他赤手空拳收编30万叛军，是明朝最后的战略家，不料英年早逝
为了实现平身夙愿，堵胤锡全心身投入军营，他加紧训练士兵，亲自研究、讲授战术。不仅如此，堵胤锡还十分注重军队士兵的精神塑造，他以越王勾践为榜样，创建“君子营”，招募三千“君子”，并亲自把关，测试这些人的勇气和忠义，准备把他们培养成可以卧薪尝胆、反败为胜的中坚力量。（注：越王勾践曾以三千越甲，打败吴王阖闾，成为春秋霸主）
在堵胤锡训练士兵的同时，闯王李自成的残部，在他的侄子李锦的率领下，从川陕一路溃逃，跑到了湖南醴州界上，并安营扎寨。闯王李自成战死后，起义军的主力并没有完全瓦解，仍有十八部，超过30万人，还有一定的军事实力。
但对于南明来说，是闯王带着起义军攻下京师的，崇祯皇帝的死，闯王和他的起义军要负直接责任。从这一点来说，大明朱氏和闯王李氏不共戴天，水火不容，南明满朝文武也是如此认为，尤其是督师湖广的何腾蛟，甚至准备倾巢出动，与闯王遗部决一死战。
对满清八旗兵来说，隔岸观火，让南明和闯王自相残杀，各自消耗，然后坐收渔翁之利，最划得来了。就在战争一触即发的情况下，堵胤锡提出了“招抚”的策略，认为此时南明刚刚建立起来，满清才是最大的敌人，而且闯王也是被满清所杀，所以存在联合抗击满清的基础条件，并向南明皇帝毛遂自荐，许诺只身前往起义军的营地，说服李锦接受南明收编。
就当时的实际情况来说，堵胤锡的分析很有道理，于是南明朝廷准许了他的设想，由他去招抚新任闯王李锦及其余部30万之众。
话说，堵胤锡的确有才能，在他动之以情、晓之以理的劝告下，上至李锦、下至起义军士兵，被感动得泪流满面，纷纷表示愿意听从堵胤锡的号令，受他的节制。临走时，李锦等人还特意准备了宴席、歌舞，想要款待堵胤锡，然而却被堵胤锡拒绝了，理由很简单——两京还未恢复，百姓十分困苦，这难道是人臣欢宴听乐的时候吗？结果弄得李锦等人更加无地自容了。
收编李锦等30万众之后，南明的防线的确有所加强了，后来跟清兵在荆湖地段一直拉锯作战，甚至还大败过清兵。然而，可惜的是，南明党争不断，堵胤锡虽然有着清晰的战略头脑，却一直没有办法实施，到了后来，他领着南明皇帝授权的十二面龙旗，也无法调度各地军马，结果年仅49岁就在出征的途中，吐血而亡，南明失去了一次翻盘的机会。