马晓晴出生于上海市一个知识分子家庭,1979年,11岁的她被谢晋挑中出演《啊!摇篮》(饰演小湘竹),从此踏上演艺之路。拍完《啊!摇篮》后,马晓晴的脑子里开始萌生出长大后当明星的梦想。高中毕业前的马晓晴拍了7部儿童片,成了当时全国名副其实的小童星。1986年马晓晴不顾家人的反对,考入了上海戏剧学院。
作为1989年金鸡奖最佳女配角的唯一提名者,马晓晴得奖本应是十拿九稳的事儿,然而那届金鸡奖的评委会主席正是带她走上电影之路的谢晋,谢晋导演当年提出,不给马晓晴颁奖。谢晋导演表示“让年轻女演员这么早就得到大奖,她们拿了奖就会往外国跑。”当时有将近半数金鸡百花最佳女演员得主拿到奖后都出国,其中就包括陈冲、张瑜、斯琴高娃、龚雪等。为此,马晓晴与大奖失之交臂。
2010年,马晓晴出演了《团圆》,该片曾获柏林电影节银熊奖。谈到《团圆》中的角色,马晓晴曾表示:对于是否继续当女演员,她认为早已没有了欲望,之前拍《团圆》时仅剩的欲望也用完了。对于退居幕后当导演的事她也不想多谈。