“靖难之役”对明朝的历史造成了什么影响？
提到“靖难之役”首先想到的是朱允炆和朱棣的故事。建文四年（1402年）六月十三，燕军攻入金陵后，朱允炆在宫廷纵火，朱允炆自己不知所踪；自此其下落变成疑团。朱棣进城后，派人找到皇后的遗体，指认其为朱允炆，并执其手哭“傻小子，何必这般！”。接着六月二十日，以君王礼葬朱允炆，产生建文帝已死的假相。而朱允炆的下落变成了千载谜题。相传，郑和下西洋的目地之一就是寻找建文帝的行踪。而另一路是胡濙密访江浙一带。
朱棣进到金陵以后，数天后（六月十七），朱棣谒孝陵，并于当天即皇帝位，是为明太宗（后改成成祖）。复建奉天殿（旧殿被朱允炆所焚），刻玉玺。同一年十一月十三日，封王妃徐氏为皇后。朱棣不承认建文年号，七月初一（一说六月十八），将建文元、二、三、四年改成洪武三十二至三十五年，第二年改成永乐元年。凡建文年里贬斥的高官，一律复原职位（如靖难初期因挑拨被贬的江阴侯吴高被再度起用，守大同）；建文年里的各项改革一律撤销；建文年里制订的各类法律法规，凡与明太祖有悖的，一律废止。但一些有益于民生的要求也被废止，如建文二年（1400年）宣布缓解洪武年间浙西一带的极重的田赋，到此又加重。
朱棣在靖难之役获得胜利后，向京都（今南京）军警民发布消息：“坚守领地的藩王因左班佞臣挑拨造成骨血被其迫害，因此迫不得已举兵诛灭她们，为此来帮扶江山社稷和保安亲藩。今次拟定的京城奸臣，有罪者不敢赦免，无罪者不敢诛杀，倘若误伤受到牵连又殃及到死伤，并非靖难本意。”
建文四年（1402年）六月二十五日，朱棣诛灭齐泰、黄子澄、方孝孺，灭其族。在其中方孝孺受拖累而死者共873人，充军等罪者数千人。因黄子澄受拖累的有345人。景清降后合谋刺杀，事败，八月十二被杀，灭九族；后屠其故乡，谓“瓜蔓抄”。除此之外，诸多建文旧臣如卓敬、暴昭、练子宁、毛泰、郭任、卢植、戴德彝、王艮、王叔英、谢升、丁志方、甘霖、董镛、陈继之、韩永、叶福、刘端、黄观、侯泰、茅大芳、陈迪、铁铉等，世称：“忠愤激发，视刀锯鼎镬甘之若饴，百世而下，凛凛犹有生气。”他们的亲属和家人也被拖累，死者甚众，放逐、被逼作卖淫女及被其他方法处罚的人也许多。直到明仁宗继位后，绝大部分人始获饶恕，剩下的人的子孙后代却迟至明神宗时始获饶恕。在大肆诛灭以外，本月，朱棣将魏国公徐辉祖下狱，后释放出来并削其官爵。辉祖人死之后，其子嗣魏国公爵。黄观被朱棣所妒嫉，其狀元的资格被革去。
朱棣即位后，复原了周王朱橚、齐王朱榑的官爵。接着复原代王朱桂、岷王朱楩的官爵。永乐元年（1403年）元月，明成祖令周、齐、代、岷四王归藩。六月二十六日，成祖撤销建文帝之父朱标的兴宗庙号，再次称懿文太子；七月十二日，成祖将朱允炆的三个侄子由亲王降为郡王；十一月将朱标之孙朱允熥、朱允熞废为庶人，监禁在故乡凤阳。
殊不知因为朱棣自身是武装篡权的，以便确保中央政党牢固，他继位后先将诸边塞王改封于国内，随后慢慢消除诸王的军权：永乐元年（1403年）削代王保卫及官属；永乐四年（1406年）削齐王保卫及官属，没多久废为庶人；永乐六年（1408年）削岷王护卫及官属；永乐十年（1412年）削辽王保卫；永乐十五年（1417年）废谷王为庶人；永乐十九年（1419年）周王见势不妙，主动献还保卫。明洪武朝领兵的十三位亲王，永乐朝削掉了六个护卫。此外，大封靖难元勋，将大量有经验的武臣保留出来，提升中央政党，从源头上更改了中央和诸藩的国防军事实力。
以便更高效率地解决国务，建文四年（1402年）八月初一，朱棣令解缙、黄淮入直文渊阁，预机务。接着扩大内阁至七人。此后内阁开始在明代政冶中充分发挥愈来愈关键的功效，乃至清代仍延用此规章制度。
另一方面，因为朱棣是谋反即位的，对重臣有一定的猜疑，故复原了洪武年间废止的大明锦衣卫，从头开始执行明代的间谍执政。接着，永乐十八年（1420年），朱棣又开设了东厂，令心腹宦官当权，提升间谍执政的另外提升了太监的影响力。有明一代，间谍执政基本上贯穿始终，变成一大特性。因为靖难之役时，京中太监出示的情报协助成祖战胜惠帝，成祖继位后便更改明太祖至今严禁太监专权的现行政策，刚开始重用太监。
因为洪武年间，北方地区的引控多由几个边王承担，而靖难后朱棣徙诸边王于国内，造成华北防务空虚；又因为有唐代之守外虚内、宋代之守内虚外的经验教训，故在国防上，建都金陵（南京）、遥控将领守护边界的风险性非常大；“天子守国门”则能够处理这一难题。另一方面，因为南京的建文帝影响很大，政治理念考虑，做为朱棣本营的北平更为合适做为皇都。故考虑到多种要素后，朱棣决定了迁都北京。
永乐元年（1403年）二月，朱棣改北平为北京，名顺天府（与元朝大都差别）；接着迁移全国各地富民于北京市。称北京为行在。永乐年间，迁都北京的提前准备一直在开展，如建北京故宫、建宫殿、输通漕运等；直至永乐十八年（1420年），北京宫廷（即北京紫禁城，北京故宫）和北京城完工，遂宣布迁都，以金陵做为留都。
朱棣在靖难初始时曾将大宁的所有兵力（包含朵颜三卫）列入手下，朵颜三卫在事后战斗中具有了关键作用；故朱棣即位后，将宁王封于南昌市，永乐元年（1403年）三月把大宁册封给朵颜三卫作报酬，割大宁之事，多为后代所抨击。“靖难之役”是明朝历史上影响长远的一次政权争夺战，不但造成了明代帝位所属的更改，也巨大影响了自此二百多年明代政冶、观念的动向。