大明王朝的灭亡，不是亡于李自成，而是不为人知的他们
而人我们也忽略了明朝末年持续时间长达20余年的西南土司叛乱。这场战争对明朝最后的命运也起到了至关重要的作用。
明朝云贵川三省的少数民族地区一直采取世袭土官制度，由当地少数民族的首领担任地方长官管理所辖区域，朝廷一般不干预其人事变动，只负责收税边防等事宜。不少地方还拥有自己的武装力量，这种特殊的地方自治模式就是著名的土司制度。
有许多土司首领自恃天高皇帝远在本地横征暴敛作威作福，甚至对抗中央。万历年间发生的杨应龙叛乱，也就是“万历三大征”中的播州之役，明军用兵十万激战一年才平定了这场叛乱。
此后明朝廷在当地推行改土归流，但由于阻力太大，为日后的叛乱埋下了伏笔。
云南土司木府
万历后期官场腐败，此时后金势力已经崛起朝廷为筹措军饷大增赋税，土司官员也对当地百姓横征暴敛，各族百姓苦不堪言。
四川永宁宣慰使奢崇明见有机可趁遂起兵反明。天启元年九月，奢崇明以请缨支援辽东为名率军至重庆，不知真相的明朝官员开城出迎被叛军尽行斩杀，随即占领了重庆。
接下来叛军接连攻占云贵川三省许多座州县。同年十月叛军合围了四川省城成都。四川巡抚朱燮元急调省内各处官军和土司武装支援，朝廷又调云、贵、陕、鄂等省官军入川，经过近两年血战终于在天启三年春攻克叛军老巢永宁，奢崇明兵败仅以身免，这场叛乱才暂告一段。
在明军平定奢崇明的同时贵州宣慰同知安邦彦又起兵叛乱，让本已复杂的局势更加混乱。
安邦彦家族可谓是西南土著的“活化石”，其家族早在三国蜀汉时就在水西居住，家人多势众实力雄厚，曾在万历年间平定杨应龙作战中立功。但安邦彦并不满足当一个受明廷管辖的土司，他见奢崇明叛明自立也萌生了割据贵州的野心。
这场影响深远的叛乱直到崇祯二年八月才平定。这一战前后历时八年，明朝在山高路远的云贵高原用兵十余万，耗银数百万才艰难地平息了这场叛乱，而此时李自成等农民起义已席卷中华大地。
不幸的是又一场叛乱几乎席卷整个云南，此时的明朝已无力平乱。
1648年大西军自四川南下继续抗清终于剿灭了最后这支叛匪。至此历时20余年的明末西南民乱终告平定，但此时明朝早已寿终正寝。
西南民乱对川滇黔三省造成的战争创伤直到清朝康熙年间才得以逐步恢复，可以说西南土司叛乱与明末流民起义和满清一起埋葬了大明王朝。
清朝深刻吸取明亡教训，在云贵川地区力行改土归流。后来又专设云贵总督，改变了自秦汉开始的西南半自治状态，有力地加强了对边疆的管理，巩固了国家的统一
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