刘穆之究竟有什么过人之处？他为何让刘裕如此信任？
东晋末年，尤其是会稽王司马道子执政以来，社会风气败坏，纲纪废弛，朝廷威严不再，高门大族胡作非为，平民百姓无以立足。虽然从王导以来，东晋主朝一直是宽纵豪右，但是到如今老百姓已经不能忍受了，这对政权而育也是很危险的。桓玄执政的时候认识到了这一点，但他虽然订立了繁密的法令，仍然没有见效。刘穆之处理朝政以后，“斟酌时宜，随方矫正”，刘裕也带头遵守新制度，不出十日，京城的风俗就有了很大的改观。能在短时间内创造出这么优秀的成绩，刘裕对刘穆之更加信任了。把刘穆之升为主簿、记事录事参军，兼堂邑太守。
平灭桓玄后，刘裕以镇军将军侍中徐兖二州刺史都督十六州诸军事回镇丹徒（治京口）
，何无忌镇江州，刘毅领豫州，诸葛长民督淮北，孟昶任吏部尚书（后晋仆射）。曾经的战友如今各据一方，成了政治上的对手，虽然还没有撕破脸，将来互相残杀的苗头却隐然而现。
义熙三年（407）末扬州刺史王谧去世。王谧出身高门，声望甚隆，扬州刺史既是宰相之位，辖区又是江左诸朝的主要财敏来源，自然极其重要。王谧的死，刘裕在朝中失去了一颗重要的棋子。
王谧死后，对于谁应该入辅，出现了几种意见：对极人物，按照规矩是合理的，刘毅却想以自己同党谢琨领州；多数朝臣则主张将朝政付于孟昶，因为孟昶在朝3年，本身与朝臣联系紧密，工作又相当称职，比刘裕或者刘毅更容易为人所接受。
究竟该该怎样决定，朝廷也拿不定主意，就派尚书右丞皮沈到丹徒询间刘裕的意见，皮沈知道刘穆之是刘裕的心腹谋士，所以先来探他的口风。
和皮沈的会见中，刘穆之什么也没说，中途找了个借口出去，派人给刘裕送去一经张便笺，笺上只有一句话：“皮沈刚来，他的话不能听。”