格封为国子监博士，其实孔尚任是孔子第六十四代孙，且不说孔尚任的能力，光这一个名头，就够康熙重视的了。
当时当官只是孔尚任的一个心愿，却并不是他一生的追求，他热爱文学，又因身在戏曲鼎盛的北京，便开始研究戏曲，他写了一篇文章叫《桃花扇》，这篇文章的主要是写王朝的兴衰的，当然主角不是清朝，而是明朝，这篇文章在民间流传很广，1700年正月初七，孔尚任邀集了名士挚友18人在岸堂相聚，酒席宴前，让伶人清唱《桃花扇》新曲，众友人无不称快，忘乎所以，此后，《桃花扇》又在菜市口胡同的碧山堂大戏台，由著名昆曲班社连演数场，一时轰动京城。
这一动静，很快传入宫内，康熙皇帝闻讯索阅了《桃花扇》稿本，因《桃花扇》颂扬了史可法、左良玉等明朝抗清人物，引起了康熙及满族大臣们的反感，后来，这篇文章被康熙皇帝知道了，康熙皇帝大怒，扬言要诛这位作者九族，当时康熙并不知道是孔尚任写的《桃花扇》，但是一看名字才知道是孔尚任，还是他亲自召见封的官，这不是打自己脸吗，而且杀圣人后代带来的影响也不好。
康熙只好以“疑案”罢官，孔尚任带着悲愤的心情回到家乡，过着清苦寂寞的生活，其中，他曾往山西平阳、河南大梁、湖北武昌等地作过短期的漫游，做过幕僚，终在抑郁之中逝于曲阜。