磐石卫城之战：清朝守军2300余人全军覆没
此时，原清澄海守将，现任郑军后冲镇镇将刘进忠（辽东人，原为黄得功部下）再次降清，逃入海门所城，郑成功大怒，发兵围攻，围攻了五天之后破之“尚拿残虏百余，俱斩手鼻发回”，又攻破海门卫城，四处搜括粮草，当然啦，刘进忠是没有捉到，后来到三藩之乱，这个人依旧在各方之间活动。
10月22日，郑军战船兵临温州的磐石卫城，到11月初已经做好了攻城准备，早在5月份，郑军就进攻过一次磐石卫，在交锋之中损失了数百人外加一艘大船，两艘小船，并没有占到什么便宜，11月份继续来攻，援剿右镇姚国泰、后冲镇黄昭、右冲镇万禄等人负责阻击自温州而来的清廷援军。但实际上，从台州而来的援军早就进了城。当然了像磐石卫这种小城，原来的守军肯定不过几百人，即使是有援军进了城，那也不会对整个战局起到什么作用，事实证明确实如此，按清方史料说磐石卫守将熊应龙加上来援的台州游击王有进，两个人的兵力加在一起也不过2300人“应龙方请兵于外，适台州游击王有进来援，合主客兵得二千三百”。
这样贫弱的兵力，直接出城肯定是不行，只有固守待援；王有进守北门、东门，熊应龙守西门、南门。清军的抵抗十分顽强，守将熊应龙甚至亲自开炮，一炮就击毙了四名郑军骑兵。11月4号，郑军趁着半夜偷袭东门，熊应龙领千总尹士奉、把总蒋元等人，将郑军打退，打死打伤郑军300多人，并且缴获了火箭、喷筒、云梯等物，第二天的午夜，郑军猛攻王有进驻守的东门和北门，王有进抵挡不住，熊应龙令数百人前来增援，又将郑军打退，11月6日，郑军发大炮击城，西北城墙发生坍塌，熊应龙指挥军民修复城墙，郑军趁机来攻，但结果依旧以失败告终。11月7日，郑军又发大炮轰击西北城墙，最终冲进城内，熊应龙以及幼子二人都被擒杀，其已经成年的长子天琦、次子天琳逃走，熊应龙妻陈氏、妾缪氏均死于城中。
清绍兴协左营把总刘国泰、右营把总郭应邦、山西营把总李时育等人都在城内的混战中被击毙。而按照明方史料《先王实录》的记载，明军正式开始攻城的事件是十一月初五，十一月初七将城攻破，郑军“擒杀无数。先有逾城逃走被获者，有在城杀未尽、搜获者，藩令逐一解出，分别处理；逾城者听其回归或充兵，随其使；其在城搜获者，着斩左手发回，以其与我对敌者”可见，此城的2300名守军基本上算是全军覆没了。
除此之外，还有一个小插曲，在结束城内的战斗之后，郑成功下令将所掳掠的妇女全部释放，同时又担心部下不遵守军令，拒绝释放掳掠的妇女，于是下令严查“时攻破卫城，颇有掳掠妇女。藩以为虏所据，传令释放，恐有未遵者，令搜出究罪”，这一查还真查到了违法乱纪之徒，后提督万礼副将胡雄的部下几名伙兵藏匿了一名妇女，于是这几人都被处死，妇女被释放，胡雄惊惧不已，最后居然自缢而死，郑成功又欲杀另一直接责任人何佑，众将力保之，郑成功这才作罢。但既然有掳掠的妇女，那就证明郑军在攻入城池之后，不仅四处追杀捕捉逃散的清军，而且还对城镇内的居民进行了抢掠，当然啦，这种抢掠行为应该很快就被制止了。不久郑军又攻克乐清县。
按照清方报告，郑成功主力进驻磐石卫城之后，部分船只和军队开始“窥伺”杭州、嘉兴、宁波、绍兴、台州各地，这些人旋即遭到了各地清军的堵击，当然，这些船只的任务并不是攻城略地，而是筹集粮食，比如第二年（1659年）三月份田雄塘报，清军于3月26日在温岭一带袭击了郑军船只“正遇逆贼在岸装米下船，潮退船搁，贼见官兵，随号召贼众分头来敌。卑职督令官兵魏三锡带张成功从右前进，卑职亲率官兵从左前进，两岸夹攻，奋勇冲杀，箭矢、鸟枪、火炮打杀逆贼三百余名，当阵活擒二十七名，腰刀一百二十五把，长枪一百五十三杆，大旗八杆。余贼畏势披靡奔肛，官兵两岸掩杀，贼众爬船不及，淹死不计。仍急令兵脱衣，乘势杀入泥涂，用弓箭、鸟枪射打贼船。贼站船不及，先将汇中铳炮翻入水中，即带盔甲赴水沉死。官兵分拥上汇，见满船皆是粮米”，清军随即摧毁郑船，岸上堆积的粮食也全部被清军焚毁，但是仍然有部分船只逃走。
3月29日，台州总兵报“湖雾山湾有贼二百余名，现在搬运粮米及造船板片等情。据此，随该职等即传令各官，兵分两股，奋勇冲杀。贼见官兵，迎头来敌。我兵用弓箭、鸟枪、火炮合力齐攻，贼被射死、砍死百余，当阵活擒逆贼二十一名。贼官兵势勇，遂望水口船。官兵乘势杀至水口，见洋面有大小贼船五六十号系泊。船贼见官兵追杀岸贼，遂驾小船二十余只拢岸，放炮呐喊，前来救护。官兵合力掩杀，逆贼溃乱，奔船不迭，淹死不计，争下舢板逃命，踏沉三只，逆贼随船沉死。官兵仍下泥涂，用弓箭、鸟枪如雨射打，贼船被伤不计，随即开船遁出口外停泊。得获舢板船六只，藤牌五面，长枪二十杆，斩马刀一把，绵甲五副，铁盔甲一副，百子炮一门，鸟枪三杆，三眼枪二杆，腰刀二十七把，大小高照旗五杆。岸上草厂十间，尽堆食米，又有造船板料堆叠七处。”
而按照先王实录的记载“二月二十日，藩驾到磐石卫，行催各提督、统领、总镇速办船只，催完饷务，限三月内齐到磐石卫听令”郑成功在这一年的2月20号下令，到各地督办粮草的大船小船在三月份必须撤回磐石卫，3月25号，大部分的郑军都如期而至，所以清方报告在这几场袭击郑军军船之战的战果，应该只是一部分滞留于各地的郑军，当然也有可能是一部分不听令的郑军，在这年的五月郑成功说“各小船屡不听令，先行抢夺”，并且警告再不听令就要处决船只的负责任人，可见，这种不听令，远离大队，四处抢掠之人在郑成功军中也有很多，四月中旬，郑军舰队离开磐石卫，继续北上，南明历史上最后一场惊天动地的大战即将开始。