“黑船事件”过后，日本是如何摆脱幕府迎来“新生”的？
对于江户时代的日本来说，不时出现的西洋海上舰船是漫漫太平岁月中搅人清净的几声虫鸣，却不知西方殖民者基本完成对南亚、东南亚的征服后，正以难以匹敌的坚船利炮积极向东亚渗透，最终将虫鸣之音化为雷鸣之声。
建国后国力急剧膨胀的美国，需要为横渡太平洋前往中国的船只获取可靠的补给站，因此渐渐成为最积极要求日本幕府打开国门的国家，并最终实现了这一目标。1837年，美国商船摩利逊号开入江户湾要求通商，却立即遭到炮击，只得悻悻而回。幕府还声明以后将照此办法，来航洋船一概击之。
日本江户幕府时代的朱印船。
面对不断加剧的沿海危机，江户时代的兰学家行动起来，渡边华山和高野长英撰写《慎机论》、《梦物语》等书，抨击“击攘政策”，主张与西方建立平等的外交关系。但幕府的反应却是展开迫害运动，致使两人先后自杀，以此为代表的一场“蛮社之狱”，竟使得掌握西洋情报最多的兰学家群体凋零。
江户时代后期著名兰学家高野长英画像。
1842年，英国对中国发动鸦片战争，打败清军后迫使清政府开放国门，签订不平等条约。消息传到日本后，终于震动了老中水野忠邦为首的幕府高层，连忙于1841年将佐贺藩内学习荷兰军事的高岛秋帆及其门徒们请至关东，在武藏德丸原展示使用荷兰造洋枪洋炮、按照荷兰军队教程实施的作战战术。又于1843年撤销《异国船只驱逐令》。但因为“天保改革”计划引发反对声浪，水野忠邦于1844年便下台了，高岛秋帆竟然也很快被逮捕入狱，门徒四散。自此以后，虽然不断有消息传来，英美俄等国将派遣舰队前来迫使日本通商，但幕府完全成为埋头的鸵鸟，无所作为直至美国佩里舰队到来。
身处内忧外患之中的幕府管理者——水野忠邦。
1848年，美国吞并加利福尼亚成为新领土，并在当地发现金矿，引发“淘金热”，无数美国移民涌向太平洋海岸。为了太平洋上的贸易和捕鲸事业，迫使日本打开国门已刻不容缓。终于，1853年7月8日，马休·佩里准将率领“黑船”舰队抵达浦贺港，坚决不肯退去。幕府于7月14日在久滨里举行仪式，接受美国总统国书。约定明年春季再来之后，佩里终于离去。“黑船来航”事件将德川幕府整个体制矛盾暴露在了光天化日之下：
第一个矛盾，幕府的外交体制是“大君外交”，将军作为“大君”在处理对外事务时是日本最高元首的身份，但在日本国内，日本名义最高元首仍是天皇。现在作为美国元首的总统递交来国书，这烫手山芋是将军自己处理了呢，还是扔给天皇(即请求天皇“赦许”)——那到底谁是日本元首?
第二个矛盾，毫无疑问美国人坚船利炮，一旦开战，身为岛国的日本比泱泱大国的清王朝更难实施抵抗，更不用说只掌握六七万直属旗本、家人的幕府。但如果动员日本各地大名自行组织武力防御，则又违反了“强本弱末”政策，会动摇幕藩体制根基。
第三个矛盾，如果幕府想要凭借自身的力量抵抗外敌入侵，那么武士军队就必须改制为近代军队。西方近代国民军队从武器编制到建军思想、征兵体制、训练方法，与武士军队的差距何止十万八千里。如此彻底的改革形同将世代传袭的武士军队灭亡，甚至将颠覆“士农工商”之封建社会基础。如此釜底抽薪的改革搞还是不搞?
第四个矛盾，西方国家的目的在于通商，幕府也终于明白在此新时代中，与各国通商互换有无，才能培植产业、增进财富，巩固幕府统治。与外国通商还需要日本撤销藩国壁垒，即全国的政治、经济要由现代统一政府来组织。那么作为德川幕府统治基础的幕藩体制还能够继续存在吗?
综上所述，“黑船来航”事件将一大堆政治、外交、经济、军事、社会之矛盾，一股脑压至德川幕府面前，而且这些矛盾都有此特点：无论幕府采取保守的或激进的对策，都会相应产生更多的矛盾，所以幕府眼前根本没有好的选择。后世的历史学家无法指摘幕府面对危机时不够努力，但努力的后果如何呢?
