从投降清朝开始，关宁铁骑就只忠于吴三桂，这成了康熙的心病
在山海关之战中，吴三桂因为不敌李自成的起义军，最后选择了向清朝投降。投降清朝的时候，明朝硕果仅存的战斗力最强的精锐边军部队，关宁铁骑也跟着他一起投降了清军。
一般认为，关宁铁骑在投降清军的时候，兵力大约在3万到5万人之间。这个部队也是吴三桂在投降清朝之后南征北战，追杀明朝残部一直追到滇缅边境的老本钱。因为清朝在渡过黄河之后，八旗兵就已经不够使用了，之后作战的主力一直都是绿营兵。吴三桂的部队是其中最大的一支，而且还一直在z战争中不断扩张。
南明灭亡之后，吴三桂被封为平西王，镇守云南。他的关宁铁骑也跟着他，驻扎在西南边陲地区。除了吴三桂，尚可喜，耿精忠等也是同样的情况。 康熙熙之所以对三藩感到如芒刺在背，就是因为三藩始终掌握着自己的军队。他们的军队的骨干长期跟随着他们，只忠于他们个人，处在朝廷的军队管理体系之外。并且，他们也在长期的征战过程中逐步的形成了一荣俱荣一损俱损的利益共同体。
这样的势力就是在王朝末期的分裂混战过程中形成的军阀势力。虽然他们名义上也是清军，和清军穿一样的衣服，但一样的旗帜，使用同样的武器，但清朝之所以能够指挥他们，是因为他们的首领听命于清朝。如果他们的首领决心背叛清朝，那么他们也会跟着一起背叛和反对清朝。也就是说，三藩的军队本身有很强的私人性。
吴三桂之所以能够指挥他自己麾下的军队，并不是因为他有清朝给予的平西王或者平西大将军的职位，而是因为这支军队本身就是他的。清朝之所以能够利用和控制这支军队，完全是因为吴三桂在利益上和清朝有一致性，愿意听命于清朝。清朝不断的给吴三桂加官进爵，就是希望能够稳住吴三桂和他的这支军队，并且利用这支军队来消灭其他的敌对势力。而当其他敌对势力都被消灭了的时候，这支势力本身就会成为清朝的敌对势力。
在清朝平定天下的过程中，三藩这样的武装势力，虽然在清朝的实际控制能力之外，但毕竟他们在为清朝打天下，他们面对着共同的敌人，所以清朝能够容忍他们存在。而到康熙继位的时候，全国已经基本上都稳定下来了，明末以来的全国大动荡已经基本结束，三藩本身就成了对清朝的潜在威胁，是必须要消灭的。
对任何一个统一的王朝来说，都不会允许在自己的控制范围之外存在强大的军事势力。这样的势力的存在本身就是潜在的威胁，就像是随时都有可能会爆炸的定时炸弹。所以从维持全国统一的政治秩序的角度来说，朝廷都会采取各种方式来下面这样的军事势力。如果能以和平的方式解决当然最好，和平的方式解决不了，那就必须通过战争。
在康熙即位之后，三藩就已经成为一个必须要解决的问题。问题只是在于通过和平的方式解决，还是武力的方式。在一开始，康熙实际上也曾经试图用和平的方式来解决，采取各种方式来分化瓦解和收买拉拢，以达到不战而屈人之兵的目的。在这些方式都已经失效之后，最终才又走向了战争，而且还是吴三桂首先发动叛乱。
为了控制吴三桂，清朝唯独要求吴三桂把他的儿子吴应熊派到京城，名义上是给他加官进爵，实际上是充当人质，也就是质子。所以这一点无论是吴三桂还是康熙，心里都非常清楚。吴三桂之所以同意，就是因为他还没有做好反叛清朝的准备。等到他真的做好了准备，就算是吴应熊还在京城，朝廷对吴三桂无可奈何。
这种情况在历史上非常普遍，经常会出现。比如在安史之乱之后，唐朝就曾经要求一些藩镇遣子入侍，《三国演义》里更是有马腾自己入朝，把军队留给儿子马超继续带领的故事。但这种都是常规操作，很少出现最后能够真正化解危机，成功拆散这种军阀集团的例子，多数最终都会演变为战争。除非有些人能够认清大势所趋，主动放弃自己的军队，束身入朝，解除对朝廷的威胁，才能保全身家。而那些贪恋权位，不愿意主动放弃的人，就会演变为叛乱。