元朝建立之后，建立了多元的法律体系，这种体系存在哪些弊端呢？
一、元朝时期的司法制度
元朝时期的法律经历了一个较长的发展与完善过程，元世祖在平定南宋后对混乱的法制状况，"始定新律，颁之有司，号曰至元新格"。
到仁宗即位后，又将《至元新格》内有关风纪等内容单独列出，辑录成书，号《风宪宏纲》。时至英宗，又在前代帝王的基础之上加以损益，成《大元通制》，其中主要包含了诏制、条格以及断例三部分内容。至此，元朝"南北异志"的法律体系确立完全。
元朝时期的司法体系还有其独创之处，即元朝不设大理寺，而是由刑部与大宗正府共同担任最高审判机构。大宗正府秩从一品：
"凡诸王驰马投下蒙古、色目人等，应犯一切公事，及汉人奸盗诈伪、蟲毒厌魅，诱掠逃驱、轻重罪囚，及边远出征官吏、每岁从驾分司上都留住冬诸事，悉掌之"。
从中可见，元朝初年，大宗正府的职权繁多。至至元九年(1272年)元廷将大宗正府的权利进一步进行划分，成为只理蒙古事宜的机构，并且下令“诸王为府长，余悉御位下及诸王之有国封者”。
此时的大宗正府成为了管理蒙古贵族法律事务的机构，到致和元年(1328年)，大宗正府的职权进一步变化，只掌管上都以及大都地区蒙古人并怯薛军站色目与汉人的法律事务，其职责范围进一步缩小。
而作为另一最高审判机构的刑部，其最初的职责为"掌天下刑名法律之政令。凡大辟之按覆，系囚之详谳，孥收产没之籍，捕获功赏之式，冤讼疑罪之辩，狱具之制度，律令之拟议，悉以任之"
由此可知，在元朝初年，刑部掌管着天下各部的规章制度。而后随着大宗正府职权范围的缩小，刑部又掌管着各路府州县汉人、蒙古、色目的词讼问题。
二、在元代将民间的民事与刑事案件称之为"词讼"
"词讼"的过程较为复杂，元朝规定刑事案件可以随时进行诉讼，但是民事案件却有相应的时间限制，即“三月初一日住接词状，十月初一日举行”，在十月初一官府开接官司后，告状的百姓需呈递词状来禀明诉讼内容。元代针对词状的要求也甚为严格，一般由书铺代为执笔进行词状的书写，如无词状，一般官府是不予以接受诉讼请求的，甚至词状当中的内容如有不清楚之处，官府也可以拒绝受理案件。
元朝有明确规定，“大小征告词讼，自下而上，不得越诉”。如此，县、司便成为百姓进行词讼最基础的审判机构。而在审判过程中，元朝又“约会制”最为普遍，陈高华在其所著《元代的审判机构与审判程序》一文中，将"约会制"进行了如下概括：
1、重大的刑事案件，无论涉及哪一种人户，都由地方行政机构审理，按照既定的顺序判决。
2、一般刑事案件和所有民事案件，由各系统的管理机构审理；如实其他各种户与民户发生词讼，则由地方行政机构通知其他户的管理机构，约定时间，共同审理。
3、约会三次不到，便由地方行政机构独自审理。
在此种约会制度下，较好地缓解了民户之间的诉讼矛盾。但是，在诉讼审理的过程中"管民官约会他每呵，不肯来。告讼的百姓每生受，勾当也误了"，送样的行为屡有发生，在某种程度上也破坏了元朝司法程序的正常施行。
不仅如此，在审判机构层级划分明确的情况下，飞地行政区的存在也为元代词松带来了诸多的影响。
三、飞地行政区对于元代诉讼问题的影响
有关元代飞地行政区对于元代词讼的影响，王恽曾上书言：
"切见曹州所辖禹城县，去本州走百余里。……一岁之间，事为不少，……词讼、申糜一切事理，人吏往还一千四百余里，其于难易不较可知。"
可见飞地行政区在词设等问题方面确有诸多不便。
首先，在"南北异志"的法律体系下，蒙古贵族掌握着一定的审判特权。
而中书"腹里"地区的飞地作为各诸王驰马投下的五户丝封邑，其词讼问题便因为特权阶级的存在而出现混乱状态，大蒙古国时期尤甚。当时投下贵族对于封邑内的民户享有生杀大权，而汉人世侯也享有司法方面的特权，这便使得审判机构不能真正的深入到地方，开展词讼工作。后元廷罢世侯、迁转地方势力的举动才使得这种混乱状态逐渐明晰，实现了司法由朝廷统一管理。
其次，元朝的诉讼体系层级划分明确。
地方县司主要负责当地的民事案件以及情节轻微的刑事案件。时人胡祗通曾指出，"细民之所争，若无异事，不多婚姻、良贱、钱债、止田、户口、斗殴、奸盗而已，此皆县令之职"。
由此可见，元朝时期县、司主管的皆为民众的日常事务，"所犯若无重罪，司、县皆当取决"。司、县的此种职权只限于非重刑案件，在发生恶性刑事案件，甚至是聚众谋反等案件后，司、县需将此类案件尽快移交路、府、州治所。
元朝针对重刑案件的审理有明确的规定："应有重刑，司县略闻是实，即合解赴各路州府推问追勘结案。"如此，司、县将重刑犯人移交上级治所的规定对于飞地而言极为不便。元代飞地大多远离上级治所，类似于禹城县、井怪县等据上级治所韦百里之遥，此种情形下将重刑犯人移交上级治所的过程中需要穿多个其他路州的辖区，如此便要承担更大的押送风险，并且往复一千四百余里的距离，对于交通不太发达的古代社会而言，需要耗费大量的时间与精力，给县级地方行政机构增加额外的负担。
除此之外，元朝规定："诸州县邻境军民相关词松，元告就被告论官司归断，不在约会之例。"元(原)告跟从被告所在州县进行词讼，不需要在另行约会，这是元廷为简化约会制度而施行的措施。但是蒙元时期，"腹里"地区飞地行政区纵横交错，更有飞地与飞地相连的情况发生。此种情况下，词讼官司的审理就变得错综复杂。一但县、司"断不当理"，百姓便可"赴上司陈诉"。如此之下，词讼问题便愈加复杂。
元朝的词讼体系虽然对各级地方政府的职权均划分明晰，但是飞地行政区的存在仍给元代词洽带来了不便利的因素。不仅百姓词讼、状告不便利；县、司呈报官司、押解重刑犯人也存在着诸多的隐患与困难。