元朝士兵赢了有奖，打输了不罚，脱脱的这个策略延续了王朝
在最初，元王朝的正规军在数量上处于劣势，而且它们的带兵官也被红巾军的规模和凶猛所震惊。即便是这样，如果他们能够保住州城，他们还是可能对付得了这场叛乱的。在这里，元朝一贯的政策是让城墙倾倒，对那些原来被攻破了的城墙缺口也不再修复，这就使他们吃尽了苦头。一时间叛军所向无敌，攻取了一个又一个城池。1352年，湖广地区的南方天完红巾军向西进军，攻取了武昌、汉阳及其上游的其他城市；另一支部队攻占了从九江开始的江西中部的大部分地方，只把省城龙兴(南昌)留在元军手里。
刘福的军队横行于河南南部。彭大和赵均用起事于江苏北部的沛，并夺取了徐州，从而截断了大运河的航路。到了1352年末，原来受白莲教地下活动影响的地区也有了叛乱，并且使中央政府失去了控制。虽然白莲教运动没有能够把它的暂时胜利转变为一个稳固的根据地，使之与元王朝分庭抗礼，但到后，那些以重新设防的州城为基础而再建的地方上的控制并没有使元朝受益，它们反而为形形色色地区性政权提供了基础——这些地区性政权要么誓死与元朝为敌，要么只是对元朝名义上表示忠顺。
除了白莲教的叛乱本身以外，在14世纪50年代之初，另外有两种军事化形式在华南的骚乱中出现。一是与白莲教本无瓜葛的地方上的不满分子借此时机搞叛乱；一是地方上占统治地位的力量——包括汉族文人精英在內举办民兵组织来保卫家乡，反抗叛乱。实际上，这第二种军事化形式有发展成为主要的叛乱活动的倾向，因此它更促进了元帝国的四分五裂。在叛乱分子取得初步胜利后，新组成的元军能够打败叛乱运动，并把它们的大多数平息下去。
1353年，元军收复了杭州以及浙江和江西的一些次要府城。其他的元军收复了蕲水、武昌和汉阳，从而把徐寿辉和天完军的领导变成了湖北乡下的流窜队伍。华北平原原来的红巾军运动也受到挫折，最后他们丢了一切地盘，只剩下首府，即位于安徽西北端的毫州。取得这些战果的新元军主要是由汉人组成，但召募者和带兵官最初主要是久住中国农村中的蒙古人和色目人，还有他们的汉族合作者。汉族文人精英分子认为自己必须支持王朝来反对红巾军等运动，但是，他们的支持是被动的和半心半意的。
这些新的非正规军的带兵官们如果打了胜仗就有奖，如果打了败仗可以不受罚；这和王朝的正规军官大不相同，后者在吃了败仗之后就等待受处分。亲元军队中间的地方分裂倾向的危险已暂时有所抵销，因为此时脱脱自己成功地掌握了这支新军，其中许多部队是由他的亲属和亲信带领的。脱脱本人率军对付主要的目标，即力图恢复大运河。1352年10月，他收复了徐州，彭大和赵均用都漏了网，南逃到濠州，在这里他们的活动终于与起兵初期阶段的朱元璋会合在一起。脱脱花了1353年一整年时间来招兵买马和重建他的军队，并恢复了他的日常政务活动。
1354年末，他移师去攻打张士诚；几个星期之后脱脱把张士诚围在高邮城内，想把他活活地饿死。王朝的部队作好准备要给叛乱运动以致命的一击了以维护秩序和治安为目的的自发的地方武装，已经成为对于红巾军叛乱的爆发的广泛反应。在安徽中部的一个城市——濠州(凤阳)，由于这里是明代开国之君起作用的地方，所以这里的反应超出了地方性质。
1352年春天，郭子兴、孙德崖和其他三个人一起，在得到地方精英的支持下纠集了民兵，并控制了城市。徐州的白莲教叛乱领袖彭大和赵均用为了逃避脱脱的攻势(而且又彼此不和)投奔而来，在元政府看来，他们的到来使得濠州更清楚地同红巾军的总运动合流了。郭子兴依附彭大，他的其余四个同伴则奉赵均用为领袖。许多城市被这种不稳定的军事联盟所统治，这在13δ8年以前是屡见不鲜的事。