索尼死后,朝政被鳌拜牢牢掌握,康熙除鳌拜时就特意招索额图前去商议,后来吴三桂叛变,索额图又积极的给康熙皇帝出谋划策,推举人才,很多意见都被康熙皇帝采纳,并取得了显著的成效,索额图的官越做越大,到了内阁大学士,相当于宰相一职,他在朝中的权势也一天大过一天,他的两个弟弟品行不端,康熙交给索额图处置,索额图也随意从轻处罚,不加管教。后来清朝和沙俄在边境交战,索额图又代表清朝和沙皇俄国谈判,签订了《中俄尼布楚条约》,阻止了沙皇俄国的侵犯,康熙三十六年,索额图又前往宁夏指挥清军对葛尔丹的作战。
从上面一系列索额图的经历来看,索额图对于清朝是有大功的,他帮助满清稳住了江山,帮康熙把控住了朝政,侄女孝诚仁皇后的儿子被立为太子,康熙四十年索额图以年老请求退休,康熙批准了,本来这时索额图可以算是功成名就了,但是没过多久,太子陪康熙南巡到了德州,康熙皇帝就以太子重病为由,下旨召索额图前来侍奉,其实康熙召索额图南下,主要还是因为平时索额图和太子来往十分密切,即使退休之后,索额图也常和太子来往,太子又因为品行不端,让康熙越加讨厌他了,索额图也因为常给太子出谋划策而被牵连。
从康熙三十九年,朝中就时不时有大臣弹劾索额图,其中就包括了索额图曾经的门人高士奇,高士奇是康熙年间著名学者,家境贫寒,被索额图任用,但索额图对待他的态度却同奴隶一样,后来高士奇投奔了明珠,并上奏告发了索额图,正好康熙皇帝打算处理索额图,于是就让高士奇等人罗列索额图的罪行,其中有一条就是索额图勾结太子作乱,预谋大事,这条也是康熙最不能容忍的。从某方面来说,康熙认为是索额图把皇太子胤礽带坏的,他也一再的想要给胤礽改正的机会,但是胤礽却一次次的让康熙失望了,所以康熙在拿下索额图之后,斥责他“索额图诚本朝第一罪人也”。
索额图被圈禁宗人府后,康熙曾对大臣们罗列了太子一党和索额图的种种罪行,除了索额图代表清朝签订《中俄尼布楚条约》一事外,全盘的否定了索额图担任内阁大学士期间所有的政绩,说实话这个有些不讲理了。索额图被圈禁在宗人府,一些曾经被他提拔过的官员,疏通关系去看看他,他们给索额图带去最多的就是食物,但是没过多久索额图还是饿死了,很显然宗人府在监管索额图时,有意的没有给他食物,让他活活饿死。
宗人府是专门管理皇家宗室事务的机构,能对宗人府下达命令,处死权臣索额图的也就只有康熙皇帝一人了,其他人也担当不起这个责任,在后来的文献记载中也提到康熙四十二年,索额图被处死,以什么样的形势处死索额图也就并不重要了,索额图死后,他的党羽被革职或被处死,胤礽被终生圈禁。伴君如伴虎,曾经风光无限的索额图,就以如此凄凉的结局草草走向了落幕。