黄巢起义失败的原因：没有根据地且不思进取
自从响应王仙芝聚众起义后，黄巢的起义军纵横大江南北，几乎打遍全国，起义军先后渡过长江四次，黄河两次，屡屡突破唐军防线，占领了很多地区。但黄巢的起义军始终是流动作战，在占领了新的地区后，就把原有的地区放弃了，黄巢从来没有建立一个真正的农民起义根据地，这是黄巢起义失败的主要原因，也是后来李自成起义失败的主要原因之一。
因为没有建立根据地，黄巢的起义军只能打到哪里就住在哪里、吃在哪里，后勤供给和兵源补充都很成问题。黄巢实在没有办法时，只好放纵士卒抢掠百姓，这样做虽然能解一时之困，但失去了民心，也失去了人民的支持。没有广大民众的支持，起义怎么可能成功呢?另外，因为没有根据地，黄巢在撤离长安后进退失据，没有明确的方向和目标，只能靠攻城略地来补充实力，继续进行流动作战。起义军战斗力虽强，但不可能每战必胜，一旦战败只能狼狈逃窜。当起义军近三百日攻不下陈州时，军中粮尽，黄巢手下将士“掠人为粮，生投于碓硙，并骨食之”。但这种残忍的行为并不能挽回起义军失败的命运，只会加速其灭亡。
毛泽东曾深入研究过历代农民起义，反复阅读陈胜、吴广、张角、王仙芝、黄巢、李自成等人的传记。他从创建井冈山革命根据地开始，就特别强调与“流寇”思想作斗争。他说：“应当认识，历史上黄巢、李闯式的流寇主义，已为今日的环境所不许可。”(《关于纠正党内的错误思想》)在抗日战争期间，他又强调：“历史上存在过许多流寇主义的农民战争，都没有成功……只有彻底地克服了流寇主义，提出并实行建立根据地的方针，才能有利于长期支持的游击战争。”
黄巢失败原因之二：占领长安后不思进取
公元880年黄巢占领长安后，以为起义已成功，忙于建立自己的政权，没有及时追赶向四川方向逃走的唐僖宗，也没有趁热打铁消灭敌人的有生力量，放任唐僖宗在四川地区恢复力量，结果没过多义就被已喘过气来的唐王朝打败。
当时留在关中的唐中央禁军尚有数万人，黄巢不仅没有派军消灭他们，还给了他们重新聚集攻打长安的机会。因唐凤翔节度使郑畋及其将佐假投降，黄巢对他们放松了警惕。郑畋暗中同逃往四川的唐僖宗联系，并把分散在关中各地的禁军招集到自己周围，然后“完城堑，缮器械，训士卒”，又密约邻近的藩镇共同抗拒起义军，成为黄巢的大敌。
因起义军杀死所有在长安的唐朝宗室，处死了一些隐匿不降和假投降的唐朝官吏，长安附近的豪强怕被处死，纷纷逃往深山中结寨自保，把粮食收藏起来。这样，起义军的主力就被压缩在长安附近的狭小地区里，粮食供应困难，将士们甚至剥树皮吃。黄巢派使者出城到各地调发粮食，前后派了数百人，使“吏民不胜其苦”。唐将王重荣本已投降黄巢，因黄巢不断派使者催粮催财而十分气愤，他说：“始吾屈节以纾军府之患，今调财不已，又将征兵，吾亡无日矣!不如发兵拒之。”其将佐皆同意他的意见，于是把黄巢派来的使者全都杀了，并派兵抢了黄巢四十余艘装满粮食的补给船，迫使缺兵缺粮的起义军离开长安。
历史学家黄仁宇说：“他(黄巢)于公元880年入西安，据说他拥有兵众60万人，西安也被他占领了两年多。起先他还企图争取一般市民，可是一入国都，黄巢被自己所设的陷阱困住，从此失去流动性，于是被忠于唐室的几个部队集中攻击，对方也有突厥语系的部队。黄的给养既成问题，他就更大开杀戒，因之他和居民的关系日益恶化。”缺粮缺兵的起义军被人民视为仇敌，除撤离长安外别无选择。