慈禧从开始的喜欢到处置珍妃，归根结底，还是婆媳关系没处理好
珍妃虽然和光绪帝的感情很好，但是与婆婆慈禧太后的关系却闹得很僵。因为她屡次得罪慈禧太后，所以在光绪二十六年的时候，慈禧太后带领光绪帝“西狩”之前，命令太监崔玉贵将珍妃从被关押的北三所提出来，推进了宁寿宫后贞顺门的井中溺亡。这一年，珍妃才刚满24岁。
其实，在珍妃刚进宫的那段时间，慈禧太后还是很喜欢她的。珍妃刚进宫的时候是珍嫔，慈禧太后六十大寿时将她和姐姐一起晋封为妃。可是随着珍妃在宫里生活的时间越来越长，性格活泼的她逐渐忘记了谁才是宫里的女主人，在无形之中就得罪了慈禧太后。
珍妃性格开朗又活泼好动，对新鲜事物的好奇心很强，而且她对宫里的繁文缛节十分反感，更不习惯宫里那种呆板的生活。而光绪帝跟隆裕皇后的感情也不是很好，光绪帝虽然是慈禧太后亲手挑选的皇帝，但是对于这位慈禧太后亲手挑选的皇后却感到厌烦，再加上隆裕皇后时不时去慈禧太后那打个小报告，这更加令光绪帝对她感到失望。
自珍妃入宫之后，光绪帝就将心思放在了珍妃身上，和皇后的关系也越来越疏远。在沉闷的宫廷生活中，年轻活泼的珍妃给光绪帝带来了欢乐。虽然珍妃的外貌算不上十分美丽，但是她的脸上却有一种独特的娇憨神态，令光绪帝十分着迷。史书记载：“惟珍妃生性乖巧、讨人欢喜，工翰墨，善棋，日侍皇帝左右，与帝共食饮共乐，德宗尤宠爱之”。”
因为光绪帝独宠珍妃，使得隆裕太后经常去慈禧太后那打小报告。慈禧太后早已见惯了后宫争宠这种事情，对此并不在意。所以，虽然侄女经常来打小报告，慈禧太后也没有太过于为难珍妃。珍妃和慈禧太后的婆媳关系破裂，另有原因。
在珍妃没有入宫之前，光绪帝事事都想着慈禧太后，宫里有什么好玩意都先送给慈禧太后。可是等到珍妃入宫之后，光绪帝将心事都用在了珍妃身上。比如有一次，宫外送来许多颗大东珠，光绪帝将这些东珠都赏赐给了珍妃，一颗都没送给慈禧太后居住的乐寿堂。为了博取珍妃开心，他还用珍珠、翡翠为珍妃制作了一件珍珠旗袍。
慈禧太后个人生活十分奢侈，但是她对宫里其他嫔妃要求的却很严格，要求她们要生活节俭不得铺张浪费。所以，当慈禧太后看到珍妃脚上的鞋子都镶嵌着几颗大东珠，身上又穿着华贵的珍珠旗袍时十分气愤，心想连自己都不舍得用这么大颗的东珠，而珍妃怎么能如此铺张浪费。遂以“习尚浮华，屡有乞请”之由，将珍妃“褫衣廷杖，并降为贵人。”直到第二年气消了之后，才再次将珍妃复封为妃。
珍妃从小就接触西学，对朝政有着自己独特的看法，并且经常和光绪帝讨论朝政，这是慈禧太后最不能容忍的事情。除此之外，珍妃在宫里还很大方，对宫中太监时有赏赐，太监们得些赏钱，也都竭力奉承这位“珍主子”。时间一长，珍妃也被太监们的花言巧语捧得有点不知所以，渐渐失去自我节制，对慈禧太后也不如从前那般恭敬了。
按照清宫的制度，皇后每年的例银不过千余两，妃嫔更少，每年只有二三百两。况且清朝对外戚约束极严，珍妃也不可能从娘家得到资助。珍妃花钱大手大脚，后来又迷上了摄影，这无论是在古代还是现代都是一种相当烧钱的爱好，需要花费大笔银钱。因此，史书中也有珍妃为了筹钱，利用对光绪帝的影响力，从而出现卖官鬻爵的劣行。
曾担任辽沈道监察御史、广东道监察御史的胡思敬，在他所著的《国闻备乘》中就有这样的记载：“初太后拷问珍妃，于密室中搜得一簿，内书某月日收入河南巡抚裕长馈金若干。”胡思敬作为监察御史，他的话还是非常值得采信的。况且史书记载胡思敬其人“不畏权贵，对权奸、贪吏、宄党无不指名弹劾。任职不及三年，共上疏四十八次”。因此，胡思敬在《国闻备乘》中的记载应当不虚。
都说是慈禧害死了珍妃，但看了珍妃的所作所为，换作是谁也受不了。尤其是慈禧太后，她掌控清朝数十年，历经三帝，一直统御后宫，更不可能让珍妃骑在自己头上。而且，如果珍妃真的仗着光绪帝的宠爱做出卖官爵之事，那么她被慈禧太后处置也就不那么值得同情了。
珍妃入宫时才13岁，又深得光绪帝的宠爱，她年纪既轻阅历又浅，根本不知道收敛自己的锋芒。而且她不懂得人情世故，无法处理好婆媳之间的关系，更不懂得与隆裕皇后打好关系。慈禧太后从开始的喜欢到后来处置珍妃，归根结底，还是珍妃的婆媳关系没处理好，再加上隆裕皇后时不时地在慈禧太后跟前打小报告，最终造成了她悲惨的结局。