1251年7月1日,蒙哥在拔都的一手策划和扶持下取得了汗位,拔都能够帮蒙哥推上汗位,自然也能把基础不牢固的蒙哥拉下来。因此,蒙哥继续坚持联合政策,用其弟忽必烈加紧歼灭中原的抵抗力量,为自己积蓄实力,同时对拔都曲意逢迎,并一改之前过去大汗对所有诸王分封地垂直管理,对拔都的领地钦察地区不闻不问。这也使得术赤系的地域日后成为了帝国第一块割据地区,也是黄金家族日后各自为战,各自为政,建立数个藩属国的发端。
为了报答持刀把自己送上汗位的拔都的弟弟别尔哥,蒙哥将谷儿只赐予了别尔哥。他还借助拔都之手除掉了原先贵由派往波斯的大将军额勒只,这也为拔都之弟别尔哥顺利进驻谷儿只消除了障碍。
蒙哥还一改前任粗放的管理方式,结合对窝阔台和察合台系的清洗,大力任用汉人、女真人、畏吾儿人中的优秀官吏,这大大强化了统治的精细,这标志着蒙古人从简单的征服向着长期统治的过渡。蒙哥的一系列行为在短期内为自己赢得了稳定的发展环境,为自己威信和威望的建立打下了基础。
为了加强帝国的法制建设,蒙哥停止了窝阔台在哈拉和林一直进行的大兴土木工程,避免了更大的浪费。
同时,为了勉力维护黄金家族形式上的统一,蒙哥在广袤的中亚设立了“阿姆河等处行尚书省”,以蒙古斡亦剌部人阿儿浑为达鲁花赤,总管包括金伊朗、阿塞拜疆、阿富汗之一部等地区。