朱元璋20多个儿子，偏偏要传位给孙子，这里面讲究大了
为此，朱元璋十分悲痛，他在皇宫东角门召见群臣时说：“朕老矣，太子不幸，遂至于死，命也！”说完不禁大哭，这时他已经65岁了，或许他为自己在位这么长时间，以至于太子没有当过一天皇帝感到内疚。
朱标死后，皇位继承人的问题经历了几个月的讨论，到九月朱元璋决定立朱标之子、皇孙朱允炆为皇位继承人。对于这个结果，史料认为朱元璋是采纳了谋士刘三吾的建议。
事实上这种说法很难成立，立皇太孙为继承人是朱元璋的本意，而刘三吾只是迎合了朱元璋的意思。
但朱元璋立皇太孙朱允炆为继承人的做法事实上是不符合常理的，因为这样一来，他的儿子辈就没人当过皇帝，属于越级继承。按照兄终弟及的原则，太子死后，应该由其次子秦王朱樉继位。朱元璋为什么立皇太孙为皇储，而没有按照兄终弟及的原则立秦王朱樉为太子呢？
普遍的看法是因为朱元璋厚爱太子朱标而不喜欢秦王。的确，朱元璋对秦王的看法十分负面，在太子病死之前，朱元璋正在收拾秦王，双方关系十分紧张。
洪武二十五年朱标死时，朱樉正在南京他父亲的身边，如果朱元璋要立皇子，朱樉来的时机非常合适。但是朱樉此来是接受惩罚来了，朱元璋因秦王在陕西胡作非为将他召回南京处理，同时派太子朱标前往陕西视察，朱标从陕西回来后没多久就死了，据说朱标回来后为秦王说了不少好话。
史料记载：“二十四年，因其（朱樉）在藩国多过失，召还京师，令皇太子巡视关陕，太子还，为之解。”
朱元璋对老二不满，对其进行惩处，并派继承人老大前去老二家调查罪证，老大回来就死了，朱元璋怎么可能把皇位传给正要接受处置的老二呢？但是朱元璋又不能越过老二把皇位传给老三、老四。因此，他只能隔代传位，把皇位传给了老大的儿子朱允炆。
事实上，上述说法并非主要原因，朱元璋立皇太孙为皇储，既不是出于对太子的厚爱，也不是出于对秦王的厌恶，而是与分封制有关。
时下诸子已各自封藩，如果让秦王当皇储，那秦藩由谁继承呢？太子一脉又该如何处置呢？如果让太孙和秦王互换，则破坏了朱标与朱樉的伦理顺序，与礼法不符。
可见，如果立秦王为太子，将会产生许多麻烦。
朱元璋是一个思维僵化的人，他希望一切都按部就班、一成不变，不喜欢变化，因为稳定将带来和平，而流动易产生动乱。这不仅体现他对藩国的安排上，他希望太子一系永远是皇帝，而诸王一系永远是藩王，这样才不会出现混乱，以为万世典范。
此外，如果立秦王为皇储，也与朱元璋对国家的整个战略布局不符。当时朝廷有一部分人主张定都西安，洪武二十五年朱标死前赴陕西考察，即有调研在西安建都的可行性的目的。朱标死后，朱元璋立秦王为太子，即符合兄终弟及的原则，又可以顺势定都于西安。
但是这样一来，整个国家的战略重心将会移至西安，江淮一带将成为边区，不利于对这一地区的统治。军中大量出身于江淮一带的将领很可能会利用这一统治薄弱的情况在其故乡起事，对朱明王朝构成威胁，这是朱元璋后期最为担心的事情。
七月，朱元璋让朱樉回到陕西，这实际上也等于否决了他的继承权。九月，朱元璋宣布传位朱允炆。
这一决定带来了许多后续问题。
朱允炆是一个弱主，而他的几个叔叔历经战阵、年富力强，中央与藩王实力对比不利，这产生了两个问题：一是藩王有窥视皇位的野心；二是朱允炆有削藩的动机。
这两件事都是朱元璋所不能接受的，因此在他执政的最后时期，花了大量的精力去做有关的教育，劝朱允炆不要削藩，劝藩王不要窥视皇位，两下各安生理，以免发生内斗为外人所乘。
不过，朱元璋的想法是好的，但他忽略了皇位的极大诱惑力，以及皇权至高无上的权力，朱允炆和朱棣最终还是因为皇位之争发生了他最不愿看到的事情。