李世民登基之后，秦琼为什么很少再露面，他究竟去干什么了？
尽管如此，秦琼的地位还是无人能够撼动的。传说，武则天时期，曾经禁止吃羊肉。秦琼家里办喜宴，好像是一个孙子看喜的。喜宴就上了羊肉。有个人对秦琼不满，就怀里揣着一块羊肉，到武则天那里去举报。武则天当时没有说什么，结果有一次退朝后，秦琼和那个举报的人最后离开。武则天就对他说，请客吃饭不要紧，不过千万不要请那些个笑里藏刀的小人。然后，就把那块牛肉交给了秦琼。武则天可不会为了这点小事跟秦琼翻脸。这应该是传说，因为秦琼在武则天当政的时候，早已经去世多年了。这应该是发生在秦琼后人身上的事情。
文学作品里面和影视剧里面都是李世民把秦琼当成了弟兄一样，一口一个“秦二哥”亲密地叫着。历史上，李世民跟秦琼的关系并没有这么铁。但是，李世民的确把秦琼倚为万里长城。两军对阵的时候，秦琼总是护卫在李世民身边。一旦发现敌方有大将十分勇猛，又耀武扬威的，秦琼就飞马而出，直取敌将首级。
秦琼之所以成为门神，原因是这样的:李世民因为发动玄武门政变，杀了哥哥李建成和弟弟李元吉夺取了政权。李世民因此内心深处颇感内疚，就经常在晚上做噩梦，梦见一些牛鬼蛇神来向他索命。
秦琼和尉迟敬德就在李世民的寝宫值夜班，保护李世民。结果，只要他二人值夜班，李世民就可以安然如梦，睡个好觉。但是，他二人也需要休息啊，总不能天天在这值班。再说，秦琼和尉迟敬德两人又身负要职，还有很多军政大事要办的。于是，就有人建议把他们二人的画像挂在李世民寝宫的房门上试试。结果，还真是灵验的很。挂上画像后，李世民依然睡得很好。这样传到民间，民间也在房门上挂上秦琼和尉迟恭的画像来辟邪。久而久之，秦琼和尉迟敬德就成个两大门神。这当然是传说。但是，李世民对秦琼的依赖也由此可见一斑。
李世民登基当了皇帝以后，秦琼就不大露面了，在军政两界也不大活跃了，原因何在？
第一、秦琼是唐高祖李渊手下的红人。
秦琼在美良川一战，生擒尉迟敬德，李渊激动地说：
“如果秦琼喜欢，我愿意把我自己的肉割下一块给他。”
李渊为什么激动的如此语无伦次呢？因为尉迟敬德当时太猛了。他日抢三关，夜夺八寨，把唐军打得一塌糊涂。而李世民请到了秦琼出马，秦琼却把尉迟敬德生擒回来。
李渊这样的话，深情款款，但是也势必引起李世民兄弟的不满。这样的表述，毕竟也太肉麻了。这当然也可能是李渊的驭人之术，使得秦琼成了李渊的爱将，而不是李世民的爱将。“一朝天子一朝臣”，因此李世民当了皇帝，秦琼就不是李世民眼中的第一红人。
第二、秦琼在李世民兄弟夺嫡之中基本保持了中立。
虽然最后秦琼也出了力，但是毕竟一开始他是不很积极的。像长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦等积极出谋划策而且多次敦促李世民抢先下手。而秦琼的做法明显就是超然物外或者就是内心深处反对李世民夺权。后来是形势使然，他也被动参加了。
第三、秦琼本人也比较淡泊名利。
秦琼本来是来护儿手下的一员低级军官。他靠着自己的武勇，一步步杀入上层。他反抗隋朝更多的是因为隋朝的暴政，而不是谋取个人的荣华富贵。大家都知道，靠山王杨林曾经把秦琼当做接班人来培养的。如果为了升官发财，秦琼不必要参加义军。另外，洛阳王世充也对秦琼百般笼络，秦琼也丝毫没有动心。因为，他发现王世充也不是为国为民的一代明主。
大唐开国以后，平定四方，天下一统，秦琼自己也认为使命已经完成。因此，作为开国元老，他只要不想争权夺利，保持低调一点，还是比较高明的做法。像刘文静被斩首；裴寂被收拾；尉迟敬德被武则天逼死；薛仁贵后人被满门抄斩；徐敬业讨伐武则天也满门抄斩等等，大都是开国功臣不知道收敛造成的悲剧。而秦琼一家总是安然无恙，这不得不说是秦琼的高明之处。
第四、秦琼本人的身体健康状况也的确不好。
用秦琼自己的话来说就是:
“我从小就戎马生涯，共经过大小战斗二百多次，多次受重伤。估计我流的血也有数斛了，哪里会不得病呢？”
秦琼是唐初第一猛将，他在万军之中取敌方上将首级如探囊取物。这一点，历史上只有关羽能够像他一样做到了。