大将郭子兴离世后，朱元璋实至名归，代领其军仍不忘旧恩！
朱元璋带兵守住和州之后，和州发生严重粮荒，濠州节制元帅孙德崖也正为缺粮犯愁，得到朱元璋镇守和州的消息，率部前来就食。他将部队安置在和州城外的民家，自己带着亲兵请求入城暂住3个月。朱元璋担心他另有企图，想拒绝，又怕他人多势众，只好应允。几个嫉妒朱元璋的将领向郭子兴进谗言，说他投靠了孙德崖。郭子兴立刻从滁州赶来，准备找他算账。朱元璋得到消息，吩咐部众说：主公早上不来，晚上必到。他一到和州，马上向我报告，我将亲自迎接。
夜间郭子兴到达和州，看守城门的人刚好同朱元璋有矛盾，故意先打开城门迎进郭子兴，再报告朱元璋。朱元璋赶紧去见郭子兴，看他满脸愠色，跪在地上不敢吭声。过了好长时间，郭子兴怒气冲冲地问道：你是谁？朱元璋报上姓名，郭子兴厉声喝问：汝罪何逃？朱元璋说：我诚然有罪，但家事可以慢慢厘清，外事必须赶快决断。郭子兴问：什么外事？他压低声音说：孙德崖在此，往昔主公困辱濠梁，是我破其家救出主公，现今相见宁无宿憾？现在最要紧的是赶快想办法，防止他报复。郭子兴听后，沉默不语，算是解除了对他的怀疑。
孙德崖得知郭子兴到达和州，非常不安，决定率部移往他处。朱元璋担心有变，连忙让郭子兴做好防备，自己赶去见孙德崖。朱元璋问孙德崖为什么才住这些日子就急着要走。孙德崖说：你老丈人很难相处，所以我只得返回濠州。朱元璋看他的辞色，似乎不想动武，就说：现在两军合住一座城池，而一支部队要走，恐怕会发生一些摩擦，应该让部队先走，元帅你亲自殿后，万一出事，好出面处理。孙德崖应许了。
孙德崖
孙德崖的部队开始从城里撤出，朱元璋才放了心。这时，有个熟人邀他一道去送朋友，刚走出20多里，接到报告，说城里两支部队打起来了，伤亡不小。朱元璋忙叫随从耿炳文、吴祯牵过马来，跃马飞奔回城，半道上被孙德崖的弟弟逮住。孙德崖的弟弟想杀他，旁边一个姓张的说：我们杀了朱公子，孙元帅也活不成，不如先派人进城看看再说。孙德崖的弟弟让姓张的飞马进城。姓张的到城里看过之后，回来说孙德崖已被郭子兴逮住，锁着脖子，和郭子兴对饮。孙德崖弟弟这才没杀朱元璋。郭子兴听说朱元璋被俘，急得像热锅上的蚂蚁，忙派徐达等人去换朱元璋。过了两天，徐达等人来到孙德崖军中，孙军将士不肯换，还是那个姓张的说，不如放朱公子回去，让他们放孙元帅回来。朱元璋这才脱险回城，孙德崖也被郭子兴放出城去，一场风波算是平息下来了。
郭子兴当初逮住孙德崖，本想将他杀掉，以报上次在濠州被囚之辱，无奈朱元璋被孙德崖之弟所执，只得放了孙德崖，用以换回朱元璋。郭子兴因此心中闷闷不乐，不久病倒，于三月间不治身亡。郭子兴虽然没有远大的志向，而且心胸狭窄，曾经猜忌关过朱元璋，但他毕竟有恩于朱元璋，朱元璋对他的病逝还是很悲痛的。朱元璋、张天祐和郭子兴的夫人、儿子护送郭子兴的遗体回滁州安葬。后来，朱元璋称帝，追封郭子兴为滁阳王，在滁州立庙祭祀。
郭子兴
