这部书显然触痛了元朝皇室的神经,因此《心史》一问世,就成为了禁书,不允许刊印、不允许百姓阅读。郑思肖在著书的时候就心知肚明,《心史》必定会被元朝统治者所憎。于是在写完这部书之后,他就将初版的《心史》保存了一本。郑思肖把这本《心史》用蜡纸小心的包好,然后放在一个装满了石灰的匣子中。
最后他再把这个匣子放在一个铁盒子中,把铁盒子埋在了一口古井之内。当时元朝统治者在国内四处搜查《心史》这类禁书,一旦发现不仅要立即销毁,拥有这些书的主人也要杀头。在元朝官兵的严厉搜查之下,《心史》几乎要绝版。但任谁也想不到,郑思肖为了保存自己的心血,竟然会想到把书藏在水井之中。
所以他藏起来的这本《心史》,就完整地保存了下来。等到350年后的明朝崇祯年间,郑思肖藏起的这本《心史》重新问世。当时城中发生了大旱,大部分的井水都枯竭了。一座寺庙中的僧人因此想到要把庙里的水井挖深一些,但是一铲子下去,却挖出了锈迹斑斑的一个铁盒子。他打开铁盒子,发现了装在其中的《心史》。
《心史》被深埋在井中350年,竟然保存得非常完好,一点水也没有沾上,连墨迹都像是新的。对于元朝人来说,《心史》是禁书。但是明朝人却极力的推崇《心史》。因为当时正是明朝的生死存亡之际,满清虎视眈眈,眼看大好河山就要落入他人之手。《心史》中记载的南宋被元入侵的内容,引起了明朝百姓的共鸣。
而不少士大夫也四处宣扬《心史》,《心史》竟掀起了一股爱国浪潮。文人们不分昼夜的传抄《心史》,而朝中大臣们也慷慨解囊,自掏腰包出钱印书。《心史》不仅成为了明末最流行的书籍,甚至还远渡重洋,传到了日本。但在明朝灭亡之后,《心史》却再度成为了一本禁书。
俗话说一朝天子一朝臣,满族入关建立清朝,自然不愿意有类似于《心史》这样煽动百姓情绪的“反书”。再加上当时明朝虽然亡国,但是国内还有不少打着“反清复明”旗号的地下组织。这些组织大多将《心史》奉为宝典,每日诵读作为一种激励。在这种情况下,清朝统治者再次下令封禁《心史》,也是可以理解的了。