司马迁对商鞅有一定崇拜心理但也从个人性格上对其有一定批评
这些评价集中在《商君列传》最后，如果概括起来，就八个字——刻薄少恩，反噬自身。
太史公举了大致如下论据——，“挟持浮说”，大概是讲商鞅的法家理论不属于“正统”儒学一类；“因由嬖臣”，通过秦孝公宠幸的“太监”上位；刻薄少恩，包括“刑公子虔”“欺魏将卬”“不师赵良之言”，等等。
他说，这才让商鞅在秦国落下了谋反的“恶名”。这是指商鞅黾池被杀和尸首车裂。
“刻薄少恩，反噬自身”，或许算是很负面的评价了。但与“千古罪人”相比，大概差着十万八千里了——不仅“负面程度”悬殊，关键是“负面性质”截然不同。
司马迁是从“个人性格”角度评价商鞅的。或者说，太史公认为，源于“个人性格”才酿成了商鞅“卒受恶名于秦”的悲剧。
不妨认为，司马迁内心，实际上对商君满怀崇敬，对其功绩也津津乐道。然而，一生强秦，却落得如此悲惨下场。以致他喟然而叹——“太史公曰：商君，其天资刻薄人也！”——都是天生性格惹的祸呀！
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司马迁
说司马迁对商鞅满怀崇敬之情，这看看《商君列传》在《史记》诸列传中排于第八就知道了。排在前面的七篇，除《司马穰苴列传》外，另六篇非讲一人，《商君列传》是单独成传的第二篇。
再看看《商君列传》篇幅，竟大大长于总共六十九篇列传中大多数，也就可以知道了。
篇幅长，因为史迁详细讲述了商鞅变法的过程和内容、艰难险阻和一往无前，其中包括了“刑公子虔”；还讲了他征战四方，开疆拓土，包括智擒魏公子卬。
太史公说：“居五年，秦人富强，天子致胙于孝公，诸侯毕贺。”这是不是司马迁由衷的赞叹呢。
韩愈诗云：“孔子西行不到秦”。为何，大概觉得那里穷乡僻壤没文化。
秦国原来连诸侯国都算不上。先公非子善养马，深得周孝王欢心，赏赐了土地和“秦嬴”的号。到儿子辈才被称为“秦伯”。
在很长时间里，秦国根本没资格和那些大诸侯国称兄道弟。
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秦孝公
翻回头看看《史记·秦本纪》所云：“秦孝公据殽、函之固，拥雍州之地，君臣固守而窥周室，有席卷天下、包举宇内、囊括四海之意，并吞八荒之心。当是时，商君佐之，内立法度，务耕织，修守战之备，外连衡而斗诸侯，于是秦人拱手而取西河之外。”
太史公这是引用了贾谊《过秦论》中的原话。他还引了下面的话：“及至始皇，奋六世之余烈，振长策而御宇内，吞二周而亡诸侯，履至尊而制六合，执敲扑以鞭笞天下”云云。
“奋六世之余烈”，即从秦孝公开始，也就是从商鞅变法开始。
孝公既没，惠王登位。虽然他杀了商鞅，还五马分尸，灭其全家，但没更改他制定的新法，后来的几位秦王都没更改，这才有了秦王政的荡平诸侯、统一天下的局面。
这里面，是否又包含有司马迁的一份崇敬呢？
别怪太史公对商鞅有负面评价。
第一，司马迁晚了商鞅二百多年，生活在汉武帝时代。汉代秦，不说秦朝包括秦朝变法的祖师爷商鞅不好，还能说汉朝没有合理性？这是时代使然。
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第二，董仲舒之后，儒学已被“翻新”，外儒内法，还掺杂有道家、阴阳家货色。司马迁就是董仲舒的学生，不受老师影响是不可能的。所以，他有一套刻上了深深新儒学的道德观。
其实，这暴露出司马迁“历史观”上的大纰漏——评价历史人物，是不能以“个人性格”作为标准的。
《商君列传》里讲商鞅第一次变法，归纳起来，是六个方面——建立什伍连坐制度；鼓励告奸；推动民众分家从事生产；奖励军功，严惩私斗；重农抑商，导民于本业；爵位等第完全以军功为标准。
第二次变法，五个方面——将都城自雍迁至咸阳；进一步禁止父子、兄弟同室居住，推行小家庭；确立县制，将全国划分为三十一个县；彻底废除井田制，统一国家赋税；统一度量衡。
两次变法，目的很明确——发展生产，鼓励军功，抑制贵族，垂直管理。
这对于秦国的迅速富强，无疑起到了重要作用。
作为保证的，就是严刑苛法，贵庶同罪。
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商鞅
变法不久，太子触犯新法。商鞅说：“法之不行，自上犯之。”就处罚了太傅公子虔。后来，公子虔还犯法，于是被施以劓刑。
司马迁很会写。
他先写道，“行之十年，秦民大说，道不拾遗，山无盗贼，家给人足。民勇于公战，怯于私斗，乡邑大治。”后面他又写道，“商君相秦十年，宗室贵戚多怨望者。”秦孝公去世，太子即位，公子虔一伙人告商鞅谋反。于是就有了后面悲惨的结局。
没有商鞅最初的“刻薄少恩”，也不会有秦国的真正强大。
与其说商鞅的悲剧是由其“刻薄少恩”引来“反噬自身”，不如说是公子虔等“宗室贵戚”对他“挟嫌报复”，这应该更符合事情的本质。
好在，秦惠王并没有从变法道路上转身向后。
明代大学问家王夫之说到秦国，他讲：“秦以私天下之心而罢侯置守，而天假其私以行其大公，存乎神者之不测，有如是夫！”“秦之所以获罪于万世者，私己而已矣。斥秦之私，而欲私其子孙以长存，又岂天下之大公哉？”
大意是说，秦国评定诸侯设立郡县，这是秦王统一天下的私心，而“天”，也就是时代，借着这个“私”，实现了进步这个“大公”，这是神仙都不可能预见的。秦，之所以万世被唾骂，是因为其“自私”。而骂秦“自私”者，不过是为了让自己的子孙世代霸权的“私利”，这怎么能说是“大公”呢！
潜台词是，必须要从时代进步的角度评价历史。当然，无疑应该包括商鞅。