郭子兴病逝后，孙德崖想趁机吞并他的部队。郭子兴的两个儿子自觉无力应对，捎信给外出作战的朱元璋，让他前往濠州同孙德崖理论。朱元璋手下将领闻讯力加劝阻，他只好作罢。此时，宋政权丞相杜遵道从亳州派来使者，让去人商议论功封帅之事。诸将问张天祐：你能率领大家抵挡元兵的进攻吗？不行的话，你去亳州一趟。张天祐自度没有指挥作战的能力，只得动身前往亳州。朱元璋在和阳带兵戍守，并出击西南诸寨，接连获胜，巩固了和州的阵地。四月下旬，常遇春前来投奔。常遇春，怀远人，相貌奇伟，勇力绝人，猿臂善射。他年纪23岁，为“群盗”刘聚所得，拔居左右。他见刘聚日事剽掠，胸无远图，估计成不了大事，又听说朱元璋在和州声威日著，兵行有律，就带着10人前来投奔。在半道上遇到朱元璋，常遇春跪地迎拜，自请为前锋。朱元璋说：你是饿坏了前来就食的，我怎么留你呢？常遇春再三乞请，朱元璋喜其壮勇，遂用为前锋。后来，在明朝的开国功臣中，常遇春位列第，成为仅次于徐达的勇将。
就在四月下旬，张天祐从亳州带回小明王的敕书，册封郭子兴之子郭天叙为都元帅，张天祐为右副元帅，朱元璋为左副元帅。朱元璋看到敕书，对自己的封号位列第三很不满意，又担心接受册封会受制于人，想拒绝不受。但郭天叙、张天祐都主张接受册封，朱元璋考虑到“林儿势盛可倚藉”，背靠大树好乘凉，现在自己的队伍实力有限，四面受敌，接受小明王的册封，可以利用他的旗号掩护自己，借助他的威望来号令群众，也不失为一种权宜之计，便和郭天叙、张天祐一道接受了册封，奉龙凤为正朔，以号令军中。
朱元璋和郭天叙、张天祐接受小明王的册封后，在和州建立都元帅府。都元帅府的三个元帅，都元帅郭天叙年轻没经验，右副元帅张天祐虽然年岁大，但缺乏智谋，优柔寡断，指挥大权便落在左副元帅朱元璋的手里。和州的部队大多数是朱元璋招募或招降来的，并经过他的训练，听从他的号令，加上他身边又有一批亲信，战将如徐达、汤和、冯胜、邓愈、胡大海、常遇春等，谋士如李士元、毛麒、冯国用、范常等，因此他虽位列第三，实际上却成了都元帅府的主帅。“是时三帅虽共府置事，运筹决策皆自上（指朱元璋）裁。将士乐战，军民倾向，权归于上矣。”接受小明王的封号后，他名义上是宋政权辖下的一员红巾军将领，“纪年称龙凤，然事皆不禀其节制”，拥有按照自己的意志指挥调动部队的权力，成为号令一方的首领。
几万红巾军在和州一住几个月，粮饷的供应非常紧张。四月，在打退元兵的几次进攻后，和州缺粮，发生饥荒，朱元璋便与部将谋划渡江。诸将之所以欲谋渡江，目的当然是为了解决粮饷的供应问题，因为以集庆路（治上元、江宁，今江苏南京）为中心的江南地区，不仅是当时全国经济最为发达的地区，而且也是当时全国最大的产粮区，在和州对岸距太平不远的丹阳湖一带，即以出产大米而著称，攻占这个地区，粮饷供应问题可以迎刃而解。但朱元璋欲谋渡江，还有更深一层的考虑，这就是夺取龙盘虎踞、形势险要的金陵，以之作为四出征伐的根据地，进而谋取天下。不过，当朱元璋把渡江的谋划告诉李士元时，李士元虽然非常赞赏，却认为时机尚不成熟，说：“我兵众而食少，舟楫不备，不足以争江左，利姑小俟之。”他指出，朱元璋作为宋政权辖下的一名红巾军将领，虽然已经拥有一支听从自己指挥调遣的部队，但和州当前缺粮，士兵吃不饱，无法打仗，而且士兵都是步卒，属旱鸭子，不习水战，没有水师，缺少舟楫，根本无法横渡水域宽阔的长江，劝他先缓一缓，等时机成熟时再说。
