刘穆之分析道:“晋朝失政不是一天两天,又经过桓玄篡典位,天命已不在晋。您重兴晋祚,功劳太大了,功劳一大,就有高位,功大位高,就难以长期保持。以现在您的情况,岂能退让去做一个守边将领?况且刘毅孟昶那几位,跟您一样都是起自布衣,一起建功立业,本心都想扶助君王以取富贵,因为参与中定谋和举兵有先后,所以推您做盟主,不是因为对您心悦诚服,已经定下君臣分际。如今大家势均力敌,将来一定会互相吞噬。扬州是国家根本,不可交给别人,当年上下授刺史与王谧是一时权变,哪里是因为本来就该这么做呢?如今若再让他人做刺史,必然会受制于人,权柄一失,再不可得;而您功劳太大,又不能放在一边,朝廷既疑复畏,彼此间产生矛盾,将来的危难,难道还不值得仔细考虑吗?”
刘裕认为刘穆之的分析太有道理了,在和皮沈会见时,按照刘穆之的嘱咐,说:“扬州是国家根本所在;宰相地位重要,这是兴亡所系之事,人选应该仔细选出。既然是大事,也不好隔得这么远来商量,我会短时间人朝,大家一起说说自己的想法。”随后,刘裕赶紧人城,果然被任命为扬州刺史,成为东晋末年的宰相,从而真正控制了政局,这时正当义熙四年正月。
这是刘裕取得的一次具有决定性的胜利。由此也可以看出刘穆之作为一个政治家的远见卓识。刘穆之为此官职也一路上升。
公元415年,刘穆之被任命为尚书右仆射。转年,刘裕北伐,留世子为中军将军,让刘穆之担任左仆射,领导坚军、中军二府军司。
这时,刘穆之总理朝政。他为刘裕的军事行动提供各种保障,处理政事更是决断如流。各种各样的人物都来找他,各种各样的事情都要他处理。他经常是宾客盈门。他自己呢,则眼睛看着文书,手里做着答复,言谈举止,丝毫没有倦怠的表情。他的才能足以应付这些复杂的公务了。
唯一的不足就是,刘穆之生性豪爽,又喜好和宾客交往。所以,每顿饭都有不少人跟着吃喝。他自己对刘裕说:“我家本来贫寒,经常缺粮断米。自从跟了您以来,朝夕所需,都很丰厚花销也大了。除了这一点,没有一丝有负于您的。”
公元417年,刘穆之病重。刘裕听说了,派正直责门郎前来问候。但还是没能留住刘穆之的生命。这一年,刘穆之58岁。