清朝为之两度流血收复的雅克萨城，169年后，永远地归属了俄国
三年后《尼布楚条约》的签订更是使胜利成果以法律的形式写在了纸上。可是，当时不会有人知道，这场并不漂亮的胜利，竟然为大清东北边疆200年后的溃败打下了伏笔。
一、兵力和后勤优势掩盖了技术和组织的军事劣势
在两年间的两次雅克萨之战中，清军的兵力始终占据着绝对优势。不同史料记载虽然有出入，但大体上都认为清军远征雅克萨的部队包括满洲八旗、福建藤牌兵、黑龙江和吉林水师、朝鲜火枪手和黑龙江本地的索伦兵，一线战斗部队兵力在2千～5千人之间，算上从事后勤等工作的辅兵则清军兵力最多可能接近万人。
反观沙俄一方，第一次雅克萨之战时总兵力约为500人，第二次时得到了大量哥萨克支援，战兵也不超过900，即使算上城内家属、教士等非战斗人员，兵力差异仍然非常显著。
后勤上，清军两次征伐，经过了数年之久的准备，修通了盛京-吉林-齐齐哈尔-爱辉-雅克萨陆上通道，并在瑷辉、呼尔玛等地储存粮食。黑龙江上有大量战舰运送粮弹物资。可以说两次雅克萨之战，清朝动用了当时东北地区大量资源，而沙俄方面只有数百哥萨克探险者，雅克萨距离雅库茨克等其它沙俄西伯利亚城镇都相去甚远，无可靠交通，因此在后勤上，清对俄占据了碾压优势。
而在实战中，清军打的却并没有那么漂亮，在外围的野战中，使用弓箭和小型火炮的小队清军经常被兵力少于他们的俄军击败，最终凭借兵力优势才逐渐取胜，把俄军逼进城堡；在攻城战中，清军在火枪对射中又处于劣势，步兵无法登城，也就无法破城；甚至清军最强大的火力“神威无敌大将军”大炮也无法直接击毁雅克萨的棱堡，只能采用“敲牛皮糖”的战术不断炮击，破坏城堡结构，杀伤人员。
就这样，强攻不能，清军只得依靠兵力和后勤优势进行长期围困，在俄军消耗光了城内补给，无力支持后，清军才得以“不胜而胜”。
二、战胜的事实使清朝东北边防大为松懈
《尼布楚条约》签订后，清俄双方东段边界以法律的形式确定下来，清朝不需要在东北方向再面对沙俄的军事压力，同时又在正北和西北方向面临着崛起中的准噶尔蒙古的挑战，军事重心的转移使清廷的东北边防出现了严重的松懈。
1690年，黑龙江将军府南迁到墨尔根，1699年又南迁至齐齐哈尔，此后未再迁走。将军府在十年内两度南迁，齐齐哈尔距离雅克萨等黑龙江北诸战略要点已经有千里之遥，首府对边疆的感知和掌控能力大为下降，数万人口也随首府内迁，边疆空虚。
1858年，沙俄以武力强迫时任黑龙江将军奕山割让江北领土时，这位地方最高长官居然两眼一抹黑，对黑龙江以北广大领土的情况一概不知，在对方威逼利诱下浑浑噩噩地签订了《瑷珲条约》。
此外，在雅克萨之战结束后，清廷又陆续征发大量东北的边防力量投入对准噶尔的战争，事实上进一步削弱了东北边防的实力；由于常年太平，武备废驰，曾经骁勇善战的水师也变得“船腐不可用”。因此在咸丰年间，黑吉两省的边防对沙俄武装入侵并未做出任何抵抗，甚至对此前沙俄势力的渗透也缺乏了解。
总之，雅克萨之战的胜利，是清军利用兵力和后勤优势取得的，这种胜利极大地掩盖了当时中国在军事技术和组织上已经弱于西方的事实，使得清朝统治者骄傲自满，自以为军力强大而江山永固，极大地松懈了东北边防，为19世纪的东北边疆危机埋下了悲剧性的伏笔，而曾经清军两度流血的雅克萨城，也永远地属于了俄罗斯。