“明代三重臣”中于谦、张居正都大名鼎鼎，相比之下他则名声不显
至于张居正，则是作为内阁首辅执掌大权多年，他推行了一系列卓有成效的变法改革，史称“张居正改革”或“万历新政”。在张居正的努力下，原本已经日渐腐朽的明王朝重新焕发出生机。相比于时至今日仍然大名鼎鼎的于谦、张居正，被后人与这二人同列为“明代三重臣”的王琼在知名度上无疑要低许多，但其能力与功绩绝对值得认可。
天顺元年（1457），明英宗通过夺门之变复辟，随后在徐有贞的谗言蛊惑之下杀害了功勋卓著的于谦。两年后，王琼出生于山西太原府，具体而言是如今山西省太原市小店区的刘家堡村一带。成化二十年（1484），王琼考中进士，随后就职于工部，并历任主事、郎中。
担任工部郎中期间，王琼曾奉命在外治理漕河三年。在他之前，同为王姓名臣的王恕曾作为明代首任河道总督治理漕河，并留下十四卷《漕河通志》。王琼在《漕河通志》的基础上进行增改完善，写成了更加详细与周密的八卷《漕河图志》。他的继任者根据此书考察河道，发现实际情况与记载竟然分毫不差，王琼由此因聪敏干练而知名。
此后王琼被调到户部担任郎中，又出任过河南右布政使。明武宗即位后，他升任右副都御史，负责督办自己熟悉的漕运事务。正德二年（1507），王琼回京担任户部左侍郎，但由于在衡王诬告百姓侵占王府土地一案中做出了错误判决，一时间当地百姓都对他颇有怨言。次年，明武宗在否决六个人选后同意任命王琼为吏部侍郎，但很快户部尚书顾佐因工作失误被扣发俸禄，王琼也受到牵连而被调往南京。
正德八年（1513），王琼在担任户部右侍郎数年后成功升任户部尚书，早就展现过出众才能的王琼上任不久后便对各地财政情况了如指掌。当戍边将领申请发放粮饷时，他只需屈指一算便能根据各地粮仓草场的物资储量、各郡粮草输送情况及边关士卒的收成等数据得出应当调拨多少，并表示在此基础之上如果再多要就是弄虚作假、中饱私囊。
两年后，王琼又出任了兵部尚书。当时，国内许多地方盗贼猖獗，各地官兵都热衷于大量斩杀贼寇，并以此邀功。王琼指出，如果是边关守将以斩杀外敌众多而论功行赏也就罢了，内地的将领岂能以杀害同胞数量众多引以为豪呢？尤其是在江西、四川等地，不少将领甚至杀良冒功，残害平民后谎称是剿灭了贼匪。在王琼的建议下，明武宗下诏此后官兵平叛只以当地是否安定为论功行赏的标准，不再看杀敌数。
王琼担任兵部尚书期间，大量贼寇在其周密谋划下落网，他也凭借这些功绩被加封少师兼太子太师，受宠信程度冠绝各部尚书。正德十四年（1519），宁王朱宸濠发动叛乱，王琼对此早有察觉，因此在三年前就安排了自己颇为欣赏的王守仁出任南赣巡抚，并给了他很大的自主权。宁王造反的消息传到京城，朝中大臣都十分担忧，王琼却自信地表示：“诸君勿忧，吾用王伯安赣州，正为今日，贼旦夕擒耳。”
事态发展果然如王琼所料，天纵奇才的王守仁仅仅用了三十五天就平息了宁王之乱。然而，随着明武宗的驾崩，失去了庇护的王琼立刻遭到了言官们的一致攻讦。在能力出众的同时，王琼也深谙官场之道，过去曾极力讨好明武宗的宠臣钱宁、江彬，这才逐渐得势。如今明武宗已逝，新君嘉靖帝对王琼并无好感，于是下诏让群臣商议如何处置。
经过商讨，群臣认为王琼按律应当判处死刑，嘉靖帝改为罚他前往位于今甘肃平凉市境内的庄浪充军。随后，由于王琼上书称自己年事已高，嘉靖帝又改派他前往相对不那么偏远的绥德。数年后边境爆发战事，尽管多位重臣提议再度启用王琼，但嘉靖帝没有同意。直到嘉靖七年（1528），嘉靖帝才在桂萼的再三推荐下派王琼前往西北平乱。
年近古稀的王琼宝刀未老，上任后很快战胜作乱的吐鲁番并逼其上贡表示臣服。随后，王琼又指挥部下数次击败进犯边境的鞑靼，一时间外敌忌惮，而西北军民则纷纷请求朝廷将王琼留下。嘉靖十年（1531），王琼回京出任吏部尚书，次年卒于任上。尽管没有于谦、张居正那样堪称再造玄黄的巨大功绩，但王琼在任期间也算兢兢业业，虽有为了得到宠信而结交权贵这一争议行为，但总体上仍可谓瑕不掩瑜。