李秀成在自述中的部分内容使曾国藩如芒在背，故将其秘密处死
陈、李二人携手挽救战场形势，赢得了三河大捷、二破江北和江南大营的胜利，为摇摇欲坠的天国延续了命脉。咸丰九年（1859年），洪秀全封李秀成为忠王，并亲书“万古忠义”四字，以表彰李秀成对太平天国忠贞不二、鞠躬尽瘁的赤子之心。
同治三年（1864年）5月底，洪秀全临终前又将幼天王托付给李秀成、洪仁玕，嘱咐他们尽心辅佐。7月19日，湘军攻陷天京，李秀成率数千残兵假扮清军混出城外，并将跨下战马让给幼天王。在逃亡途中与幼天王一行失散，因身藏金宝，在离南京不远的方山被当地村民发现。
村民王小二与陶大来因争夺金宝发生争执，将李秀成扭送至湘军萧孚泗营中。李秀成被俘后，曾国荃、曾国藩先后对其进行审讯。曾国荃审讯时动用私刑发泄苦战金陵之怒火，李秀成对其闭口不言。曾国藩赶到南京后，对囚禁的李秀成施以恩惠，并表示如若他能立功赎罪，可以留其本人和家眷性命，回广西老家去颐养天年。
李秀成心知太平天国大势已去，因此愿意将所有知道的太平天国内情毫无保留的和盘托出。从7月29日到8月7日，李秀成以平均每天7000字的速度写了7万多字的《李秀成自述》。
李秀成
在这份长达数万言的“供词”中，李秀成讲述了太平天国的崛起，金田起义的详情，“天京事变”的前因后果以及天京陷落前后的详情等内容。最后，李秀成还分析了导致太平天国最终失败的“天朝十误”。但最关键的，也是决定他生死的部分，却在于他表示愿意为曾国藩收服太平军余部。
李秀成在自述中表示“谢中堂大人不杀厚恩，愿意出面招降太平军数十万余部供中堂大人统率，为光复汉家河山效力”。此时的曾国藩正陷入清廷功高盖主，拥兵自重的猜忌之中，李秀成这番话如果传出去，被朝廷知晓，立刻便会掀起一场风波。
此外，李秀成还表示天京城内有一座圣库，是天王的私藏，信王洪仁发和勇王洪仁达也各有一座宝库，据说内藏稀世珍宝，但他本人并未见过。又供述自己被俘是被村民押往营中，不是被萧孚泗的追兵擒获。这些内容都是曾国藩不敢让朝廷知悉的秘密，为了不使攻陷天京后湘军为所欲为、大肆抢掠的罪行公之于众。曾国藩决定冒天下之大不韪，立即秘密处死李秀成，以免李秀成的供述被朝廷获悉。
按照规定，像李秀成这类巨魁匪首都要等候朝廷的谕旨才能决定是入京献俘还是就地行刑。即使是就地行刑，按《大清律例》的规定：凡谋反，谋大逆，不分首从，年十六以上皆凌迟处死。可由于曾国藩是秘密处决，不可能公开在刑场实施凌迟酷刑。又念在李秀成乃一代雄杰，于是在同治三年（1864年）8月7日，李秀成被秘密斩首，时年42岁。临死前曾写下绝命诗十首，可惜均未留传下来。
曾国藩将李秀成的供述大加删改，将其中不利于自身和湘军的部分统统销毁，现存的《李秀成自述》只有三万余字，约为原文的一半。可见，曾国藩对这份“供词”确实大伤脑筋，不得不出此下策，以堵天下悠悠之口。