南京是明朝的第二首都，明亡以后，清朝是如何处置南京的？
公元1645年5月初，顺治二年，清军占领镇江，直接对南京的弘光政权产生压力。南京城内人心惶惶，清军扬州屠城的阴霾笼罩在南京上空。但此刻的弘光皇帝朱由崧却每天沉浸在个人兴趣爱好之中，在梨园弟子的曲声腔调里享受着难得的闲情雅致，一帮太监们和皇帝推杯换盏，酣畅淋漓的喝酒狂饮。
过了十几天，他才反应过来，觉得寒冬将至，大难临头。这天深夜，朱由崧感觉清军马上要攻城，就急急忙忙带着自己的太后、嫔妃等四五十个人，偷偷地从南京城溜走了。危急时刻，这个短命的南明皇帝不是想着如何更好的组织反抗，而是千方百计地去逃跑。
城中的老百姓早就恨透了弘光政权的当权者，他们把没有来得及逃跑的大学士王铎痛打一顿，然后又一起去烧毁了马士英、阮大铖等人在南京城的宅邸。老百姓之所以对这些贪官污吏如何痛恨，就是因为这帮人把一个好端端地大明王朝给祸害掉了。虽然皇帝跑了，但南京城不能没有皇帝啊！于是老百姓就把一个被朱由崧关在监狱里，自称是崇祯太子的人拉出来在武英殿即皇帝位。文武官员们一会担心清军攻打南京城，一会又担心跑掉的弘光皇帝会回来，所以对新皇帝的即位事项一时半会定不下来。
5月14日晚，多铎率领的清军前锋抵达南京城下，大军驻守在郊坛门。南明的赵之龙、大学士王铎、礼部尚书钱谦益等人率领大批南明官员冒着倾盆大学出门跪迎，举行了一个简短的投降仪式。
第二天，赵之龙又打开南京洪武门，带着南明一众王爷公候、驸马、内阁大学士、六部尚书侍郎、六科给事中等55人和城内官民一起来到清军大营举行正式投降仪式，南明弘光政权至此结束。
几天后，投降清军的南明镇江守将刘良佐，受多铎之命也将逃跑的弘光帝朱由崧从芜湖擒拿到南京。南京的老百姓一见到朱由崧，就往他身上投掷砖瓦、菜叶，恨不得将他大卸八块。可见朱由崧的弘光政权在南京的所作所为并不得民心。
南京是朱元璋夺取天下的中心城市，明成祖朱棣迁都北京后，南京作为大明帝国的留都仍然存续，所有的行政机关基本上和北京一样，北京有的，南京也有，不同之处是只是皇帝在北京。
李自成占领北京之后，崇祯皇帝在北京自杀身亡，大明帝国至此亡国。但作为明朝第二首都的南京还在，而且这里也有一套行之有效的大明政府。清军进入北京之后，南京的明朝官吏在兵部尚书史可法的带领下，准备迎立较为贤明的潞王为敌。但他的想法被逃到南京的凤阳总督马士英所反对，最终立福王朱由崧为皇帝，改元弘光，历史上称为南明弘光政权。
弘光政权仅仅存在了一年时间，就寿终告罄。作为明朝的第二首都，清军对南京的重视程度不亚于北京。那么清军对南京城都做了哪些处置，让这个明朝故都成为有了大清新朝的气象呢？
由于南京的故明官员选择了投降，因此清军进入南京之后，并没有遇到什么抵抗。清军也没有像对待扬州城那样对南京进行屠城，这让南京的的百姓很是高兴。不仅没有屠城，还千方百计地想办法安定南京民心。
此外，清军在进入南京之后，面临的最大问题就是如何处置南京和设置官府的问题，是继续保留南京原来的名称，按照明朝的官职设置委任官吏，还是改变南京原来的定位，让它脱胎换骨成一个地方性城市？清政府的最高统治者选择了后者。
多铎进入南京之后，就派人上书给北京的多尔衮，请示对南京处置的方案。多尔衮随即派人前往南京，传达最高指示，要求多铎仍以“南京或仍为京，或改为省，俟大定日再议。”这句话的意思是南京的处置问题暂时先叫京，或者叫省都可以，但现在最主要的工作仍旧是要平定整个江南地区，等到江南真正平定后，再重点讨论这个问题。
此后，多尔衮有以顺治皇帝名义颁布了对江南局势有一定政策和指导意义的诏书，在诏书对南京问题是这么说的：“南京为江南根本之地，绾毂十省，应设镇守文武大臣，及各衙门职掌应因应革，各大小官员应裁应并事宜，著吏兵二部会同九卿科道，祥确仪奏，以凭裁定。”
顺治二年闰六月，根据多尔衮颁发的意见，九卿科道开会研究南京的地位和官吏设置问题。大臣们的意见形成了不统一，有的主张仍旧在难就保留明朝时的六部，督察院、操江、巡江、府尹、国子监、六科等部门。有的则主张在南京设置都督府，以亲王统领，六部中只保留兵部、户部、工部，以翰林院作为教育机构，由内院掌管，并设置布政、按察两司。并把南京改为应天府。也有人提出继续把南京当着北京的陪都。总而言之，大家提了好多建议，五花八门，什么都有，但没有一个确定方案。
就在多尔衮也为此时绞尽脑汁的时候，吏部侍郎兼翰林院侍读学士陈名夏给多尔衮提出了自己方案。他写道：“国家定鼎神京，居北制南，必不可如前并称都会，宜去京之名，存设官这实。兵、户、工三部，各自北差侍郎及各司官，如饷司、分司例。操江亦自北差，管江防事务。巡城、巡江、巡仓，俱并督察院，作大差。国子监自北差，作养东南十省人才。兵马司照旧巡辑，余悉应裁。”
多尔衮对陈名夏的方案非常赞成，于是对南京的地位和官吏做了一些安排，把南京改为江南省，把应天府改为江宁府，府尹为知州，其它卫所改为州县。掌印指挥、管屯指挥暂留，其余的部门和人员全部裁去。
此后清廷任命洪承畴为江南总督，他上任的第一件事情就是要完成清廷交给他的南京去京改省的任务。他到任以后，经过多方筹划调查，对南京的地位和官吏设置又提出了自己一套方案，建议将江南改京为省，把南京改为江南省，官员设置以其它省一样，所属有上元、江宁、句容、溧水、溧阳、高淳、江浦、六合共八个县。
至此以后，清朝政府完成了南京去京置府的工作，在一定程度削弱了南京作为明朝留都的诸多印记和影响力，为强化清朝统治奠定了基础。