耶拿战役双方部署：普鲁士军队在五套方案中犹疑
战斗起始于拿破仑的主力遭遇到霍恩洛厄亲王于耶拿附近的部队。起初拿破仑只有48,000人，但是他小心和灵活的部署令法军能够建立一个绝对性的优势。普军很迟才发现情况，但仍没有加快反应速度。在冯·布吕歇尔【又译布鲁克】将军的15,000人由魏玛赶来之前，霍恩洛厄亲王的部队已经开拔。然而这是一场激烈的战斗，拿破仑亦错误相信他正面对普军的主力部队。在北面更远的奥尔斯塔特，达武和贝尔纳多特同时收到指令赶往支援拿破仑。达武尝试取道伊卡斯堡;贝尔纳多特则取道当恩堡。但是达武往南的去路，被普军主力55,000人阻挡，包括国王腓特烈·威廉三世、不伦瑞克公爵卡尔·威廉·斐迪南、陆军元帅冯·莫伦多夫和冯·卡尔克洛伊特等人。接着是一场残酷的战斗。虽然人数上处于二比一的劣势，但是达武训练有素、纪律严明的第三军抵住了普军多次进攻，并且转守为攻，最后将普军击退。虽然贝尔纳多特看到达武被普军阻挡，但他却没有加以支援，令他后来被拿破仑斥责。
双方军队都分成了几个部分。普军分成三队：
不伦瑞克公爵所率领的55,000人
霍恩洛厄亲王率领的38,000人
冯·吕歇尔将军所率领的15,000人
拿破仑在耶拿的主力共96,000人：
苏尔特的第四军
拉纳的第五军
内伊的第六军
奥热罗的第七军
缪拉的骑兵部队
在北面远处邻近奥尔斯塔特的地区，亦有贝尔纳多特的第一军(20,000人)和达武的第三军(27,000人)。
普军计划
1806年代普军最大的弱点是其疲弱的指挥系统，一个指挥的职务由多名军官负责。例如陆军参谋长分别由三名不同的军官担任，包括佩芬将军、陆军上校沙恩霍斯特和陆军上校鲁道夫·马森巴赫。这个混乱的系统导致简单的指令都变得迟缓和复杂，令最终预备作战的指令整整迟了一个月才实行。计划最终将国内的普军士兵编整成为三个军团。普军面临的另一个障碍就是设计统一的作战计划。在军官讨论时，竟出现了五个主要计划;但更糟糕的是，长时间谨慎的计划亦令战役的主导权转到了法军身上。因此，普军的计划对于法军活动来说相对被动。
法军计划
虽然普军比法军早一个月开始动员士兵，但由于第三次反法同盟中的俄国仍拒绝接受和平条约，所以拿破仑亦有保持充足的作战准备，所以亦能应付普军。拿破仑构想出一个能迫使普军与其一决胜负，就像奥斯特里茨战役一样能够预先瓦解普军攻势的方法。由于拿破仑的大陆军有大部份驻扎在现今德国西南部的巴登-符腾堡地区，因此拿破仑决定向东北进攻萨克森和进占柏林。