这一年八月明熹宗病逝,年仅23岁。由其五弟朱由检即位,改年号崇祯。崇祯皇帝于十月彻底铲除大太监魏忠贤集团(刘伯温曾经预言:八千女鬼闹京城—魏忠贤,大明王朝遇顺则亡—李自成),提拔袁崇焕为兵部尚书,负责河北,辽东的军事,并赐尚方宝剑。
袁崇焕重新回到宁远,选拔将才,整顿军队,积极备战,士气大振。东江总兵毛文龙驻兵国外,八旗兵和明军交战时,他牵制八旗兵,演技扰八旗兵后方,平时在国外做贸易,大明王朝很多太监,官员都收取过毛文龙的银子。袁崇焕刚一上任,毛文龙就送来银子,袁崇焕当即拒绝,为整顿军纪,以作战不利,虚报军功之罪,用崇祯皇帝赐给的尚方宝剑,将毛文龙斩首。
皇太极要攻击明朝,却无法通过宁远,锦州,山海关,无法击溃袁崇焕的严密防务,于是,决定改变进兵路线,1629年春季,皇太极率领几十万八旗兵,绕道蒙古,河北遵化,直扑大明王朝京师—北京。这出乎袁崇焕的意料,连忙带兵驰援,在北京城外,袁崇焕迫使皇太极退兵,魏忠贤余党借机造谣道:袁崇焕引兵攻击北京城,朝中大臣也纷纷为毛文龙喊冤。
皇太极不断放回一些被俘明朝将士,这些人员回到北京城四处传言:袁崇焕和皇太极达成停战条约,要出卖大明王朝。崇祯皇帝是个疑心很重的人,满朝文武百官,太监,京师百姓都在谣传,信以为真,命令锦衣卫缉捕袁崇焕,押进大牢,凌迟处伤。袁崇焕开刀时,北京城文武百官和老百姓纷纷争食袁崇焕的肉片,以解心头之恨,袁崇焕被解三千多刀后伤去,伤相极其一起。直到乾隆四十九年(1784年)民族英雄袁崇焕得到平反。
皇太极使用反间计除掉心头大患袁崇焕后,高兴得无法形容,1635年,皇太极把女真族改称满洲,一年后,在沈阳(盛京)称帝,国号清。加封父亲努尔哈赤为清太祖,皇太极就是清太宗。