他打败张献忠，在四川发现了一个秘密，不得已告老还乡
到了崇祯十三年，降而复反的张献忠等人，在在湖北十堰的房县设伏，以故意败退、诱敌深入的战术，一仗下来，明军统兵的左良玉、罗岱两人，除了左良玉侥幸逃脱，罗岱和一万多明军要么被杀，要么被活捉，气得崇祯皇帝把督师的熊文灿撤职、杀头，换来杨嗣昌到襄阳督军。
在总督军杨嗣昌的要求下，原本在陕西驻防、总督西北边防的郑崇俭也被拉到了围攻张献忠等人的前线。话说，这个郑崇俭也是一个狠角色，他原本接替洪承畴，总督陕西三边军务，经过跟蒙古人、边民对垒，战功卓著，经验丰富。
随着明军的增多，张献忠逐渐失去了主动权，于是想方设法向四川进攻，希望借助四川天堑，阻挡明军的攻势。但是，这个算盘打得并不够精，被郑崇俭接二连三地猛锤，差点一命呜呼了。
首先是玛瑙山大战，这是郑崇俭入川，跟张献忠打得第一仗，结果是斩获农民军首级一千三百多个，同时逼迫二十五名追随张献忠的头领向朝廷投降，当然还缴获了数之不尽的武器、军粮和马匹。这一仗张献忠完败。
其次是柯家坪，败逃的张献忠虽然实力遭受了损失，却战斗力还在，甚至一度包围了前来追击的四川将领张令。于是，郑崇俭派兵继续追打，解了张令的围，顺带让部将贺人龙、李国奇等人穷追不放，最终在寒溪寺、盐井再一次大败农民军，又斩获了上千首级。
相对玛瑙山一战，寒溪寺战斗的收获更大，张献忠身边的最亲近的人，像“顺天王”“一条龙”“一双龙”都举手投降了。
按理说，继续追击下去，张献忠必败无疑，但郑崇俭此时却紧急向朝廷上疏，以年迈体衰为由，请求辞官回家养老，这个要求自然没能得到批准，但崇祯皇帝允许他先返回关中休养，让他的部将继续在四川跟张献忠作战。
于是，郑崇俭马不停蹄地跑回了关中，试图与一线的明军彻底切割关系，为何有功不立呢？原来郑崇俭在四川的时候，发现他虽然打胜仗，但一半以上的功劳都被杨嗣昌霸占了，比如玛瑙山一战，战绩斐然，却只提了一级官职而已。
没有功劳，就不能领赏，同理没有赏钱，就没有办法犒劳手底下卖力的士兵，这些明军拼死拼活，从陕西远道而来，大多数不是为了朝廷的长治久安，而是为了军功，好恩荫子孙，但打了胜仗，却没一点功劳，长此以往必然出现不满，迟早要出乱子。
也正是如此，郑崇俭二话不说，拍拍屁股，就想自己先脱了关系，然而人算不如天算，郑崇俭走后不久，入川作战的明军果真发生了哗变，但在杨嗣昌等人的操作下，郑崇俭还是成了替罪羔羊，被崇祯皇帝论罪处死了。