满清初期，《明史》相伴的是文字狱，清朝文字狱达到了登峰造极
中国古代有专设史官，记录和编撰历史。史官分为记录官和编纂官，前者随侍皇帝左右，记录皇帝的言行与政务得失，皇帝不能阅读这些记录内容，后者专门编纂前代王朝的历史。
唐太宗李世民因为玄武门兵变心里有鬼，几次向宰相房玄龄、谏议大夫褚遂良提出看国史和起居注，留下了干预史书的恶名。
宋太祖赵匡胤曾经好奇，想看看史官们都写了些啥，被史官严词拒绝。然而到了清朝，整个《明史》居然都是在皇帝直接干预下完成。
按照历史传统，后一个朝代为前一个朝代修史。宋代修《旧五代史》，始于宋太祖开宝六年(公元973年)四月，至次年闰十月甲子日完竣，前后只用了一年半左右时间。元朝同时修《宋史》《辽史》《金史》，公元1343年三月开局，二年半时间就全部编完。明太祖洪武二年(公元1369年)开始编元史，分两次纂修，共历时三百三十一天。
满清编写明史，却用了惊人的145年时间，分为三个阶段：
1、1644年清军入关后，清政府设立史馆，拟修《明史》，实际上只是做了个姿态。
2、康熙十七年(1678年)，康熙下旨纂修《明史》，直到乾隆四年(1739年)历九十多年，经三度修撰、编辑和删改的《明史稿》终于定稿(武英殿本)并公开刊印和发行。
3、
乾隆三十八年(1773年)四库毁书运动开始，乾隆四十二年(1777年)，乾隆下旨全面改修《明史》中的《本纪》，到乾隆五十四年(1789年)，这部重新勘改完毕的新本《明史》被收入《四库全书》。
满清修明史和《四库全书》时，把故宫里明代二百多年帝王起居注《明实录》搬出来，一边篡改一边出书，编写完《明史》，《明实录》全部毁掉。满清编纂《四库全书》过程中，大约销毁了2900部，六、七万卷的图书，很多图书就此消亡。
满清初期，与修《明史》相伴随的是文字狱，清朝文字狱达到了登峰造极。
浙江乌程南浔镇富户庄廷鑨，因病眼盲，想效仿历史上同为盲人的左丘明，着写一部史书。买得前明天启朝大学士朱国祯的明史遗稿，延揽江南一带有志于纂修明史的才子吴炎、潘柽章等十六人加以编辑，该书定名为《明书》，书凡一百余卷。该书写于顺治年间，康熙初年被告发，康熙将为《明史》写序的、校对的，甚至卖书的、买书的、刻字印刷的以及当地官吏或凌迟、或杖毙、或绞死
。该案主被判处死刑的多达70余人，收监人犯竟达两千余人。
康熙朝翰林院编修戴名世通过访问明朝遗老和参考文字资料，写了一本记录明末历史的《南山集》。康熙五十年(1711年)，书印出十年后被人告发，康熙将戴名世凌迟处死，戴氏家族凡男子十六岁以上者立斩，女子及十五岁以下男子，发给满清功臣家作奴仆，由《南山集》受到牵连的有三百多人。
清朝武英殿本《明史》已经对《明实录》进行了篡改，后来《四库全书》中的《明史》，又对英宗、代宗、宪宗、武宗、孝宗、世宗、穆宗等七位皇帝的本纪进行了篡改，突出了“明朝多昏君”的特点。就连明朝皇帝的画像，清朝也进行了修改，朱元璋变成了鞋拔子脸。
明亡后，朝鲜编写多部明史。朝鲜虽在正式公文中不得不使用清朝年号，而国内官民则依然长期沿用明崇祯年号，以至出现了“崇祯百五十六年”之类的纪年。朝鲜各位国王也拒绝将清朝皇帝给自己的谥号刻在墓碑上。
清朝篡改明史，有几个有良心的官员把明史的原始资料《明实录》偷偷抄录，后来运往日本，现在收藏于东京帝国大学东洋文化研究所。
由于满清对明朝书籍毁灭，当代历史学者为了研究明史，经常要借阅日本、朝鲜和欧美资料，对比才能完成研究工作。