朱元璋改革六部时，朝廷中“尚书”泛滥，仅户部就有七个尚书
熟悉清朝历史的朋友或许都知道，清代的六部尚书和左、右侍郎都有满汉之分，即一个部门有两个尚书和四个侍郎，六部因此就有了12个尚书和24个侍郎。不过，在洪武年间的一段时期，大明的六部尚书人数更离谱，其时共有尚书27个，侍郎27个。
朱元璋还是吴王的时候，就建立了自己的小朝廷，基本上也都是沿袭元代的行政建制，但是恢复了元朝之前的尚左制度，即左为贵。当时的中书省是权力最大的部门，组织结构也很复杂，虽然不设中书令，却有左右两位相国，以及平章政事、参知政事、左右司郎中、员外郎、都事、检校等官员。
大明建国后于洪武元年（1368年）设立了左、右两位丞相，设立中书省吏、户、礼、兵、刑、工六部，每部设尚书、侍郎各一人，其下附属官员若干名。
到了洪武六年（1373年）时，朱元璋感觉六部的工作太过繁重，在每个部又增设尚书、侍郎各一名。两年以后即洪武八年（1375年），又为户部设置了五个科，刑、工两部各设四个科，同时各设尚书一人、侍郎一人。
如此一来，户部便有了七个尚书、七个侍郎，刑、工两部也有了六个尚书、六个侍郎。另外加上吏、礼、兵三部的尚书和侍郎，中书省一共就有了二十七个尚书和二十七个侍郎。
洪武十三年（1380年），胡惟庸案发，朱元璋借机废除了丞相制度，取消中书省，将权力集中在自己手中，并顺理成章地裁撤掉了中书省的所有官员，只留下十名“中书舍人”。六部在这次变革中被保留了下来，但是机构大为简化，每部只设一个尚书，左、右两个侍郎，原来掌管各科的尚书一律降为郎中，原来处于正三品的尚书，改为正二品，六部由皇帝直接控制。
从官员数量上来看，户部在六部中人数最多，到了明朝末年，户部共有十三个清吏司，每一个司主管的是中央对某省的收支及各省对中央的报销、军队的俸禄粮饷等。明朝共十三个省，所以有十三个司。
礼部在历朝都是个清水衙门，但它所主管的却是国家大典、教育与科举，以及负责招待外宾、宴赏功臣文士，虽然是清水衙门，但这些都事关国家礼仪，不能偏废，因此自六部地位不低。
吏部主管整个国家的文职官员的一切事物，由于吏部是主管人事的部门，所以它在六部中地位最高。
兵部同其他五部一样，均有皇帝直接管辖，全国的武职官员、练兵、武器、驿站全部都在它的职权范围之内。
主管天下刑狱的刑部也有十三个清吏司，和户部相同，也是分责各省。这十三个清吏司与各省的提刑按察使联系，主要负责覆勘、录囚、决囚等，掌管国家的司法行政。
工部是主管国家工程的，其中包括宫殿、陵寝、城郭、祠庙、仓库、车船、钱币、颜料、窖器等，水利方面也归工部负责。工部虽然是六部中最繁忙的一个部门，但是因从事的都是一些工程之类的活，所以在六部中地位最低。
明代的六部后来被清代沿袭，六部的职能基本上没有发生变化，只不过在六部之外添加了一个理藩院，负责少数民族事务，将明代礼部的一些职权分散了出去。