狄仁杰死后家人在他书房发现了一封密信，暴露了他与武则天的秘密
长寿元年(692年)正月，酷吏来俊臣诬告狄仁杰等大臣谋反，将他们逮捕下狱。当时律法规定，一经审问即承认谋反的人可以减免死罪。狄仁杰当场认罪道："大周革命，万物惟新，唐室旧臣，甘从诛戮，反是实！"来俊臣得到口供，将狄仁杰等人收监，只待来日行刑，不再严加防备。
狄仁杰向狱吏借来笔墨，从被子上撕下一块帛，书写冤屈情况，塞在棉衣里，请求送回家中。负责看守的王德寿并未起疑，让人送交给狄仁杰的儿子狄光远，狄光远持帛书向武则天诉冤。武则天决定亲自过问狄仁杰谋反案，她召见狄仁杰，询问他为何承认谋反，狄仁杰道："我如果不承认造反，已经死于酷刑了。"武则天因此免去狄仁杰等大臣的死罪。
神功元年(697年)，狄仁杰再次拜相，担任鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事，加授银青光禄大夫。不久，狄仁杰又代理纳言之职，兼任右肃政台御史大夫。圣历元年(698年)，突厥南下骚扰河北，劫掠百姓万余人，武则天任命狄仁杰为河北道行军元帅，征讨突厥，并许以便宜行事之权。
久视元年(700年)，狄仁杰进拜内史，随武则天巡幸三阳宫。当时，文武百官多随驾前往，唯有狄仁杰获赐宅第一所，恩宠冠绝当朝。同年九月，狄仁杰病逝，终年七十一岁，武则天废朝三日，追赠他为文昌右相，赐谥号文惠。神龙元年(705年)，唐中宗复辟，追赠狄仁杰为司空。景龙四年(710年)，唐睿宗继位，追封狄仁杰为梁国公。
狄仁杰不仅得到了李氏皇族的认可，更是得到了武周朝廷的重用，在历史上的很多小说和文献中，都能看到狄仁杰的身影。近年来由于《神探狄仁杰》系列电视剧的上映，狄仁杰的断案如神、聪慧异人更是让我们印象深刻。
历史中我们知道，狄仁杰是心向李氏皇族的，但是在武则天取代李唐王朝自立时，他并没有站出来公然反对，只是在心里面有所期许，这点武则天是明白的。按理说他们二人是绝不会安然相存的，但是历史总是那么不可思议，这两个政见不合的人居然达成了高度的默契，狄仁杰从不公然反对武则天，他在任职期间做了很多利国利民的好事。
或许是他们二人太过于默契了，因此在后世流传着他们的流言蜚语，认为他们之间存在微妙的感情。分析史料发现，有这样的留言出现，无非是因为三个因素：首先是同乡之情，他们两人都是来组山西并州，有天然的亲近感；然后是狄仁杰是个睿智之人，他知道武则天的逆鳞是什么，所以他可以规避，避免引起杀身之祸，武则天也不和他谈论敏感话题，两人之间只谈朝政；最后一点就是武则天善于用人，她知道狄仁杰之才，重用狄仁杰这位内心亲李唐的人更能体现出自己的胸襟，也笼络了士大夫们的心，更有利于稳定大周朝局。
他们两人亦是君臣亦是朋友，甚至有惺惺相惜之感。在狄仁杰死后，他的家人为其收拾遗物，偶然之间在他的书房中发现了一封密信，这是一道密折，他的家人打开之后在上面发现了武则天写的八字批文：“朝堂之事，与卿推心。”
这短短的八个字就能看出他们两人之间的关系非同寻常，异性君臣间竟然已经到了推心置腹的程度，这不免让人看出武则天对狄仁杰的宠幸和信任。狄仁杰也没有辜负这份信任，他做出了很多利国利民之事，虽然最后还是因为他的原因推翻了武氏政权（狄仁杰推荐张柬之等人登阁入相），这也是他坚持本心之举。