窝阔台系的封地无法连成一片，蒙哥即位后进行清洗，实力更弱
成吉思汗选择了窝阔台做大汗，却把95个千户里的60多个封给了拖雷。蒙古人的千户不仅是军事组织，还是民政组织。按照中原王朝的传统观点，这简直是故意留下兄弟阋墙的引子。
虽然拖雷要向窝阔台汇报工作，但是毕竟实力摆在那里，窝阔台的命令，拖雷即便是不接受，不执行，窝阔台也不能拿他怎么样。果不其然，窝阔台还没登上汗位呢，就收到了拖雷满满的威胁的意味。
窝阔台虽然是成吉思汗指定的汗位继承人，不过蒙古汗王还得由贵族民主会议（忽里台大会）上推举产生，这个就好像是中原皇帝的登基大典一样。不过比起中原皇帝的登基大典不同的是，蒙古的忽里台大会的举办地点是有限制的，只能在蒙古人的发祥地——斡难河和怯绿连河上游。其他地方举办的忽里台大会都被认为是不合法的。
之所以这么规定，可能是由于蒙古人的分封制度是实封，而且这些贵族亲戚们都分出去很远，除了在发祥地举办家族宴会，顺带商量国事外，在其他地方都很难让其他地方的人信任并且还会制造不必要的矛盾。
窝阔台顶着个虚名，做了两年的虚君。为啥呢？因为窝阔台让拖雷召集大家开会，拖雷就是不召集。为啥是拖雷召集呢？因为拖雷是幼子（嫡子里的幼子），蒙古人有幼子守灶的传统，家里的事都是由拖雷说了算。再说，拖雷的军政实力摆在那里，他不点个头，这些封出去的亲戚们来了没人接待他们算是轻的，要是拖雷发起狠来，这些人哪儿还能全须全尾地回去？
窝阔台
拖雷拖了2年不开会，以监国的名义处理国政，把自己继承下来的60多个千户里的军政、民政都安排妥当后，终于点头答应召开忽里台大会，把大汗的权力给了窝阔台。想必此时的窝阔台即使想恨拖雷也恨不起来，也不敢恨。
窝阔台做了大汗后非常宽容，对待那些贵族奴隶主非常优厚，动辄赏赐巨万，使得国库经常是空的，只好派了大量的理财官到各地搜刮。这其中，难保不是窝阔台要在这些权贵中树立私恩。
窝阔台也不是没有能耐，他首先要继承父亲的遗志，发誓灭金，而且派给了智勇双全的四弟拖雷千里大迂回，借道宋境北攻金国。拖雷大军在敌国境内迂回数千公里，竟然在三峰山之战中把金国主力歼灭了。拖雷的威望再一次提升，可是在回师的过程中，却在巫师的蛊惑下饮下符水，中毒薨逝了。
拖雷薨逝后，诸子尚幼，只有拖雷的大妃主持家族内政。这位大妃很聪明，对待窝阔台很恭敬，事事以成吉思汗颁布的札撒为圭臬，窝阔台本来想生点法子把拖雷继承的千户分出去些，削弱这一支的势力，可是都被成吉思汗的札撒这道王牌给挡回来了。
这有点像铁铉守济南，把洪武大帝的牌位挂在城头上，逼得城下的朱棣有炮开不得，气得直跳脚。然而，就是因为这样，拖雷系才保留住了翻盘的希望。
在灭金以后，窝阔台本来想按照传统再次分封。不过在耶律楚材的提醒下，窝阔台因此停止了分封，改成了“五户丝食邑”，土地和民政都还掌握在大汗手里。
这种加强中央集权的操作本来是没有什么的，除非窝阔台系能够永远守住大汗的宝座。但是很难，因为蒙古人的汗位传承很难说有章法可循，大汗生前指定的遗命都不一定能够得到遵行，因为还有忽里台大会这样的贵族民主制度。而民主，实际上就产生了很多操作空间。
窝阔台系的几个王子，有一些王子封在了阿尔泰山以北的草原，还有一些王子封在了河西走廊。这些势力中间被察合台汗国和大汗汗国给隔开了，不能连成一片。本来，如果窝阔台把自己家的子孙封在中原，使得河西与中原势力连成一片，反而能构成对大汗汗国的战略包围圈。
这在窝阔台做大汗的时候，自然没什么，可是当汗位落在了蒙哥身上时，窝阔台系的诸多王爷们才发现，他们的领地七零八落，根本难以形成有效的抵抗。蒙哥汗抓住机会，一次会议上就把预谋作乱的窝阔台系诸王和臣子们清洗了300多人。窝阔台系势力大衰，只有在凉州的阔端（凉州会盟的主角之一，据说他在西藏有一场美丽的邂逅，因此不愿意刀兵相向，才采取了会盟收降的方式）因为与蒙哥交好，才得以保留领地。
窝阔台之前一直没有舍得分出去的中原汉地，自然成了大汗汗国的一部分，落入了拖雷系的掌控中。蒙哥鉴于窝阔台系诸王反抗无力，也不含糊，上任伊始就进行了一次分封，主要集中在拖雷系的诸王之中。
海都
窝阔台系的诸王，只能等到窝阔台的孙子海都成年后，才在西北地区集结了术赤系、察合台系的一些王爷们发起了对忽必烈政权的叛乱。当然，由于实力不济，加上各个王爷们的分歧，这些叛乱最终被元朝镇压。
窝阔台汗国成为四大汗国里最先消失的汗国，从宝庆元年（1225年）立国到大德五年（1301年）被察合台汗国和元朝瓜分，立国凡有76年。