太平天国以水师运兵加强而纵横长江湘军以水师主战最终攻克天京
1851年1月11日，洪秀全等人在金田起义建立太平军时，全军仅有步兵万余人。在沿长江沿线长期转战期间，太平军水营不断壮大，1853年1月12日占领武昌时已经扩充为前、后、左、右、中五营，“其由武汉下江南也，帆幔蔽江，衔尾数十里。”
太平军水师一度声势浩大
至1853年3月29日太平军攻克南京时，水营已经增至9营，征用及俘获的船只不下万艘，据记载“行则帆如叠雪，住则樯若丛芦，炮声遥震，沿江州邑，无兵无船，莫不望风披靡。”在曾国藩率领的湘军水师出战前，太平军水营一度控制着长江航道。
但1854年2月湘军水师出战后，久经战阵的太平军水营却屡遭失败，即使1855年下半年开始在安徽、江西等地大量仿造湘军水师战船，依旧不是湘军水师的对手。到1857年10月，太平军水营在第二次湖口水战中被湘军彻底打垮，将数千里长江水道控制权拱手让出，也招致了南京的陷落。
声势浩大的太平军水营，为何敌不过一介书生曾国藩编练的团练水师呢？
太平军水营其实是工兵和辎重部队
太平军最初建立水营的目的，就是保障步兵机动。其诞生于太平军转战湘鄂两省的过程中，1852年9月，太平军围攻长沙3月不下，被迫于11月3日用民船夜搭浮桥，迅速渡过湘江北上。12月，太平军顺流挺进湖北，于23日一举攻占汉阳后，船队在汉水江面再次搭起浮桥，迅速攻占武昌省城。
正是由于船队在攻克武昌期间发挥的重要作用，东王杨秀清“始立水营，以唐正财为指挥，总统水营船务”。可见，水营在太平军高层看来，就是搭桥运兵。随后，太平军主力“循江而动，专意金陵”，将武昌和随后占领的九江、安庆等重镇全部放弃，根本没有控制长江水道的意图，也就没有必要刻意增强水营战力。
太平军水营是民船聚合而成
太平军水营的船只，都是转战长江南北征集的民船。如1852年12月13日攻下岳州后，就有5千船户带船参军。这些船户大多是从事水上运输的劳动者，有沿江的纤夫、码头脚夫等，因“终岁勤劳，未尝温饱”而参加起义，并迅速成为太平军中的一支骨干力量。
虽然太平军水营的兵员熟悉水上作业，但太平天国诸王和水营首领唐正财等人却“不明船制，不娴战术”，对所辖船只管理混乱，“不分炮船、战船、坐船、辎重船，凡接仗皆出队”，完全一帮乌合之众。太平军战船多为民船改装，最好的武器也就是自铸的200斤重前膛生铁炮、铜炮等，已经严重落伍。
湘军水师为主战兵种，且装备精良、编制整齐
与编制混乱、装备落后的太平军水营相比，湘军水师建立之初就被赋予“肃清江面，直捣金陵”的任务。曾国藩更是以“必须选百练之卒，备精坚之械，舟师则船炮并富”的狠心，将水师当作主力作战部队进行建设，并从广东进口威力大、射程较远的西洋熟铁炮800尊等装备战船。
到1857年3月，湘军水师新式战船已达500余艘，各种火炮已达2000余尊。此外，湘军水师在编制上规定每营不同性能的船只相互配套，水手、炮手、桨工、橹工等分工有序，任务明确。船制规定:每营配快蟹船1只，长龙船10只、舢板船10只，官勇425人。
综上所述，太平军水营和湘军水师相比，在战船编制、武器装备与人员素质等方面都存在巨大差距，加上建军理念和将领素质的差异，战斗力悬殊也就不足为奇了。