日本人笔下的马休·佩里。
针对第一个矛盾，幕府首席老中阿部正弘只得打破“大君外交”由将军包办外交决策之惯例，向朝廷汇报“黑船来航”事件，又向各国大名征求意见，而对象不仅包括谱代大名，还包括从来无资格参与幕府决策的外样大名。如此一来，看似一时之间责任被分摊了，但由此发端，天皇、公卿、外样大名，直至各国中下层武士乃至平民，都参与到政治外交事务中来。
当佩里依照约定率领规模更大的“黑船”舰队于1854年2月再次来到日本，并以更加恫吓性的姿态对待幕府之后，终于迫使幕府于神奈川签订《日美和亲条约》，打开日本国门。西方各国随后纷至沓来迫使幕府订约。反幕府公卿、外样大名的嘴皮子越发摩擦飞快，而中下层武士乃平民干脆动刀动枪，开始搞“尊皇攘夷”，“天诛”亲幕府人士。——将军必须要面对不但在名义上，而且在事实上失去日本元首之权力的现实。
针对第二个矛盾，幕府只好承认“二百年升平，武力衰微”的现实，采取了撤销大船建造禁令、建造海岸防御炮台、兴建炼铁反射炉和关口铸炮厂、向荷兰订购蒸汽船、开设长崎海军传习所、录用兰学家创建藩书调所等等措施，1856年陆军讲武所亦宣告建立。林林总总的决策在短短两三年内便陆续付诸实施，堪称果断又迅捷，可是当美国在1857年又向幕府施加外交压力之时，幕府仍然没有实力断然拒绝，虽经艰苦谈判，只得于1858年签署《日美修好通商条约》，在关税自主权、领事裁判权(事实上的治外法权)、单方面最惠国待遇等方面丧权辱国，并导致黄金外流、物价飞腾、破产失业者不计其数。如此一来，尊皇攘夷运动更加甚嚣尘上，幕府大老井伊直弼虽发动“安政大狱”加以镇压，激进分子却于1860年将井伊“天诛”砍杀于樱田门外，史称“樱田门之变”。幕府越是搞改革，全社会就越是纷纷攘攘，而以西国大名为首的诸侯也趁此混乱局势，购买枪炮轮船、经营贸易、推行殖产兴业、组建编制近代军队。支撑幕藩体制的“强本弱末”政策自行瓦解。
针对第三个矛盾，幕府必须以近代化的海军、陆军对应艰难时局，却无法保证掌握近代军事技术的家臣与陈旧古板的幕府保持一条心。1864年，胜海舟在神户开设海军操练所，幕府却很快以加入其中的坂本龙马等人思想激进为由，于翌年将操练所关闭。1862年，面对陆军讲武所成果寥寥之状况，幕府颁布了《兵赋令》，但兵源和兵饷仍然来自于旗本领地之上贡，这支幕府“步兵队”在1864年镇压天狗党叛乱中的表现完全不能令人满意。
1863年年初，天皇派遣公卿三条实美向将军德川家茂传达朝廷赦令，限期责令幕府攘夷，由此攘夷运动进入高潮。8月，因为偶然斩杀英国人之“生麦事件”，萨摩藩被英国舰队报复炮击，史称“萨英战争”。由于在6月朝廷规定攘夷期限到时，幕府毫无动作，最积极的长州藩遂自行在下关向外国船只开炮。英、法、荷、美终于忍无可忍，于1864年9月纠集四国联合舰队炮击下关，史称“下关战争”。这场战争的后果是长州藩激进派在高杉晋作、桂小五郎等领导下，更加倚靠成员大多为庶民身份的“奇兵队”等武装团体。这一类军事团体是对“士农工商”之封建阶级制度的颠覆，更是未来实行国民普遍征兵制度所创制“皇军”之鼻祖。普遍装备洋枪洋炮的“奇兵诸队”之战斗力还高于为了军饷打仗的幕府陆军。
现位于横滨市鹤见市生麦的砍杀事件纪念碑
针对第四个矛盾，幕府别无选择，必须在军事、政治、经济各层面上将自身树立为具有全国性统治力的政府，而首要任务便是镇压骚动的西国强藩——但这项首要任务却完全失败。1864年7月京都发生的“池田屋事件”标志着斗争进入白热化，长州藩激进派很快组织队伍上京攻打皇居，被负责防卫的会津、萨摩等藩军联手打败，史称“禁门事变”。一个多月之后，沦为“朝敌”的长州藩又遭四国舰队蹂躏，幕府于年末所发动的“第一次征长战役”之形势似乎好得不能再好。然而此时历史拐点出现了——数月前还与长州藩激战于皇宫禁门的萨摩藩军，以西乡隆盛为首的指挥层转向了，连同公卿们一通忽悠，“第一次征长战役”竟不了了之。随后经由坂本龙马等牵线，萨、长两藩秘密联合，大量洋枪洋炮流入长州。如此形势急剧逆转，其实与幕后洋人的活动相关——1865年幕府与法国已经打得极为火热，以出卖日本多项主权利益(例如由法国公司垄断生丝贸易)为代价，换来法国提供经济、军事乃至政治改革指导等许多援助。而与法国竞争的英国则转头去扶持被自己教训了一顿的萨摩藩，西乡、大久保等有识之士通过“萨英战争”认识清楚日本与西方列强的差距，必须整个推翻封建体制，日本才有出路，于是接受英国援助，转入倒幕阵营。
西乡隆盛。
其后的历史进程可用“一泻千里”来形容：1866年中，幕府终于醒悟过来，发动“第二次征长战役”，但此时积极予以配合的大名藩军已少之又少，幕府军由海、陆多条线路发起的进攻全部失败，威信扫地。末代将军德川庆喜急忙实施最后一轮改革：《兵赋令》取消，由旗本领地缴纳金钱直接用来雇佣士兵、购买法国武器、由法国教官训练，但还来不及获得足够成果，便被迫于1867年10月向朝廷“奉还大政”，此举试图以退为进。然而倒幕阵营步步紧逼，1868年1月初“挟天子以令天下”，发布《王政复古大号令》，随后双方军队在京都附近的鸟羽、伏见进行决战，幕府军大败。倒幕诸藩联军摇身一变成为持有天皇赐予“锦之御旗”的“官军”，由西乡隆盛担任实际总指挥，一路势如破竹进军至江户城下，德川庆喜自行宣布退位，江户“无血开城”。德川幕府就此覆灭。