然而脱离了大部队,在毫无防备的情况下与当地的武装乡民遭遇,而被当地人误认为是土匪武装近而遭到袭击,由于明朝末年内地饱受战乱。同样被各类武装所光顾的九宫山地区也是草木皆兵,有地主存在的村落成立地主武装。即便没有地主的村落也会组建乡勇自行守卫自己的领地,当地人又恰好撞见了李自成这些身有武装的外地人,近而当成土匪发动袭击。
各种史料都表明,李自成虽然称帝,依然保持着朴素的作风,戴着旧毡帽,穿着普通战袍,看起来一点都不显眼(后来找不到尸首,应该就是因为穿着太一般)。对于乡勇来说,他们只是一些守土防匪的农民,消息闭塞,不知道突然出现的这支小队伍就是赫赫有名的大顺军,更不会知道其中就有大顺皇帝。
李自成被困在山上泥潭当中,战马不能奔驰,最后民团看到李自成人少,蜂拥上来击打,结果一个村民一锄头打中李自成头部,导致其死亡。
据个别史料记载,杀李自成的为程九伯(名安思,字九伯,号南枝,有字有号,显然不是一个普通农民)和其外甥金某。康熙年间费密撰写的《荒书》中说:“李自成率十八骑,由通山过九宫山岭”时,山民“闻有贼至,群登山击石,将十八骑打败。”李自成一人和山民程九伯赤手搏斗,程九伯不是对手,被李自成摔倒在地,并骑在程九伯身上,“抽刀欲杀之”。但刀被血渍又渗人泥浆;一时没拔出。正在这时,程九伯外甥金某,从背后以铲猛击李自成头部,即刻而亡。
程九伯因此后来被清政府委任为德安府经历,给了一个芝麻官。后选陕西西安府守备,未赴任而逝。但是也有说,其实杀死的不是李自成,为了大顺将来,一部亲随将一死去大将换上李自成的行头,把脸砍花,然后和李自成在混战中突了出去,后来一起出家当了和尚。