三藩之乱时耿精忠虽然迅速降清却依然在战后被处死
在他袭爵后的两年，刚刚亲政的康熙皇帝就雄心勃勃的干了一件大事，即决定撤藩，这就引起了三藩内部的普遍不满。清平西王吴三桂于康熙十二年（1673年）十一月猝然起兵反清，在康熙十三年（1674年）三月，以狂飙之势迅速占领湖南全境，推进到长江，清廷鉴于事态严重，为了不使局势恶化，“惟驰诏闽、粤两藩勿撤”，但是，耿精忠“鸣剑之心已非一日”，再加上与吴三桂暗通款曲，有兔死狐悲，物伤其类之感，又觉吴三桂造反后形势大好，遂于康熙十三年（1674年）三月十五日也起兵反清。
但是，说是三藩反清，其实就是吴三桂一方在全程发力，另外俩完全就是在帮倒忙啊！尚之信以前说过，就不提了。就耿精忠来说，这位三代王本人的谋略和其军事实力实在是不怎么样。康熙帝对他的评价倒是恰如其分，就是“庸懦无能，痴愚寡识”。
耿精忠
首先，他在时机选择上就有问题，如果他和吴三桂几乎同时反清，显然对清廷形成的压力更大。据《闽中纪略》所载，耿精忠的造反准备是早就开始了，而吴三桂于康熙十二年（1673年）十一月初反清，他迟至康熙十三年（1674年）三月才起兵。显而易见，存在着坐山观虎斗的想法，就是说一开始吴三桂就单打独斗了4个月，而就在这4个月之间，清廷不断调集军队派往荆、襄流域。据《清圣祖实录》记载，在耿精忠还未造反的康熙十三年（1674年）正月，清廷至少有四批军队到达荆州、襄阳、郧阳等地构筑荆、襄防线，有效阻止了吴三桂的北上和东进，若耿精忠哪怕在正月起兵，至少也能起到一定的牵制作用，耿精忠迟至三月起兵显然就错过了反清的最佳时机。
而且，其部确实战斗力不足，至少比吴三桂差了很多，一开始确实打了清廷一个措手不及，由于清廷对耿精忠谋叛准备不足，让耿部不仅占领全闽，还攻占了台州、温州、处州三府以及衢州的常山、开化、江山三县以及江西的广信、建昌、饶州、抚州等地。《四王合传·耿仲明》记载：“时承平日久，民不知兵，一闻精忠兵至，守者或降或遁，故所向皆捷。”
但是，当清廷缓过神来之后，耿精忠部就显示仅仅只可自守的颓势。清军于当年七月份开始发动反攻，连败耿部在浙江的主力部队。十二月，清军都统巴雅尔、副都统马哈达，击败徐尚潮5万人马，斩杀2万余，首次大规模战役告捷。康熙十四年（1675年），再次击败徐尚潮，收复处州。而贝子傅喇塔也连败曾养性部，曾部在连败之下，居然再也不和清军出城交战，只能固守温州。
相对于吴三桂的连占六省“气吞万里如虎”，这耿部战斗力也太差了，而江西方面也毫无进展，通过江西与吴三桂合兵的计划成了泡影，要不是吴三桂、王辅臣牵制了清廷大部分兵力，恐怕耿精忠死的更快。
郑经
而耿精忠自己搞的一系列操作，更给自己的迅速降清埋下了伏笔，话说耿精忠反清后，深恐自己的实力不足，于是就联络了在台湾的郑氏集团的郑经前来助兵，而郑经对这件事也非常重视，决定全力帮助耿精忠。但是，耿精忠刚开始实在打得太顺了，所谓“乃不一月而全闽降附，浙之温处、江右之广信、粤之潮州亦相继纳款”，就对请郑经过来这事很后悔，毕竟这要是郑经来分他的战果也是很难受的事。
还有据其派往郑军的使者黄镛说：“海上舟不满百，兵不满万。”耿精忠对郑经一方更加不屑一顾，史称“精忠始轻之”。于是乎，就毁约，“即通行各沿海边界，照前例禁，寸板不许下海，绝郑经往来。”
郑经哪里能咽下这口气，干脆就地攻打耿精忠部，一火并，把耿精忠部打的节节败退，连续攻下了漳州、泉州、厦门、金门。耿精忠这时和清军激战正酣，后院又被郑经放了一把大火，陷入了两线作战的局面，被迫将江西的军队撤回，而这个战机被清廷敏锐地察觉，康熙皇帝遂对耿部发动了更强的攻势。《清圣祖实录》有云：“耿精忠撤建昌诸贼，其为海寇所逼无疑，我兵宜乘机前进，其令大将军杰书，将军贝子傅喇塔、赖塔，总督李之芳等，速剿闽寇，酌量招抚，勿坐失事机。”
清军加强攻势，八月入闽，连战获胜九月底进抵延平（今南平市），福州已经遥遥在望，耿精忠被两面夹攻，无力再战，不得已接受清军招抚，于康熙十五年（1676年）十月率文武群臣开城投降。而耿精忠是在康熙二十一年（1682年）被康熙皇帝以谋反罪名磔杀的。
尚之信
其实，说句实话清廷磔杀耿精忠与尚之信有点不一样，尚之信在投降后，首鼠两端，确实有可杀之理，但清廷杀耿精忠确实有过河拆桥的味道，因为耿精忠在归降之后，还是比较卖力的，清军之所以能顺利收复漳、泉等地，也与耿精忠奋勇作战有关。
至于后面的谋反罪名，很可能真的是被罗织了，如果真要重新谋反，耿精忠完全没必要在康熙十九年（1680年）四月，疏请陛见并移交兵权。所以耿精忠的死亡命运在他举起反旗的一刹那已经决定了，不管怎么表现都是无济于事的，只是清廷的平叛战争没结束，才留他一条性命以稳定人心。一旦平叛战争结束，他也就失去了利用价值，自然就成了清除对象了。