有瑕疵不假，但这并不影响朱棣一生的功绩
我们可以从几个方面来论证这个问题
坚持削藩，维护中央集权
朱棣是以诛讨主张削藩、变乱祖制的奸臣为借口起兵的。但是，当朱棣当上皇帝后，在对待藩王问题上，却不怕冒违反祖制之大不韪，同样是采取了削藩政策。
朱棣对于军权过重的藩王和中央皇权的矛盾对抗这一教训，是认识的很深刻的，他即位后，为掩人耳目，恢复了周、齐、代、岷四位亲王的封藩，但是过了几个月，又找了罪名，削除了代王和岷王的护卫军队。
接着，齐王被废为庶人，辽王的护卫被削除，就连昔日鼎力相助的宁王，也被从边塞改封在南昌。周王为了减少朱棣的猜忌，也自动献出护卫军队。在几年的废削中，威胁最大的几位塞王护卫几乎全被解除。
削藩促成了“靖难”，“靖难”之后更实行削藩，这就是历史的辩证发展。朱棣削藩的结果是加强了中央集权的封建统治，使国家统一的基础更为坚实、牢固。
定都北京，疏浚大运河
永乐元年（1403年），朱棣定北平为北京。打定了迁都北京的主意后，就着手修浚大运河。永乐九年（1411年），永乐帝命官疏浚会通河，引汾水和泗水入其中，沿线建闸三十八座，其后，又派官在淮安到扬州的这一段修筑堤坝，以防淮水侵漕和运河水分泄。
至此，京杭大运河才算真正畅通。运河的修通，使得南方的粮米和丝帛等物质能通过漕运源源不断地输往北京，保证了首都的物质供应，北方的物产也能通过运河南运，增强了南北经济的交流。
永乐四年（1406年），永乐帝下令筹建北京宫殿，并重新改造整个北京城。十八年（1420年）竣工。就在这一年，他宣布自明年起，以北京为京师，即首都，改南京为留都。南京除了没有皇帝之外，其他各种官僚机构的设置完全和北京一样。
继续推进移民、屯田等经济措施
朱棣在经济上继续推行洪武朝以来的移民、屯田和奖励垦荒的政策。即皇帝位后，就移直隶、苏州等十郡和浙江等九省的富民充实北京，以后又多次移民到北方。对“靖难”战争中受到破坏的地区，政府发给耕牛、农具，使其尽快恢复生产。
同时，朱棣还施行整治贪污、赈济灾荒的政策。这些措施的实行，使永乐朝的农业经济比洪武时期又进一步发展。国库殷实，每年的赋粮除输送京师数百万石外，各地府州县的仓库还存储很多。在农业经济繁荣的基础上，手工业、商业也得到了很大的发展。
经营西域以及对外问题
在边防问题上，朱棣除了对蒙古采取通好和积极防御并用的政策，以及加强对黑龙江下游地区的管辖工作外，又积极经营西域地区。
永乐元年，他派官员到哈密招谕，允许哈密王输马到中原贸易。不久，又派官出使哈密、撒马尔罕、火州、吐鲁番等地，促进了西域与中原的友好往来。
永乐四年，明政府在哈密设卫，派官辅助当地首领执政。哈密卫的设立，恢复了明朝对西域的管辖，使明帝国的政令行达天山南北，而且重新打通了与中亚的通道，有利于各国的交通往来。
在发展对方关系上，朱棣也采取了积极的方针。他派遣郑和率领庞大船队，远航西洋各国，发展了明朝与西洋各国的政治关系，增强了中国人民和各国人民之间的友好往来。
永乐帝在政治上、经济上、军事上，乃至对外关系等一系列的措施，繁荣了社会经济，巩固了统治基础，维护和发展了多民族国家的统一。
但是，因为他是以藩王起兵，从侄儿手中夺取的帝位，加上即位后杀了忠于建文帝的臣下，因而受到封建文人的责难，认为这是不义行为。
这种责难，纯粹是从封建宗法的伦序角度出发的。对他的政绩公允而论，永乐帝不失为一个雄才大略的皇帝，他对于历史的发展是起到了积极作用的。