耶拿战役背景：外交失策将普鲁士逼向反法联盟
奥俄联军在奥斯特里茨战役战败之后，欧洲大陆暂时沉寂下来，进入一个不稳定的和平期。在上次战役中，拿破仑之所以急于使普鲁士保持中立，是因为十五万普鲁士大军一旦加入奥俄联军的行列，势必使他面临一种十分严峻的局面。贝尔纳多特进军多瑙河期间，未经允许即穿越了普鲁士的安斯巴赫公国，曾使普鲁士当局甚为愤慨，几乎导致普鲁士参战，仅由于拿破仑贿以汉诺威才勉强无事。当然，假拿破仑之手将汉诺威割让给普鲁士是不合法的，但这一割让已为普法条约所确认，该条约是奥斯特里茨之战结束后十四天，拿破仑与豪格维茨伯爵在肖恩布鲁恩宫签订的。不过该条约在两个月后又修改得对法国有利了。懦弱无能的普鲁士国王弗里德里希·威廉三世在柏林受主战派的支配，
而主战派的后台是路易莎王后。由于拿破仑要求把安斯巴赫交给巴伐利亚作为割让汉诺威的补偿，这就进一步加剧了柏林的反法情绪。
至于法英关系，自皮特首相于1806年1月23日逝世，辉格党政府随即于二月份建立以来，紧张关系略有缓和，但和平谈判仍毫无结果，因为荷兰、西西里和海外殖民地等问题证明是难以解决的。6月，拿破仑之弟路易登上荷兰国王宝座使问题变得更为复杂。
普莱斯堡条约在南德意志制造了一连串的法国卫星国：巴伐利亚和符腾堡已经变成了两个王国，其领土的扩大是以牺牲奥地利的利益为代价的。巴登和黑森-达门斯泰特总督也被拿破仑封为大公。拿破仑还要求巴伐利亚国王把一个女儿嫁给他的继子欧仁·德·博阿尔内(意大利副王)为妻。7月，这些莱茵河及其西部地区的德意志小国，未与普鲁士商议，就组成了一个依附于拿破仑的莱茵邦联，拿破仑的妹夫，缪拉元帅也被封为贝格和克累弗大公，这样他就控制了莱茵河在韦瑟尔的重要桥头堡。指向德意志的这些政治屏障不断得到依旧存在的压倒性的军事力量的支援。
拿破仑的十九万二千人的大军团非但没有复员，反而继续作为军事力量驻扎在整个德意志西南部靠当地供养。法军的存在当然只会引起反感。贝尔纳多特的第一军占领着安斯巴赫，达武的第三军和拉纳的第五军驻扎在苏阿比亚，苏尔特的第四军和内伊的第六军在巴伐利亚，而奥热罗的第七军则在法兰克福。马尔蒙的第二军已被派去征服达尔马提亚，而马塞纳在拿破仑之兄约瑟夫的麾下，正在蹂躏那不勒斯王国。
拿破仑由于要在巴黎集中精力从事其政治和王朝的设计，便把大军团的指挥权交给正在慕尼黑的贝尔蒂埃代管。不过，他却要贝尔蒂埃完全明白他自己只不过是一个临时代理人而己。2月14日，贝尔蒂埃接到了拿破仑下的一道十分唐突的指示：
严格信守我下达给你的指示，并不折不扣地予以执行。所有人员都要随时待命，严守岗位，只有我知道该如何行动。
奥斯特里茨大捷之后，这位皇帝更是深信自己一贯正确了。
1806年的整个夏季，拿破仑所采取的军事预防措施和他按战时编制维持大军团的做法都只是为了防止奥地利东山再起并对维也纳朝庭起威慑作用。当时，他还正在与洛德代尔勋爵和亚尔默思勋爵率领的英国代表团讨论和平条款，所以无论如何他无意桃起普鲁士人的敌意。7月间，缪拉亲王毫无策略头脑地把韦尔顿的普鲁士驻军赶出了他新近获得的大公国。8月2日，拿破仑写信严历地斥责了他的妹夫：
你所作的用武力把普鲁士人从他们现在所占领的地方赶走的决定真是愚不可及。你这样做就侮辱了普鲁士，并且完全违背了我的意图。我目前与该国的关系尚可，而且正打算停止与英国人谈判以便为普鲁士保住汉诺威。我不想用这类愚蠢的行为得罪她，我要和她保持良好的关系。你的任务是应尽量和普鲁士人亲善。
当天，他指示塔列朗与普鲁士政府接触以平息这一事件。
但是，在与伦敦的辉格党政府谈判时，拿破仑又空前狡诈地提出将汉诺威归还给英国，尽管在此以前，他已将该地割让给了普鲁士。这种口是心非，两面三刀的做法在7月底传到普鲁士政府的耳朵里，于是双方就势在必战了。
奇怪的是，拿破仑似乎并不知道他的扩张政策在普鲁士已日益引起敌意。这种敌意的产生有两个来源：其一是普鲁士军官团浸透了腓特烈大帝的军事传统，一贯好战;其二是自从以维也纳为基础的旧日耳曼帝国瓦解之后，突然高涨的爱国热情开始在柏林产生聚合作用。普鲁士军队一向以自己在七年战争中曾战胜过奥军和法军而自豪，对于法国革命军队所发展的那套灵活机动的战术，他们一无所知。普鲁士军官死守腓特烈的教条，拘泥于刻板的队形，缓慢的调动和有秩序的排枪射击，因为，半世纪前这种战法证明是十分有效的。他们对法军那宽松的散兵线和比较松弛的射击纪律极为蔑视。普军各战斗部队的机动性还受其补给系统和辎重纵队的拖累，没有这套保障，他们就寸步难行。