正当朱元璋与诸将为粮饷和舟楫发愁之时，巢湖水寨的红巾军首领派俞通海前来求援。
巢湖地区很早就受到白莲教的影响。（后）至元四年（1338年）南方白莲教首领彭莹玉与i]徒周子旺在袁州起义，失败后，彭莹玉逃到淮西，受到淮民的暗中保护。他在淮西住下，有时也到鄂东、湘、赣一带，继续传播白莲教，从事反元活动。刘福通起义攻占颍州后，彭莹玉于至正十一年（1351年）夏在江淮再度起义，其门徒金花小姐与赵普胜（因善使双刀，人称“双刀赵”）、李普胜（又名李国胜，别号”李扒头”）起兵响应。巢县俞廷玉与俞通海、俞通源、俞通渊父子“亦操戈起田间，从其徒李普胜”。
刘福通
李普胜据无为州，赵普胜据含山县，"聚众结水寨，俱称彭祖家”。此外，庐州的左君弼也聚众响应彭莹玉。赵普胜、李普胜联合附近的廖永安和廖永忠兄弟、赵仲中和赵庸兄弟、桑世杰、张德胜、金朝兴、华高等起义队伍，与左君弼遥相呼应，共同抗击元朝官军。后来，金花小姐战败，赵普胜、李普胜、俞通海父子、廖永安兄弟等又遭到濠州红巾军的攻击，遂退据巢湖，结为水寨，“拥众万余，船千艘”，还有大量粮食。左君弼则独据庐州，同巢湖水寨发生矛盾，不时出兵击之。赵普胜、李普胜、俞通海父子屡遭困厄，郁郁不得志。至正十五年五月，他们担心遭到左君弼的袭击，派俞通海从小道前往和州，向朱元璋求救，请朱元璋出兵护送他们转移到一个安全的地方，以避开左君弼的兵锋。
经俞通海的再三请求，朱元璋接见了他。俞通海表示巢湖水寨愿以舟师万余、粮数万石请降。朱元璋喜出望外，对徐达说：我谋划南渡长江，正为缺乏水师而发愁，巢湖水师前来归附，这事就成了！他当即随俞通海前往巢湖，同水寨的众首领见面，并实地考察水道。巢湖诸将迎朱元璋登上一条大船，由他指挥水师东出湖口，直奔铜城闸（今安徽铜闸），拟入长江前往和州。但未等他们的船队驶入长江，元御史中丞蛮子海牙已察觉他们的意图，调集楼船阻塞马场河口。巢湖水师见水道受阻，只得退屯黄墩（今安徽运漕）。
此时赵普胜又反悔，不想归附朱元璋。俞通海父子及廖永安、桑世杰、张德胜、华高、赵馘等人察觉赵普胜的阴谋，偷偷将消息泄露给朱元璋。朱元璋脱身返回和州后，调集一批商船，装载精锐壮士，再到黄墩，指挥巢湖水师发起攻击，一举击败蛮子海牙，然后乘大雨过后江水暴涨之机，从小港汉纵舟而出。赵普胜见蛮子海牙败退，自己势孤力弱，不敢有异动。蛮子海牙挥师追击，无奈楼船高大，进退不便。俞通海、廖永安、张德胜等人素习水战，操舟若飞，再次挫败蛮子海牙，纵舟进入长江，驶抵和州。
从至正十五年正月计取和州，到五月收编巢湖水师，朱元璋在巢湖地区活动的几个月里，先是继续发挥其优异的军事才能和灵活的斗争策略，化解内部矛盾，击败元兵进攻，巩固和州阵地，获得广大将士的拥戴，在郭子兴病逝后顺理成章地代领其部。被宋小明王授为左副元帅，名义上成为宋政权辖下的一员战将，”然事皆不禀其节制”，实际上已成为号令一方的起义首领。接着，他亲至巢湖接受巢湖水师的归附，在原有的步卒之外，增添了一支强大的水师和数量可观的舟楫，从而具备了实施先拔金陵以为根本，然后四出征伐、谋取天下的基本条件。